不同居群狗牙根RAPD分析

不同居群狗牙根RAPD 分析 定性数据统计分析pdf销售业绩分析模板建筑结构震害分析销售进度分析表京东商城竞争战略分析 不同居群狗牙根RAPD分析 2S8—262 2010年2月 草业 ACTAPRATACUITURAESINICA 第19卷第1期 Vo1.19,No.1 不同居群狗牙根RAPD分析 梁慧敏 (江苏农林职业技术学院,江苏旬容212400) 摘要:利用RAPD分子标记和形态特征观察研究了中国部分地区野生和坪用型及国外引进商业品种狗牙根28个 居群的遗传差异.2O个寡聚核苷酸引物扩增共得到326个标记条带,其中314条为多态性带,占96.32,平均每 个引物15.7个多态位点, 证明 住所证明下载场所使用证明下载诊断证明下载住所证明下载爱问住所证明下载爱问 试验 材料 关于××同志的政审材料调查表环保先进个人材料国家普通话测试材料农民专业合作社注销四查四问剖析材料 之间存在复杂的遗传背景,有丰富的遗传多样性.聚类结果结合形态学特 征分析,28个狗牙根居群可划分为A,B,c三大类型,A类包含l2个居群,相似系数0.2510,0.0541,证明遗传 差异较大,多态性较为丰富,从外部形态看这类叶片长而宽,质地较粗,主要包括广州,浙江,无锡,南京及青岛等地 的野生类型;B类有9个居群,相似性系数0.2339,O.1216,说明遗传基础比较狭窄,相对遗传距离较近,外部形 态看这类叶片短而中长,质地纤细,主要为从国外和国内其他城市引进的草坪型居群;C类包括7个居群,相似系 数范围0.500~0.143,说明各居群间变异范围更大,主要为山东内陆不同地区的居群. 关键词:狗牙根;RAPD分子标记;遗传多样性;聚类分析 中图分类号:$543.903.2;Q943文献标识码:A文章编号:10045759(2010)01—0258-05 本项研究以收集到的28份国内野生和坪用型及国外引进商业品种种质资源(居群)为材料,通过随机扩增多 态性DNA(randomlyamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)技术进行居群之间的遗传差异分析并结合形态学观 察划分出不同的类型,为狗牙根(Cynodondactylon)的遗传分类学研究提供分子水平的参考,并为开展狗牙根分 子育种研究奠定基础. 1材料与方法 1.1植物材料 供试的28个狗牙根居群来源地及编号列于 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 1.其中1,12号,22~28号为中国普通野生型,13,21号为 坪用型品种. 1.2RAPD分子标记 1.2.1植物基因组DNA的提取从种质圃中的28个狗牙根居群中,每个居群随机选取10个单株,混和剪取 新鲜幼嫩叶片10~20mg,用冰壶带回实验室流水冲洗干净,灭菌ddHO冲洗3遍,吸水纸吸干水分后用改良的 CTAB方法口(cetyltrimethylammoniumbromide,十六烷基三甲基溴化胺)提取总DNA. 1.2.2RAPD的PCR扩增与 检测 工程第三方检测合同工程防雷检测合同植筋拉拔检测方案传感器技术课后答案检测机构通用要求培训 DNA扩增在PTCDNAEnginesystemsPCR(DNA聚合酶反应技术) 仪上进行,PCR反应体系为2O肚L[2],反应条件:94.C预变性5min,94.C变性1min,36.C复性1min,72.C延伸2 min,共45个循环,最后72.C延伸10min,PCR扩增产物在1浓度的琼脂糖凝胶中电泳,溴化乙锭染色,在凝胶 成像系统中拍照,保存图片. 1.2.3引物筛选筛选了Opron公司生产的220个lobp的随机引物,选择扩增条带丰 富,重复性好的2o个引 物进行RAPD试验,所使用的引物序列及扩增结果见表2. 1.2.4数据分析对重复性好的扩增片段在0.25,2.00kb收集RAPD数据.记录时只记录那些谱带清晰, 并在重复试验中稳定出现的带,不分强弱,并设对照.每个样品的扩增条带按有或无记录,存在时赋值为1,否则 赋值为0.统计多态性位点,计算多态位点百分率,并计算各居群RAPD分子标记的遗传相似系数,所有数据统 计均由NTSYS--pc(Version1.8)软件完成,采用类平均法(UPGMA)对遗传距离矩阵进行聚类分析,建立遗传 关系聚类图. 收稿日期:2009—0105;改回日期:2009—02—26 基金项目:江苏高技术研究项目(No.BG2007317),江苏"六大人才高峰"项目(07G一002)和农业部草地农业生态系统学重点开放实验室开放 课题基金资助. 作者简介:梁慧敏(1962),女,宁夏银川人,研究员,博士.E—mail:lianghuimin0218@126.com 第19卷第1期草业2O1O年259 表1供试材料的名称与来源 Table1Namesandsourcesofexperimentalmaterials 编号种(品种)名材料来源编号种(品种)名材料来源 NumbersSpeciesMaterialsOriginNumbersSpeciesMaterialsOrigin (Varites)(Varites) S1C.dactylonGZ贵州贵阳Guiyang,Guizhou$15TifgreenNJ5江苏旬容Jurong,Jiangsu S2C.dactylonWX江苏无锡Wuxi,JiangsuS16TifgreenNJ6江苏溧阳Liyang,Jiangsu S3C.dactylonGZ1广东广州Guangzhou,Guangdong$17TifgreenNJ7江苏扬州Yangzhou,Jiangsu S4C.dactylonGZe广东清远Qingyuan,GuangdongS18TifwayINJ8江苏泰洲Taizhou,Jiangsu S5C.dactylonGZ3广东肇庆Zhaoqing,GuangdongS19TifgreenGZs广东广州Guangzhou,Guangdong S6C.dactylonGZ4广东东莞Dongguan,Guangdong$20TifwayIGZ6广东深圳Shenzhen,Guangdong S7C.dactylonZJ1浙江杭卅『Hangzhou,Zhejiang$21TifwayIQD3山东青岛Qingdao,Shandong S8C.dactylonZJ2浙江l临安Linan,Zhejiang$22C.dactylonDY山东东营Dongying,Shandong s9C.dactylonQD1山东青岛Qingdao,Shandong$23C.dactylonJN1山东济南Jinan,Shandong SIOC.dactylonQD2山东胶洲Jiaozhou,Shandong$24C.dactylonJNz山东章丘Zhangqiu,Shandong S11C.dactylonNJ1江苏南京Nanjing,Jiangsu$25C.dactylonJN3山东历城Licheng,Shandong S12C.dactylonNJ2江苏句容Jurong,Jiangsu$26C.dactylonJN4山东长清Changqing,Shandong s13TifgreenNJa江苏南京Nanjing,Jiangsu$27C.dactylonTN:山东泰安Tai'3n,Shandong S14TifgreenNJ4江苏江宁Jiangning,Jiangsu$28C.dactylonTNz山东淄博Zibo,Shandong 表2引物,序列和扩增结果 Table2Listofprimers,theirsequencesandamplifiedresults 26OACTAPRATACUITURAESIN1CA(2O10) 图1引物(左图:OPN2,右图:OPN10)扩增的RAPD带型 Fig.1RAPDpolymorphismsgeneratedbyprimers(1eft:OPN2,right:OPN10) M为DGL2000标准分子量;CK1和CK2分别为无样和无Taq酶的对照;数字1--28所代表的材料名称见表1MisDGI2000DNAmarker;CK1 andCK2arecontrolofnosampleandnoTaqenzyme;1—28isthenumberofexperimentmaterial(seetable1) 2结果与分析 2.1RAPD标记 首先用2个不同生态点的野生狗牙根和1个坪用型狗牙根为材料,筛选合适的引物.再用初选出来的引物 对供试的28份材料进行扩增,最后选取20个具有多态性且扩增效果重复性好的引物进行RAPD分析.为了保 证在不同次反应中条件的一致性和可比性,在每次扩增时,都选取同样2个样品作对照,以确定RAPD反应结果 . 的稳定性,在本研究中,RAPD反应的平均稳定性为80左右 2.2不同居群狗牙根的多态性 所有引物均产生多态性DNA,多态位点共计314个,范围为11,21个,平均15.7个多态位点/引物(图1). 在本项试验中平均96.32的有记录的带是多态的(表2).由于这28份材料分别来源于国内多个市县的不同地 理位置,代表了国内野生狗牙根的部分区域,另外也包括少部分国外育成品种(主要三倍体),但这些育成品种由 于引进中国时间较长又在国内不同地区之间进行交换种植,很难说它们遗传性状不会发生变异.以上试验结果 揭示出中国野生狗牙根不同居群间,国外引进品种的不同居群间存在着复杂的遗传背景,也存在着丰富的遗传多 样性. 2.3狗牙根居群间遗传关系聚类分析 在由326个RAPD标记获得的Nei相似系数矩阵中各居群问的相似性系数分布范围为0.5000,0.0541. 