DNAman使用说明

DNAman使用说明 查看文章 DNAMAN使用说明书(中文) 2008年04月16日 星期三 下午 10:50 DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。 打开DNAMAN，可以看到如下界面: 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏: 第三栏为浏览器栏: 在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示:)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。 本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。 1(将待分析序列装入Channel (,)通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为channel1)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel。(,)通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质)，名称，要分析的片段等参数。 2( 以不同形式显示序列 通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示:根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:Sequence &Composition 显示序列和成分 Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列 3(DNA 序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对 话框，如下所示: 参数说明如下: Results 分析结果显示 其中包括: Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点) Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图) Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点) Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点) Target DNA (目标DNA 特性) circular(环型DNA)，dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化) all DNA in Sequence Channel(选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如 果 选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶 分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。 选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框: 参数说明如下: Enzyme 代表(enzyme data file)，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz 数据文件包含180 种 限制酶，dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的 显示框中列出(按酶名称字母表顺序)，鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列 出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶(例如puc18 multiple cloning sites)， 然后点击按钮出现下列对话框: 输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切 位点。 Cutter 酶切识别序列长度;End 酶切产生的末端，其中包括，Blunt(平头末端)，5’Overhang (5’突出粘性末端),3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表 中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。 4(DNA 序列比对分析(Dot Matrix Comparision) 要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision (点矩阵比较)通过Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面，如下图: 点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框: 参数说明如下: Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下:如果要比对的序列在Channel 中，点 击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel 中的序列作为参加比对的第一序列;也可以 从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框;选项说明同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性;(此功能未见) Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数，其中Window 代表Window size(单位比对长度)，Mismatch 代表Mismatch size (单位比对长度中许可的错配值)要快速比对，需将此项设为0。Both stran 代表Both strand(双链 比对)选择此项，是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。 Sequence 2 正 链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。 Plot box 点阵图表显示参数，Position(起点坐标)Width(宽度值)Height(高度值)Frame size(边 框线粗度值)Dot size(点粗度值)Gridline(虚线框数)。 参数设定好后，点击按钮执行操作。 5(序列同源性分析 (1)两序列同源性分析 通过Sequence/Two Sequence Alignment 命令打开对话框，如下所示: 参数说明如下: Alignment method 比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对)，当选择快速 比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。(dna 序列:k-tuple 值可选范围2—6;蛋白质序列:k-tuple 值可选范围1—3。 其它参数说明从略。 (2)多序列同源性分析 通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框，如下所示: 参数说明如下: File 从文件中选择参加比对的序列 Folder 从文件夹中选择参加比对的序列 Channel 从channel 中选择参加比对的序列 Dbase 从数据库中选择参加比对的序列 Remove 清除选择的序列(鼠标点击左边显示框中的序列名选择) Clear 清除全部序列 点击按钮，出现方法选择对话框: 选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框: 如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的 使其它参数取原始默认值。 点击按钮，出现下列对话框: 点击对话框中间的，然后点击执行操作。 结果如下所示: 点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击 按钮下的按钮，出现下列选择项: 可以通过这些选项，绘制同源关系图(例如Tree/homology tree 命令)。显示蛋白质二级结构(Protein Secondary Structure 命令)，绘制限制性酶切图(Restriction Analysis 命令)等。 同源关系图举例如下:(Tree/Homology Tree 命令) 6.PCR 引物设计 首先，将目标DNA 片段装入Channel,并激活Channel。点击主菜单栏中的Primer 主菜单，出现下 拉菜单，如下所示: 点击Design PCR Primers for DNA 命令，出现下列对话框: 参数说明如下: Primer locations on target 引物定位 其中包括下列选项: Product size(扩增目的片段大小) Sense primer (正向引物选择区) Antisense primer(反向引物选择区) Primer 引物特性包括Length(引物长度)，Tm 值, GC 含量等参数; Reject primer 引物过滤(将符合引物过滤条件的引物过滤掉) 包括下列选项: 3’dimer(可形成3’端自我互补的碱基数) Hairpin stem(可形成发卡颈环结构的碱基数)PolyN(多聚碱基) 3’Uique(3’端严格配对碱基数) Primer-Primer(含义未知) All matches(引物互补配对百分数) Consentrations 浓度设定 Product for hybridyzat(ion) PCR 产物用于Southern Blot 探针杂交 点击按钮，出现下列对话框: .选择需要的选项，点击按钮，出现: 点击按钮，完成操作。 7(画质粒模式图 我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。 通过Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面: 将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单: 菜单说明如下: Position 当前位置 Add Site 添加酶切位点 Add Element 添加要素 Add Text 添加文字 Insert Fragment 插入片断 Copy Fragment 复制片断 Cut Fragment 剪切片断 Remove Fragment 清除片断 Frame Thickness 边框线粗细调节 点击Add Site 选项，出现如下对话框: 参数说明如下: Name 要添加的酶切位点的名称(例如HindIII) Position 位置(以碱基数表示) 点击Add Element 选项，出现如下对话框: 参数说明如下: Type 要素类型(共有三种类型，鼠标点击即可切换) (c)olor/Pattern 填充色(共有16 种颜色供选择) Name 要素名称 Start /End/Size 要素起点/终点/粗细度 点击Add Text 选项，出现如下对话框: 输入要添加的文字，点击Font 按钮设置字体和格式，选择Horizontal(水平显示)或Vertical(垂直显示)， 点击按钮即可。其它参数说明从略。 在绘图界面空白处，双击鼠标，出现: 通过此对话框，你可以完成各种添加项目的操作，也可以修改已添加的项目。 注意:你可以通过鼠标双击质粒图上的项目来修改已添加的任何项目，可以通过鼠标移动任何项目。你可以通过帮助文件获取更多信息。