dnaman应用方法[最新]
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例,简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN,可以看到如下界面:
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,如下所示
第二栏为工具栏:如下所示:
第三栏为浏览器栏:如下所示:
在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel 工具条,DNAMAN 提供20 个Channel,点击Channel 工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel 中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel , 然后打开一个序列文件, 则打开的序列自动载入被激活的
Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。 1(将待分析序列装入Channel
(1)通过File|Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为 channel1)可以通过激活不同的channel(例如:channel5)来改变序列装入的Channel。
(2)通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。
2(以不同形式显示序列
通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框,如下图所示:
根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:
Sequence &Composition 显示序列和成分
Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列
Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列
Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列
Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列
RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列
参数说明如下:
Results 分析结果显示
其中包括:
Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点) Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图) Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点)
Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点)
Target DNA (目标DNA 特性)
circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化)all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel
中的所有序列将被分析, 如果选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能选择两个
酶分析,如果共有三个以上DNA 时,则只能用一个酶分析。
选择所需的项目,然后按提示操作点击按扭,出现下列对话框:
参数说明如下:
Enzyme
代
表
关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf
(enzyme data file),点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项,restrict.enz 和dnamane.enz,如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180 种限制酶,dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则对应的酶被选中,在右边空白框中列出。要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶(例如puc18 multiple cloning sites),然后点击按钮出现下列对话框:
输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。 Cutter 酶切识别序列长度
End 酶切产生的末端 其中包括,Blunt(平头末端),5’Overhang(5’突出粘性末端),3’Overhang(3’突出粘性末端)系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。
最后,点击按钮执行操作。
4(DNA 序列比对分析(Dot Matrix Comparision)
要比较两个序列,可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision(点矩阵比较)通过Sequense|Dot matrix comparision 命令打开比对界面,如下图:
点击对比界面左上角的按钮,出现下列对话框:
参数说明如下:
Sequence type 序列类型
Sequence 1 参加比对的第一序列选择框,框内选项说明如下:如果要比对的序列在Channel中,点击下拉箭头,选择相应的Channel,则被选中的Channel 中的序列作为参加比对的第一序列;也可以从文件夹中选择参加比对的序列,在File 选择框上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。
Sequence 2 参加比对的第二序列选择框;选项说明同上Show Sequence 选择此项,当同源性大于设定值时,将显示同源性;(此功能未见)
Annotations 是否显示注释
Comparision 比对参数,其中Window 代表Window size(单位比对长度),Mismatch 代表Mismatch size(单位比对长度中许可的错配值)要快速比对,需将此项设为0。Both stran代表Both strand(双链比对)选择此项,是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示,Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
Plot box 点阵图表显示参数,Position(起点坐标)Width(宽度值)Height(高度值)Frame
size(边框线粗度值)Dot size(点粗度值)Gridline(虚线框数)。
参数设定好后,点击按钮执行操作
5(序列同源性分析
(1)两序列同源性分析
通过Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框,如下所示:
参数说明如下:
Alignment method 比对方法,通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对),当选择快速比对时,设置较小的k-tuple
值,可以提高精确度,当序列较长时,一般要设置较大的k-tuple 值。(dna 序列:k-tuple 值可选范围2—6;蛋白质序列:k-tuple
值可选范围1—3。
其它参数说明从略。
(2)多序列同源性分析
通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框,如下所示:
参数说明如下:
File 从文件中选择参加比对的序列
Folder 从文件夹中选择参加比对的序列
Channel 从channel 中选择参加比对的序列
Dbase 从数据库中选择参加比对的序列
Remove 清除选择的序列(鼠标点击左边显示框中的序列名选择)
Clear 清除全部序列
点击按钮,出现方法选择对话框:
选择其中一种方法,点击按钮,出现下列对话框:
选择其中一种方法,点击按钮,出现下列对话框:
如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择Dynamic alignment 即可。其它参数不必改变,点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。
点击按钮,出现下列对话框:
点击对话框中间的,然后点击执行操作。
结果如下所示:
点击左上角按钮,可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击按钮下的按钮,出现下列选择项:
可以通过这些选项,绘制同源关系图(例如Tree|homology tree 命令)。显示蛋白质二级结构(Protein Secondary Structure 命令),绘制限制性酶切图(Restriction Analysis 命令)等。
同源关系图举例如下:(Tree|Homology Tree 命令)
6.PCR 引物设计
首先,将目标DNA 片段装入Channel,并激活Channel。点击主菜单栏中的Primer 主菜单,出现下拉菜单,如下所示:
点击Design PCR Primers for DNA 命令,出现下列对话框:
参数说明如下:
Primer locations on target 引物定位
其中包括下列选项:
Product size(扩增目的片段大小)
Sense primer (正向引物选择区)
Antisense primer(反向引物选择区)
Primer 引物特性 包括Length(引物长度),Tm 值, GC 含量等参数; Reject primer 引物过滤(将符合引物过滤条件的引物过滤掉) 包括下列选项:
3’dimer(可形成3’端自我互补的碱基数)
Hairpin stem(可形成发卡颈环结构的碱基数)PolyN(多聚碱基) 3’Uique(3’端严格配对碱基数)
Primer-Primer(含义未知)
All matches(引物互补配对百分数)
Consentrations 浓度设定
Product for hybridyzat(ion) PCR 产物用于Southern Blot 探针杂交点击按钮,出现下列对话框:
.选择需要的选项,点击按钮,出现:
点击按钮,完成操作。
7(画质粒模式图
我们常常要用到各种质粒图,无论是制作幻灯片,还是发表文章,常常需要质粒图。 DNAMAN 提供强大的绘质粒图功能,能满足我们的需要。
通过Restriction|Draw map 命令打开质粒绘图界面:
将鼠标移动到圆圈上,等鼠标变形成“I”时,单击鼠标左键,出现如下菜单: 7(画质粒模式图
我们常常要用到各种质粒图,无论是制作幻灯片,还是发表文章,常常需要质粒图。 DNAMAN 提供强大的绘质粒图功能,能满足我们的需要。
通过Restriction|Draw map 命令打开质粒绘图界面:
将鼠标移动到圆圈上,等鼠标变形成“I”时,单击鼠标左键,出现如下菜单:
菜单说明如下:
Position 当前位置
Add Site 添加酶切位点
Add Element 添加要素
Add Text 添加文字
Insert Fragment 插入片断
Copy Fragment 复制片断
Cut Fragment 剪切片断
Remove Fragment 清除片断
Frame Thickness 边框线粗细调节
点击 Add Site 选项,出现如下对话框:
参数说明如下:
Name 要添加的酶切位点的名称(例如HindIII) Position 位置(以碱基数表示)
点击 Add Element 选项,出现如下对话框:
参数说明如下:
Type 要素类型(共有三种类型,鼠标点击即可切换) (c)olor/Pattern 填充色(共有16 种颜色供选择) Name 要素名称
Start /End/Size 要素起点/终点/粗细
点击Add Text 选项,出现如下对话框:
输入要添加的文字,点击Font 按钮设置字体和格式,选择Horizontal(水平显示)或Vertical(垂直显示),点击按钮即可。其它参数说明从略。
在绘图界面空白处,双击鼠标,出现:
通过此对话框,你可以完成各种添加项目的操作,也可以修改已添加的项目。
注意:
你可以通过鼠标双击质粒图上的项目来修改已添加的任何项目,可以通过鼠标移动任何项目。你可以通过帮助文件获取更多信息。
示例: