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家猫ACE2基因克隆、测序及生物信息学分析

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家猫ACE2基因克隆、测序及生物信息学分析家猫ACE2基因克隆、测序及生物信息学分析 家猫ACE2基因克隆、测序及生物信息学分 析 第51卷第6期 2005年l2月 武汉大学(理学版) J.WuhanUniv.(Na1.Sci.Ed.) Vo1.51No.6 Dec.2005,739,743 文章编号:l671-8836(2005)060739—05 家猫ACE2基因克隆,测序及 生物信息学分析 王冲,谭亚娣,郭爱珍,陈焕春 (华中农业大学动物医学院,湖北武汉430070) 摘要:本研究从家猫组织中扩增并鉴定血管紧张素转换酶2(a...

家猫ACE2基因克隆、测序及生物信息学分析
家猫ACE2基因克隆、测序及生物信息学分析 家猫ACE2基因克隆、测序及生物信息学分 析 第51卷第6期 2005年l2月 武汉大学(理学版) J.WuhanUniv.(Na1.Sci.Ed.) Vo1.51No.6 Dec.2005,739,743 文章编号:l671-8836(2005)060739—05 家猫ACE2基因克隆,测序及 生物信息学分析 王冲,谭亚娣,郭爱珍,陈焕春 (华中农业大学动物医学院,湖北武汉430070) 摘要:本研究从家猫组织中扩增并鉴定血管紧张素转换酶2(angiotensin—convertingenzyme2,ACE2)基因, 为阐明SARS相关冠状病毒(SARS-CoV)感染家猫的机制提供理沦依据.从家猫肺脏中提取总RNA,以OligodT- Adaptor为引物合成第一链cDNA,根据人及小鼠的ACE2基因mRNA序列 设计 领导形象设计圆作业设计ao工艺污水处理厂设计附属工程施工组织设计清扫机器人结构设计 系列引物,通过聚合酶链式反应, 分段扩增出家猫ACE2基因的编码区的特异性片段并测序鉴定.家猫ACE2基因mRNA编码区共包括2418个核 苷酸,推测编码蛋白含805个氨基酸残基.其氨基酸序列与人,小鼠,大鼠ACE2氨基酸序列的同源性分别达到 85,81和81.利用多种生物信息学具软件对家猫ACE2蛋白的理化及生物学性质进行分析.比较人,家猫, 果子狸,小鼠,大鼠等ACE2序列中与SARS-CoV结合有关的3个功能区,发现家猫ACE2与人ACE2的同源性最 高,提示家猫ACE2在SARS病毒跨种感染中可能发挥重要作用. 关键词:家猫;血管紧张素转换酶2;序列分析;生物信息学;严重急性呼吸系统综合 征冠状病毒 中图分类号:Q51文献标识码:A 血管紧张素转换酶2(angiotensin—converting enzyme2,ACE2)是一种金属蛋白酶,它广泛存在于 动物的心,肝,肺,肾及胃肠道等主要器官组织中,在 调节心,肾功能及控制血压中起关键作用L】'.对急 性严重呼吸系统综合征冠状病毒(severeacutere spiratorysyndromeassociatedcoronavirus,SARS— CoV)的研究中发现,ACE2是SARSCoV的主要 功能性受体.除了人类以外,部分灵长动物,果 子狸,家猫,雪貂都是SARSCoV的易感动物], 除人及非洲绿猴肾细胞(VeroE6)的ACE2外,小 鼠,果子狸等动物细胞的ACE2也可作为SARS— CoV的细胞受体j.扩增并鉴定家猫的ACE2基 因能为阐明SARS—CoV感染家猫的分子机制及了 解SARSCoV的动物宿主提供理论依据.本文扩增 并鉴定了家猫ACE2基因mRNA编码区序列,其 编码的氨基酸序列与人,小鼠,大鼠ACE2蛋白的 氨基酸序列同源性分别达到85,81和81,运 用生物信息学手段对其编码蛋白的理化性质,功能 结构进行了分析和预测.通过对家猫ACE2蛋白的 分析预测,为进一步研究ACE2蛋白作为SARS— CoV功能性受体的机理,SARSCoV的起源及跨种 感染途径提供了依据. 1材料与方法 1.1实验材料 9月龄健康家猫3只,购自武汉市场,解剖后取 肺脏液氮急冻后80.C保存.Trizol试剂盒及 UNIQ一10柱式DNA胶回收试剂盒购白上海生工生 物技术服务有限公司.TaKaRaRNALAPCRKit (AMV)Ver.1.1及3FullRACECoreSet购自大 连宝生物工程有限公司.引物OligodT—Adaptor及 3sitesadaptor来自3FullRACECoreSet,其余引 物序列由上海生工技术服务有限公一J合成. 1.2cDNA第一链的合成 按Trizol试剂盒使用说明提取家猫肺脏总 RNA.以家猫肺脏总RNA为模板,使用TaKaRa3 FullRACECoreSet中的OligodTAdaptorPrimer 为引物进行反转录反应,合成第一链cDNA.反转录 反应条件为:50C40min,94.C3min. 收稿日期:2005—04—0l十通汛联系人Email:azglgy@yahoo.tom 基金项目:同家重点基础研究发展计划(973)SARS防制基础研究专项资助项目(2003CB514122) 作者简介:王冲(1980一),刃,硕士生,现从事动物病毒分子生物学研究.E—mail:chongwangmail@yahoo.COI]~.CI1 武汉大报(学版)第51卷 1.3家猫ACE2基因扩增 根据已知的人ACE2mRNA与小鼠的ACE2 mRNA序列中的保守序列没汁引物F1,R1( 1),以反转录反应产物为模板进行PCR反应.由此 扩增出来的片段命名为Seq1.根据Seql所洲得 的序列设计引物R2,F3,根据已知的人与小鼠的 ACE2mRNA序歹0没I'弓I物F2,R3.分Jj1用F2,R2 干?F3,R3两对引物以反转录反应产物为模板扩增 ltl片段Se(12和Seq3.根据Seq3所测得的序列设计 引物Fd,以F,I,3sitesadaptor为引物,从反转录反 应广物巾扩增出一个片段,命名为Seq4.,ACE2扩 增策略见冈1.所有PCR的反应条件均为:94?40 s,55C40s,72C1.5rain,共35个循环,最后72C 延伸10rain.每只实验动物进行一套扩增反应. 表1扩增家猫ACE2基因的引物序列 rjl物列 ()ligodTAdaptor F1 I1 F2 R2 F3 R3 F4 3SitesadaptOr 也(II1,域及3sitesadaptor部分 5AC-(,AAA(,((;TT(人A(,A(,.3 5一,l/t(jAf'('A1r'({((IY'/lC3 5(L,L,L,AA【,L,AA(T'''1(,AAAG(LI3 5A人((T人(;(TATL,C/JI,【,人AL,3 5A(ATL,AI,(TL,A【…I…11,L…I(CG-3 5ATArr【,AST(rrTr,r(LAA—IC3 5T(A…Ir(1…1…II…I(L((''I【,(.'13 5L"I,(ATL"I,A(人(I,ACC(;G-ATCCAq,A''ICGCCGACATCACCGATG一3 .||"|"|I|I|. F1Seq1RI 『l家猢A('E2J1『人『增策l,Jj崽『冬『 1.4家猫ACE2基因序列测定与分析 各段PCR产物以各自特异引物测序,洲序『_作 由大连宝生物工稗有限公司完成.将各片段序列拼 接并比较3只实验动物的序列得到完整的家猫 ACE2基因编码区序列,采JIjBlast进行序列比对分 析,利用Clustalx1.83进行序列的队列比较. 1.5蛋白序列结构及功能特征预测 利FfjProtIaratI1tool(http:,///tpasy.0rg/ ,0orfJf"r"?.htm1)对编码蛋白的化十叶质进 行预测,利用SignalP3.0(hItz):,///'UL?观?观,.(-6.(h". dk/.serwi(es/SignalI)FM—HMMServerv.2.0 http,,IcDs.dtu.dk/services/TMHMM2. 0/)进行信号肽及跨膜螺旋预测,利用PredictPro teln(http:/?Mc.})it).columbia.edu_predictpro tein/),NNPREDICT(htt://72.!ZL~7.L'.CLvlphU,一 M(.../.edu/nomi/nnpredi{,.htm1),SO1MA(h一 tp:711psaphil.ibc'P.fr,/cgihin/7lpsaaulomat.pl.! pag'—npsasopma.htin[)进行蛋白质二级结十勾预 0.币【J』{jSMART(http:,//smart.mhlhPid6r. /),MotifScan( motiJ(AT/)以及lnterProScan(httP:/ZUZUZU.ebi. . uk/InterProS~洲)对家猫ACE2蛋白的结构 域,基序以及门质家族进行预测. 2结果 2.1家猫ACE2基因mRNA及其编码蛋白的序列 分析 将测序鉴定后的家猫A(7E2基因特异性片段 进行拼接获得mRNA编码区序列.与人,小鼠,大鼠 一 样.家猫A(7E2编码区全长2418bp(GenBank accession:AY957464),编码805个氨基酸残基.利 川ClustalX1.83软件分别对4种动物的ACE2的 核苷酸及氨基酸j孚列进行队列比射分析,发现家猫 (7E2与人,小鼠及大鼠A(7E2基因mRNA编码区 列的核廿酸同源r分别为869/i,84和84,所 编码蛋白质氦基酸同源忖分别为859/6,81和81 (2). 一 ? 潞 ..n 第6期I冲等:缘ACE2闪兜降,测序及物信息学分析741 Cat Human Mouse Rat Cat Human Mouse R魏乞 *_?:{__:?:?青}??_????_女???#?. {?t_??#t_?. t :螽耄83器鐾器毯豢嚣:嚣器基基i溢3l棼GAKWw嚣SA赢 3MSSwLLLsIIV^vTTAo嚣LT客船髓LFN锰瑟A霹DL嚣Q转嚣 LASWNYNTNIT霹瓣NAQ蚝砬A"KW嚣赢盯职08麓 MSS唔 WLLLSLVA~TAQSLIEPLNKFNQRARDLSYQSSLASWNYNTNITEENAQ~EAA AKWSAFYEEQSKIA ???t?? . ?女:*?_t?t?_?甫?? . ??t女?t自:_:? 鲁??_??:??t_?t女^tt???????t女. _?t女??? CatHAYVRAKLMDTYP~ISPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYRLTVPFGQKPN Human珏AYvRAl[Yp器x互8赡瑶eLpA辣GDMw谨敷FwTNLLTv?鬣p辩 MOUSeIlAWli嗽M】)TYpSZ剿坷CpA强kGDMwG取T牲IIYPLTVPPAQKPN RatHAYvR豫蠖YpsYIspGcL驴AHLLD*lG骁TNLYpL殛P砭KPN Ca Human Mouse Rat 喜O gO gO 1誊O l《0 160 1S0 160 Lz露D?聪F'IKPI呻240 LIEDVEHTP~EIKPLYEHL240 LIEDV~FAEIKPLYEHL240 LEDV碰殂麓躲I袋pI宣L240 ?:*_??_??? F麓Il驴8VG320 腿戤麟矿FVsvG320 ~IEAEKFrVSVGL32O EAE鬟暮SVG20 :?*?誊_?{^::?. _??女?_?t:_?t??_t+__:t????????_?t?_????_ PNMTQGFWENSMLTEPGDSRKWCHPTAWDLGKGDFRIKMCTKVTMDDPLTA HHRMGHI 器蒜鬻;:溉c越plAWDL壤簌龆D矽RI~MCTKArrMDDFL翟lA秘疆露MGl薹cHp?A黔L聪?P敏茗聪eT眦触驺NL翟氨Hl薹BIe薹{pZAW黔LG秘《FRI氍Me豫V翟黜艇LT氨娃盖王霹MG盖王Ip矿LL藏艇G赢艇lGP磕00pLR辩GAN甚G磕O0pL黧Na氨酣粥400 pLL巍NG曩00 ???_?????????女:???:?_? .. ?* _ -?*t?t女???t?_???*-??t???????: * :??::^?#?-? CatHEAVGEIMSLsAAT}l磁IGLLSP~EDSETEINFLLKQAL HumanHEAVGEIMSLSAATRKHLKSIGLLSPDFQEDN~TRINPLLKQAL MouseHEAVGRIMSLSAATPKHLKSIGLLPSDPQRDS~TEINFLLKQAL RatHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLLPFQEDNETEINPLLKQAL 女??女??:?*???*?女?__?*?:?女?_????????? 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CatS瑶FLGZQpTL8ppYQppvTIWLIV RumanSLEFLGIQpTl题pP=QPP%~IWLIV Mouse8LELGHpTL器pp髓ppVTZWLII RatSLEPLG瑙pTppppV.rIWLII CatVQT HumanVOT Mouse矗oT RatAOT 霉0? 日0? 辖05 0S 薹FG,燃VVGF档VVMq西VvvIIII臻GzVILz(G瑙ILI~JTGZV工羔IV譬谨 _戈J2家,人,小鼠,大鼠ACE2赁门的氮基酸序列比刈 2.2家猫ACE2蛋白结构及理化性质分析 利用ProtParamtool程序对家猫ACE2基【编 码蛋白质理化性质进行分析,结果显示其分子结构 式为HN()S.,.,论pI值为.64,分 子量为9.2708×10,脂肪系数为76.d3,不稳定系 数为42.67,属丁不稳定蛋白质.利用Signall3.0 对家猫ACE2摹因编码蛋白进行了信号肽分忻,存 #0O 蛰OO gO0 霉00 17aa~18aa/19aa,20aa处存在潜在的裂解位点,结 合其他预测工具的预测结果以及人ACE2蛋白的 信uJ肽定化,确定家猫ACE2蛋白信肽序列应该 定何丁laa,18aa.二级结构预测的结果表明家猫 ACE2蛋白螺旋结构占47.2O,折叠结构占 15.O3,转角结构占7.4,无规则卷曲占 30.31.以TMHMMServerv.2.0对家猫ACE2 Cn密电 a巍拱藏 C地URU0 醒M DDD珏 霹窟黼霹 YYYY嘲峨醐聃 氨AA氨 浆瓤R我黻姒凇默 E窿窟R 辩辩艇辩 K袋装装 LkLLwww YY 譬翟霹 窟瓢窟窟 YYYY LLLL ppp R砘R疑 LLLL QcIQQ 砬饕鬣 稀诺GG VVVV E譬譬翳媳蛾酏触 孵卵WW;;蕊5; 洲肼 礅RRR 武汉大学(理学版)第5l卷 蛋白的跨膜螺旋进行预测,预测发现在740aa, 762aa处有一个跨膜螺旋,属于I型跨膜蛋白. 2.3家猫ACE2蛋白的功能预测 利用SMART,MotifScan,InterPro—Scan对家 猫ACE2基因编码蛋白进行结构域,基序,蛋白质 家族分析.结果显示家猫ACE2基因编码蛋白属于 Peptidase— M2蛋白质家族.在37laa,380aa处 (TAHHEMGHIQ)发现一个典型EGSTAIIvN] {PCHR}{KND}一H—E—lLIVMFYW~一{DE HRKP}一H—x一[IIVMFYWGSPQ]结构,即锌金 属蛋白酶锌结合区标签位点. 人ACE2蛋白的al脊区,loopand口3区和 3讨论 alridge 人30DKFNHEAEDLFY41 30EKfNHEAEELsY4I 了30ETFNYEA0ELsY41 小鼠30NNFNQEAEDLSY41 人默30NKFN0EAEDLSY41 '———————,..一.———.....——————+ loopand5区被认为是SARSCoV的受体功能决 比较人,猫,果子狸,小鼠,大鼠ACE2蛋白 定区. 上述3个的氨基酸片段同源性,发现猫ACE2与人 ACE2具有更高的同源性.猫ACE2al脊区(30aa~ 41aa)仅有两个氨基酸与人ACE2不同,而这两个氨 基酸与果子狸相同,与人ACE2相比果子狸此外还 具有3个氨基酸差异.Loop与a3区(82aa~93aa) 氨基酸变异最大,但和其他动物的ACE2序列比, 猫与人的序列同源性最高.至于loop与5区 (353aa357aa)序列,猫ACE2与人ACE2完全相 同,而果子狸,小鼠,及大鼠均与人ACE2有差异 (图3). Loopand? 82MYPLQEIQNLV93 82TYPLAEIHNTTV93 82TYPLQEIQDAKI93 82SFSLQEIQTPII93 82NFSLQEIQNATI93 Loopand85 353KGDFR357 353KGDFR357 353KDDFR357 353HGDFR357 353HGDFR357 一 吧一 图3不同动物ACE2的SARS-CoV受休功能决定区的氨基酸序列同源性比较 ACE2是2000年新鉴定的一种蛋白质,目前 GenBank巾仅有人ACE2及大猩猩,小鼠,大鼠等 动物AE2基凶的详细序列,本文有关猫ACE2基 因的研究迄今未见文献报道. 本研究扩增鉴定了猫ACE2基因编码区核苷 酸序列,其编码区核苷酸度及其所编码的蛋白质 序列的长度与人,小鼠,大鼠的ACE2长度完全一 致,几个物种ACE2蛋白的氨基酸相似程度达81 以上.蛋白质家族分析表明扩增得到的基凶编码 M2蛋白酶家族的蛋白质,而该家族包括血管紧张 素转换酶1及血管紧张素转换酶2等成员.同时在 ACE2蛋白质序列中发现了典型的锌金属蛋白酶的 锌结合位点,其位置及结构与人及小鼠ACE2一 致【【.蛋白理化性质预测分析结果与人ACE2亦基 本相同.综合以上结果,可以证明本研究扩增得到的 基因是家猫的ACE2基因. 猫在冠状病毒感染中具有一种近乎神秘的地 位.业已证明,I群冠状病毒中的人冠状病毒 HCV229E,猪传染性胃肠炎病毒,猫传染性腹膜炎 病毒以及?群冠状病毒中的鸡传染性支气管炎病毒 都可以利用家猫氨基肽酶N(aminopeptidaseN, APN)作为细胞受体入侵靶细胞n..由此可以推 测家猫可能在冠状病毒跨种感染及发展衍生过程中 起到重要的作用.SARSCoV属于新定义的?群冠 状病毒,目前已经确定的两种受体分别为ACE2和 CD209I.SARS—CoV能感染家猫,病毒能在家猫体 内正常增殖,感染后的家猫还能够有规律排毒],而 在部分SARS患者家中饲养的宠物猫体内也检测 出了SARSCoV[1.除了大鼠ACE2几乎没有 SARS—CoV受体功能外,小鼠及果子狸的ACE2都 能作为SARS—CoV的细胞受体,但受体功能较人 ACE2弱,动物细胞的这种低功能受体可能与 SARS—CoV在动物中的持续感染及动物作为 并且是由ACE2受体 SARS—CoV的自然宿主有关, 分子的结构差异决定的.已证明将人ACE2的受体 功能区置换为果子狸的功能区序列,可使人ACE2 的受体功能降低].比较分析人及家猫,果子狸,小 鼠,大鼠等不同动物ACE2三个sARsCoV受体功 能区的同源性,发现家猫与人ACE2的同源性较其 他动物均高,推测猫ACE2可能较现有已知动物的 ACE2更能有效介导SARS—CoV的感染,进一步研 究猫ACE2的受体功能对阐明SARS—CoV跨种感 染机制具有重要意义.目前在SARS研究中使用的实 验动物主要有非洲绿猴,果子狸和小鼠,家猫ACE2 受体功能区与人ACE2的高度同源性提示,家猫也有 可能成为SARS研究中一种新的实验动物.由于家猫 已成为人类亲密的伴侣动物,不大可能是SARS-CoV 第6期王冲等:家猫ACE2基因克隆,测序及生物信息学分析743 的自然宿主,但家猫是否在SARS-CoV跨种感染与传 播中起中转作用有待进一步证实. 参考文献: r1]CrackowerMA,SaraoR,OuditGY,eta1.Angiotensin- ConvertingEnzyme2isanEssentialRegulatorofHeart FunctionEJ].Nature,2002,417(6891):822—828. r2]HarmetD,GilbertM,BormanR,eta1.Quantitative mRNAExpressionProfilingofACE2.aNovelHom— ologueofAngiotensinConvertingEnzymeEJ].FEBS Lett.2002,532(1-2):107—110. r3]LiW,MooreMJ,VasilievaN,eta1.Angiotensin—Con— vertingEnzyme2isaFunctionalReceptorforthe [4] [5] [6] SARSCoronavirusEJ].Nature,2003,426(6965):450— 454. JeffersSA,TusellSM,C-illim—RossI,eta1.CD209I (L—SIGN)isaReceptorforSevereAcuteRespiratory SyndromeCoronavirusEJ].ProcNaziAcadSciUSA, 2004,101(44):15748—15753. MartinaBE.HaagmansBI.KuikenT,ela1.Virolo— gY:SARSVirusInfectionofCatsandFerrets[J]. Nature,2003.425(6961):915. SongHD,TuCC,ZhangGW,eta1.Cross—Host EvolutionofSevereAcuteRespiratorySyndromeCoro— navirusinPalmCivetandHuman[J].ProcNatl AcadSciUSA,2005,102(7):2430—2435. C7]LiW,GreenoughTC,MooreMJ,ela1.EfficientRep— licationofSevereAcuteRespiratorySyndromeCorona— virusinMouseCellsisIimitedbyMurineAngioten— sin—ConvertingEnzyme2[J].JVirol,2004,78(20): 11429一l1433. 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DomesticCatACE2GeneCloning,Sequencing WANG (CollegeofVeterinary andBioinformaticAnalysis Chong.TANYa—di,GUOAi—zhen,CHENHuan—chun Medicine,HuazhongAgriculturalUniversity.Wuhan430070,Hubei,China) Abstract:Angiotensin— convertingenzyme2(ACE2)hasbeendeterminedasthemostefficientreceptor ofSARSCoV.DomesticcatsareoneofthesusceptiblehostsforSARS— CoV.Itis1ikelyforSARS—CoVto infectcatsbyusingthecellularACE2asthecommonreceptor.Thereforethisstudyistargetedtoidentify thecatACE2.ThedomesticcatsweresacrifiedandthelungwasusedtoextractthetotalRNA.ThecD NAwassvnthesizedbyreversetranscription.FouroverlappedmRNAfragmentswereamplifiedbyusing thecDNAasthetemplatesandspiced.ThedomesticcatsACE2mRNAcodingregionconsistsof2418nu cleotidesencodingputativeproteinof805aminoacids.AlignmentanalysisdemonstratedthatcatACE2has asimilaritvof85,81and81attheaminoacidlevelwithhuman,mouseandratACE2respectively. Aseriesofbioinformaticsanalyseswereperformedtopredictthestructureandfunctionofthisprotein. TheresuhsconfirmedthatthesequenceisthecodingsequenceofdomesticcatACE2.Furthermore,thecat ACE2sequencesinthreeACE2domainsofSARSCoVassociationhavethehighestsimilaritywithhuman ACE2suggestingcatsmayplayanimportantroleinSARSCoVinterspeciesinfection. Keywords:domesticcats;angiotensinconvertingenzyme2;sequenceanalysis;biointormatics;severe acuterespiratorysyndromeassociatedcoronavirus(SARS-CoV)
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