基于蛋白质序列的蛋白质相互作用预测

基于蛋白质序列的蛋白质相互作用位点预测（闲谈版） Fimmu.7 2011-11-23 这个不是论文不是论文啊~~这个是应某某的 要求 对教师党员的评价套管和固井爆破片与爆破装置仓库管理基本要求三甲医院都需要复审吗 帮他找的，所以都是用现成的免费的 网站数据库做的预测分析。无论文为依托，无原理为根据，纯粹就是流连各大网站作个的闲 谈。 1、 用这些网站先查查你要研究的蛋白质的底细。 这些网站的数据库大多数是实验或者一些相关文献报道的数据的组成。 ★String http://string.embl.de/ 本人外貌协会的，这个网站太漂亮，放前面…… 输入你要搜寻的蛋白，它就把这个蛋白相关的数据反映给你，分 confidence、evidence 的数据可信度参考，同时还具有 actions 选项，反应它们之间可能是激活/抑制的关系。按按 +、-号可以扩大缩小关联蛋白的数量范围。 往下拉一点点就是数据,哈哈，我们都要看数据吃饭啊~~ 分析的数据源自 Neighborhood、 Fusion、Occurrence、Coexpression、Experiments Database、Textminin 及 Homology， 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 示点得 证明 住所证明下载场所使用证明下载诊断证明下载住所证明下载爱问住所证明下载爱问 有数据，根据各项数据给出综合评分。评 分越高相互存在关系可能性越高。点击下方各项图标等详细看到各项数据内容。 设条件确定筛选范围。 ★ DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 跟上面的大同小异的功能，装上它附带的软件可能操作性会好一点，不过我米有试过哦。 倒是跟它有链接的几个数据库都很强大，大家可以点击看看。 ★ BIND http://www.bind.ca 文献有介绍的网站，不过我不能理解为什么我注册就注不了……. 2、 继续查，用这些网站将要研究的蛋白质的家庭背景，月收入也大起底。 这里的网站可能跟相互作用方面的关系不大，但是如果知道这些，可以对研究的蛋白有 更深的了解。 ★PDB http://www.pdb.org/pdb/home/home.do 要查 3D 结构就往这里查~通常说的 PDB 号为文献号末 4位。 ★PIR http://pir.georgetown.edu/pirwww/index.shtml 在蛋白质方面如 NCBI 般强大的网站，去上面晃荡下吧，会有收获滴。 ★KEGG http://www.genome.jp/kegg/ 粉强大的一个网站，我只说说它的 KEGG PATHWAY 子项，能迅速掌握一个蛋白质的功能 通路，对于小白的偶们来说，很有用，有木有。 3、正题正题，做完上面那些后，接着就是纯预测的成分。也因为如此，要找着这些网 站是很悲催的一件事。就算你找着了，你不懂语言，不懂算法，到底结果的可靠性怎样， 见人见智。 需要 PDB 号作分析： promate http://bioinfo.weizmann.ac.il/promate/ ppisp http://pipe.scs.fsu.edu/ppisp.html InterProSurf http://curie.utmb.edu/prosurf.html eF-site http://ef-site.hgc.jp/eF-site/index.jsp 蛋白质序列直接作分析： sppider http://sppider.cchmc.org/ 选择第 3个基于序列的分析，它会将分析结果 E-mail 给你。 赠送两个网站…… http://smart.embl-heidelberg.de/ http://prosite.expasy.org/ 参考文献 艾观华等，基于蛋白质序列预测蛋白质-蛋白质相互作用位点研究进展，药物生物技术 2011, 18( 2) : 165~ 169 任仙文等，蛋白质相互作用的生物信息学研究进展，生物技术通讯 2006，17.6.11 朱新宇等，预测蛋白质间相互作用的生物信息学方法，生物技术通讯 2004.15.1.1 http://en.wikibooks.org/wiki/Proteomics/Protein_-_Protein_Interactions/Jena_Links （转）蛋白质相互作用信息的查询 研究一个基因及其编码的蛋白质时，除了一方面了解它们的功能外，另一方面需研究与此蛋 白质相互作用的其他蛋白质的信息，以使研究人员能够更加深入地认清相关蛋白质的功能， 更清楚地理解其调控机制。下面是与研究蛋白质相互作用相关的数据库应用系统。 STRING 数据库(http://string.embl.de/)是一个搜寻已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相 互作用的系统，这种相互作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间 间接功能的相关性。它除了包含有实验数据、从 PubMed 摘要中文本挖掘的结果和综合其他 数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。所应用的生物信息学的方法有：染 色体临近、基因融合、系统进化谱和基于芯片数据的基因共表达。系统中利用一个打分机制 对这些不同方法得来的结果给予一定的权重，最终给出一个综合的得分。 用户可以利用基因或蛋白质名称、氨基酸序列来查询相关蛋白质相互作用的信息。在查询的 过程中，如果相关的蛋白质名称出现在几个不同的物种中，则数据库系统会将这些物种全部 显示出来，用户自己再选择感兴趣的蛋白质进行下一步的查询。所得的结果中会包含有与所 查询蛋白质相关联的其他蛋白质的信息，并且会显示这种相关性信息来源于哪些方法，同时 给出一个综合得分数。当出现好几个相关联的蛋白质时，这些蛋白质将按照所得分数的高低 排列。点击相关的蛋白质名称，将会显示出此蛋白质的序列以及在相关的物种中与这条序列 同源性高的其他序列。利用结果下面的”Views”栏目中的方法按钮，则可以查看相关方法 的具体证据。点击”Summery Network”按钮，则会显示出这些蛋白质之间功能相关的网络。 在网络中，用不同的颜色线来表明不同方法得来的结果。这个相互作用网络还可以用不同的 格式存盘，这些格式主要是．png、．xml、．txt 等。 InAct 数据库(http：//www．ebi．ac．uk/intaet/index．html)是欧洲生物信息学研究所 建立的一个综合性的蛋白质相互作用的数据库，这个数据库整合了现有的其他数据库的数 据，所整合的数据库包括 DIP、BIND 等公开数据库。这个数据库中蛋白质相互作用数据格式 及相互作用的描述采用国际蛋白质数据MATCH_ word word文档格式规范word作业纸小票打印word模板word简历模板免费word简历 _1714142618909_0(protein standard initiative，PSl)，数据下 载的格式是 PSIMIXML，使得数据下载后对其进行处理变得非常方便，也很容易利用相关的 注释信息连接到其他主要的数据库，如 UniProt 等。 这个数据库中的数据来源于各种实验，既有小规模的实验结果，又包含高通量的实验数据。 数据库的查询可以利用很多种不同的关键词，如基因的名称、GO号、InterPro 的编号等。 在数据库中，对每一个实验中涉及的内容都有简单的说明，包括采用实验的平台、实验的条 件、检测的方法、相关文章 PubMed 的编号等。相互作用的方式，是指物理的直接的相互作 用还是功能的相关性，在查询结果中选择相互作用的蛋白质，点击网页上面的“Graph”按 钮，则会搜寻系统中所有与选择的蛋白质相关的相互作用信息动态生成的蛋白质相互作用的 网络图。在相互作用的网络中，所选择的蛋白质会以黑体标出。要想包含更多相互作用的网 络，可以通过点击网页左边的 Graph”Expand”按钮得到。在网页中的右面则有相关蛋白质 的功能注释，包括 GO 功能注释；点击 Inter Pro 的编号，则在新的窗口中显示 Inter Pro 数据库中的相关注释。 DIP 数据库(http://dip.doe—mbi.ucla.edu/)是一个查询蛋白质相互作用的系统。它搜集 了多个物种的蛋白质相互作用实验数据，而且这些数据是通过人工或计算方法检测过的，因 此具有很高的可靠性。这个数据库中既有来源于小规模的实验的数据，也有高通量方法得来 的数据。通常，小规模实验的数据具有较高的可信度，因此，在研究蛋白质相互作用预测方 法中，可以把这些数据看作为高可信度的核心数据应用于预测方法检测的正集，而高通量的 数据则会有较高的假阳性。可以通过不同的方式对数据库进行查询，包括“Node”、 “BLAST”、“Motif”和”Article”等，使用者可以依据自己的需求查询相关的信息。 人类蛋白质参考库(human protein reference database，http://www.hprd.org)是一个人 工阅读搜集数据而来的数据库，此数据库里的数据具有很高的可靠性。目前数据库中所注释 的蛋白质已超过 2万个，有 3万多条相互作用的蛋白质数据，此外，还包括一些蛋白质功能 域、蛋白质翻译后修饰等方面的信息。每个查询结果中都有相关的文献支持，点击相关 的”PubMed”链接就可查看信息来源的文章。此数据库是目前为止与人类基因、蛋白质相关 的最全面的文本挖掘数据库。 数据库中提供了不同工具使用户可以对数据库进行不同的操作，如对数据库进行查询、浏览、 比对。“PhosphoMotif Finder”提供了查询蛋白质中存在的激酶、磷酸酶结合位点(motif) 的信息，相关的信息只是从文献中得来，此工具不提供预测的结果。在 “Pathways”栏目 中，用户可以查看不同的信号转导途径的网络，网络的展现可以是 PDF 格式或 HTML 格式。 在相关的网络图中，各种分子的相关性都根据文献用不同的颜色进行了注释，这种相关性包 括磷酸化作用、诱导的磷酸化作用、诱导的脱磷酸化作用、诱导的泛锟作用(induced dehosphorylation)，哪些形成复合体，哪些形成酶的修饰复合体，分子之间的作用形式也 有注解，如活化、抑制、刺激等。除此以外，还可以下载各种生物化学途径。 通过”Browse”，可以根据分子分类(moleculeclass)、功能域、Motifs、翻译后浏览(PTMs) 和亚细胞定位等查看各种蛋白质的信息。在呈现的结果中，会包含每一种蛋白质的功能域的 组成、功能、亚细胞定位、与其他蛋白质相互作用等方面的信息。而对数据库的查询可以利 用 HPRD ID,RefSeq、OMIM、SWlSSProt 或 Entrez Gene 的 Accession Number、蛋白质名称、 基因符号等方面的关键词进行，还可以选择基因表达的组织、疾病等关键词查询。 HiMap(http://www.himap.org)则是研究人类蛋白质相互作用的另一个数据库。这个数据库 除了搜集实验验证的蛋白质相互作用外，还收录了利用整合的生物信息学方法预测出来的蛋 白质相互作用信息，可以为实验提供一些有用的信息。 除了上述的相关的蛋白质相互作用的数据库外，www.theBioGrid.org 作为一个综合搜集蛋 白质相互作用的联盟，也是一个整合了的蛋白质相互作用的数据库系统。 摘自： http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=312756 BIND http://bond.unleashedinformatics.com/ PMID: 15608229 Biomolecular Interaction Network Database (BIND) archives biomolecular interaction, reaction, complex and pathway information curated from published experimental research. BioGRID http://www.thebiogrid.org/ PMID: 16381927 A database of physical and genetic interactions curated from the primary literature. Graphical layouts of interactions can be generated in a variety of file formats using Osprey. DIMA http://mips.gsf.de/genre/proj/dima2/ PMID: 16481337 Domain Interaction MAp (DIMA) aims at becoming a comprehensive resource for functional and physical interactions among conserved protein-domains. The scope of the resource comprises both experimental data and computational predictions. Currently, DIMA is based on a domain phylogenetic profiling method and domain-domain contacts found in crystal structures (iPFAM). DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu/ PMID: 14681454 Database of Interacting Proteins (DIP) catalogues experimentally determined interactions between proteins. It combines information from a variety of sources to create a single, consistent set of protein-protein interactions. The data stored within the DIP database are curated, both, manually by expert curators and also automatically using computational approaches. HPRD http://www.hprd.org/ PMID: 14525934 Human Protein Reference Database (HPRD) represents a centralized platform to visually depict and integrate information pertaining to domain architecture, post-translational modifications, interaction networks and disease association for each protein in the human proteome. All the information in HPRD has been manually extracted from the literature by expert biologists. InterDom http://interdom.i2r.a-star.edu.sg/ PMID: 12519994 InterDom is a database of putative interacting protein domains derived from multiple sources, ranging from domain fusions (Rosetta Stone), protein interactions (DIP and BIND), protein complexes (PDB), to scientific literature (MEDLINE). It focuses on providing supporting evidence for validating and annotating detected protein interactions and complexes based on putative protein domain interactions. MINT http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do PMID: 17135203 Molecular INTeraction database (MINT) focuses on experimentally verified protein interactions mined from the scientific literature by expert curators. MIPS http://mips.gsf.de/services/ppi PMID: 16381906 The Munich Information center for Protein Sequences (MIPS) has two protein-protein interaction resources: MPact representing yeast protein-protein interaction data which is very comprehensive and is often considered to be the gold standard dataset; and the Mammalian Protein-Protein Interaction (MPPI) Database containing manually curated high-quality data collected from the scientific literature by expert curators. Prolinks http://mysql5.mbi.ucla.edu/cgi-bin/functionator/pronav PMID: 15128449 The Prolinks database is a collection of inference methods used to predict functional linkages between proteins. These methods include the phylogenetic profile method, the ge-ne cluster method, Rosetta Stone, and the gene neighbor method. PSIMAP http://psimap.com/index.php/Main_Page PMID: 15914543 Protein Structural Interactome MAP (PSIMAP) is a tool for viewing interactions among protein domains in terms of their structural families to analyze the large-scale patterns and evolution of interactomes among species. STRING http://string.embl.de/ PMID: 17098935 （重点推荐） STRING is a database of known and predicted protein-protein interactions. The interactions include direct (physical) and indirect (functional) associations; they are derived from four sources: genomic context; high-throughput experiments; coexpression; and previous knowledge from databases and the scientific literature. STRING quantitatively integrates interaction data from these sources for, currently, 373 organisms, and transfers information between these organisms where applicable. STRING uses orthology information from the COG database. 3D-partner http://3d-partner.life.nctu.edu.tw/vers-pub/index.php PMID: 17517763 这是来自台湾 National Chiao Tung University 的在线服务，特别推荐一下。