基因组DNA提取步骤

基因组DNA提取步骤 基因组DNA提取步骤 1. 从无水乙醇中取出少许组织(约50mg)加入干净灭菌的EP管 中，剪碎; 2. 加入400ul 1,的SDS，8ul(20mg/ml)的蛋白酶K，充分浸润， 入55?摇床(100转/分)，期间振荡助溶至澄清(5-6h); 3. 取出消化液，加入6mol/L的NaCl300ul，氯仿200ul，轻柔正反颠 倒，使其充分乳化，4?13000转/分离心30min; 4. 取出上清(约400ul)，加入等体积氯仿抽提一次，轻柔颠倒后， 4?13000转/分离心10min; 5. 上清加入5μl RNaseA(10μg/μl), 37? 10分钟, 除去RNA(RNA对DNA的操作、分析一 般无影响，可省略该步骤)。 6. 取上清加入等体积异丙醇，轻柔混匀后-20?沉淀10min; 7. 4?13000转/分离心15min，弃上清; 8. 用75,乙醇洗涤1-2次(1000ul，11000转/分离心2min)，弃上 清; 9. 冰冻无水乙醇洗涤1-2次(1000ul，11000转/分离心4min)弃上 清，自然晾干或烘干，DDW溶解，30-50ul。 基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇， 基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀附于壁上及底部, 从而达到提取的目的。在提取过程中,染色体会发生机械断裂,产生大小不同的片段,因此分离基因组DNA时应尽量在温和的条件下操作,如尽量减少酚/氯仿抽提、混匀过程要轻缓, 以保证得到较长的DNA。一般来说,构建基因组文库, 初始DNA长度必须在100kb以上,否则酶切后两边都带合适末端的有效片段很少。而进行RFLP和PCR分析, DNA长度可短至50kb, 在该长度以上,可保证酶切后产生RFLP片段(20kb以下),并可保证包含PCR所扩增的片段(一般2kb以下)。 不同生物(植物、动物、微生物)的基因组DNA的提取方法有所不同; 不同种类或同一种类的不同组织因其细胞结构及所含的成分不同，分离方法也有差异。在提取某种特殊组织的DNA时必须参照文献和经验建立相应的提取方法, 以获得可用的DNA大分子。尤其是组织中的多糖和酶类物质对随后的酶切、PCR反应等有较强的抑制作用,因此用富含这类物质的材料提取基因组DNA时, 应考虑除去多糖和酚类物质。 本实验以水稻幼苗(禾本科)、李(苹果)叶子、动物肌肉组织和大肠杆菌培养物为材料,学习基因组DNA提取的一般方法。 从植物组织提取基因组DNA 一、材料 水稻幼苗或其它禾本科植物，李(苹果)幼嫩叶子。 二、设备 移液器，冷冻高速离心机，台式高速离心机，水浴锅，陶瓷研钵，50ml离心管(有盖)及5ml和1.5ml离心管，弯成钩状的小玻棒。 三、试剂 :100mmol/L Tris?Cl, pH8.0, 20mmol/L EDTA, 500mmol/L NaCl, 1、提取缓冲液? 1.5% SDS。 2、提取缓冲液?:18.6g葡萄糖，6.9g二乙基二硫代碳酸钠，6.0gPVP，240ul巯基乙醇，加水至300ml。 3、80:4:16/氯仿:戊醇:乙醇 4、 RnaseA母液:配方见第一章。 5、其它试剂:液氮、异丙醇、TE缓冲液，无水乙醇、70%乙醇、3mol/L NaAc。 四、操作步骤: (一)水稻幼苗或其它禾木科植物基因组DNA提取 1. 在50ml离心管中加入20ml提取缓冲液?, 60?水浴预热。 2. 水稻幼苗或叶子5-10g, 剪碎, 在研钵中加液氮磨成粉状后立即倒入预热的离心管中, 剧烈摇动混匀, 60?水浴保温30-60分钟(时间长,DNA产量高), 不时摇动。 3. 加入20ml氯仿/戊醇/乙醇溶液, 颠倒混匀(需带手套, 防止损伤皮肤)，室温下静置5-10分钟, 使水相和有机相分层(必要时可重新混匀)。 4. 室温下5000rpm离心5分钟。 5. 仔细移取上清液至另一50ml离心管,加入1倍体积异丙醇,混匀,室温下放置片刻即出现絮状DNA沉淀。 6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用钩状玻璃棒捞出DNA絮团,在干净吸水纸上吸干,转 入含TE的离心管中,DNA很快溶解于TE。 7. 如DNA不形成絮状沉淀,则可用5000rpm离心5分钟, 再将沉淀移入TE管中。这样收集的沉淀,往往难溶解于TE,可在60?水浴放置15分钟以上，以帮助溶解。 8. 将DNA溶液3000rpm离心5分钟, 上清液倒入干净的5ml离心管。 9. 加入5μl RNaseA(10μg/μl), 37? 10分钟, 除去RNA(RNA对DNA的操作、分析一般无影响，可省略该步骤)。 10. 加入1/10体积的3mol/L NaAc及2×体积的冰乙醇,混匀,-20?放置20分钟左右,DNA形成絮状沉淀。 11. 用玻棒捞出DNA沉淀,70%乙醇漂洗,再在干净吸水纸上吸干。 12. 将DNA重溶解于1ml TE, -20贮存。 13. 取2μl DNA样品在0.7% Agarose胶上电泳, 检测DNA的分子大小。同时取15μl稀释20倍, 测定OD260/OD280, 检测DNA含量及质量。 [注意] 5g样品可保证获得500μg DNA, 足供RFLP、PCR等分析之用。 (二). 从李(苹果)叶子提取基因组DNA 1. 取3-5克嫩叶, 液氮磨成粉状。 2. 加入提取缓冲液?10ml, 再研磨至溶浆状。10000rpm, 10min。 3. 去上清液,沉淀加提取液?20ml, 混匀。65?, 30-60min, 常摇动。 4. 同本节(一)中步骤3-13操作。 从动物组织提取基因组DNA 一、材料 哺乳动物新鲜组织。 二、设备 移液管、高速冷冻离心机、台式离心机、水浴锅。 三、试剂 1、分离缓冲液:10mmol/L Tris?Cl pH7.4, 10mmol/L NaCl, 25mmol/L EDTA。 2、其它试剂:10% SDS，蛋白酶 K (20mg/ml或粉剂)，乙醚，酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)，无水乙醇及70%乙醇，5mol/L NaCl，3mol/L NaAc，TE。 四、操作步骤: 1. 切取组织5g左右,剔除结缔组织,吸水纸吸干血液,剪碎放入研钵(越细越好)。 2. 倒入液氮,磨成粉末,加10ml分离缓冲液。 3. 加1ml 10% SDS, 混匀,此时样品变得很粘稠。 4. 加50ul或1mg 蛋白酶 K, 37?保温1-2小时, 直到组织完全解体。 5. 加1ml 5mol/L NaCl, 混匀,5000rpm离心数秒钟。 6.取上清液于新离心管，用等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提。待分层后,3000rpm离心 5分钟。 7. 取上层水相至干净离心管, 加2倍体积乙醚抽提(在通风情况下操作)。 8. 移去上层乙醚,保留下层水相。 9. 加1/10 体积3mol/L NaAc, 及2倍体积无水乙醇颠倒混合沉淀DNA。室温下静止10-20分钟，DNA沉淀形成白色絮状物。 10. 用玻棒钩出DNA沉淀,70%乙醇中漂洗后,在吸水纸上吸干,溶解于1ml TE中,-20?保存。 11. 如果DNA溶液中有不溶解颗粒,可在5000rpm短暂离心,取上清; 如要除去其中的RNA,可加5μl RNaseA(10μg/μl), 37?保温30分钟, 用酚抽提后, 按步骤9-10重沉淀DNA。 细菌基因组DNA的制备 一、材料 细菌培养物。 二、设备 移液管, 高速冷冻离心机, 台式离心机，水浴锅。