在28个供试材料中,根据相似系数做的树状分支图可将狗牙根分为A,B,C三大类群(图2).A类包括12个狗 牙根居群,Nei相似性系数分布范围在0.251O,O.0541,说明这12个居群之间的遗传多态性较为丰富;B类包 括9个居群,Nei相似性系数分布范围在0.2339,O.1216,比起A类其基因型之间 的遗传基础比较狭窄,相对 遗传距离较近;C类包括7个居群,Nei相似性系数分布范围在0.5000,0.1430,比起前2类变异范围更大,相 对遗传距离更远. l2个野生型狗牙根居群所聚成的A类,尽管它们来自于不同的地区,但在外部形态方面较相似,主要是质地 较粗,叶长而宽,如果按照地理位置细分,来自于广州的4个居群遗传距离较近,被聚为一类,其次是浙江的2个 居群,它们又和无锡居群聚为一类,之后是南京的2个居群,最后是青岛的2个居群Nei相似系数较接近,来自贵 州的居群与它们之间遗传关系最远.B类质地纤细,叶短或细中长,主要为各地从国外,全国其他城市引进的草 坪型居群,所以变异范围较小,遗传距离较近.C类主要为山东内陆不同地区居群,各居群间变异范围也很大,但 相近生境遗传距离较近,如果按地理分布,来自于济南周边的4个居群聚为一类,泰安的聚为一类,东营的和它们 的遗传距离稍远一些. 第19卷第1期草业2010年26l O72065O58O.5lO.44O.37O.300230160090.02 遗传相似系数Geneticsimilaritiescoefficient 图2狗牙根UPGMA聚类分析 Fig.2UPGMAclusteranalysisofCdactylon 3讨论 狗牙根属分类很困难,至今没有一个完全满意的分类方法].其种内营养器官的变异远比种内生殖器官的 特征变异大].刘建秀等l6指出华东地区狗牙根的外部形态特征与c.dactylonvar.dactylon很相近,两者均 有粗状到纤细的种源存在,体细胞染色体倍数为4倍或6倍,由此认为华东地区的狗牙根可能属于c.dactylon var.dactylon.由于狗牙根属是一个种类繁多,形态变异复杂,含有二倍体,三倍体,四倍体和六倍体的多年生禾 草,无论是从形态学还是细胞学水平上进行的分类都是受几个形态特征或生理生化特性的基因控制,它们在整个 遗传信息中所占比例很小,所以这些分类都有不近如人意之处.近年来发展起来的RAPD技术可以对基因组的 所有序列直接分析,检测基础序列的变化,在DNA水平上揭示群体的遗传变异,所以利用RAPD指纹图谱建立 的UPGMA系统树可以反映种内或种间关系,居群问关系和基因组问的关系[714]. 本试验结果表明,20个引物在28份材料之间均具有多态性,其RAPD扩增的总多态位点百分率达96.34, 对于狗牙根基因组DNA多态性明显偏高的特点,可以进一步证实众多研究者从生态等角度发现的狗牙根种内 拥有大量可供遗传变异选择的基因型,这些丰富的遗传变异的存在,正是狗牙根能形成众多品种的分子基础_】. 狗牙根广泛地分布于我国黄河流域及其以南地区,在新疆亦有较广泛的分布,其种质资源非常丰富,在外部 性状和抗逆性等方面差异也很大.但近年来由于人类的活动使狗牙根居群范围在迅速缩小,所以很难沿着一个 土壤梯度集中取样形成一个渐变群.本试验结果将狗牙根明显地分为3类,各类型扩增出了多个特异性片段,且 形态相似,地理分布相近的物种聚类在一起l1.,暗示着性状表现相似的类型在聚类分析中常常比较靠近,坪用 性状表现相近的草坪草品种常有聚类在一起的趋势l1. 参考文献: [1]邹玉萍,葛颂王,晓东.系统与进化植物学中分子标记[M].E京:科学出版社,2001:16-17. 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[193田志宏,邱永福,严寒,等.用RAPD标记分析高羊茅的遗传多样性_J]. 草业,2007,16(1):58,63 AnalysisondifferentpopulationsofCynodondactylonbyRAPD IIANGHui—rain (JiangsuAgricultureandForestryProfessionTechnologyCollege,Jurong212400,China) Abstract:Geneticdifferencesof28CynodondactylonpopulationswereexaminedbyRAPDandmorphological observation.Using20ologonucleotideprimers,326bandswereobtainedofwhich314(96.32)wereDo1v— morphic,anaverageof15.7perprimer.Acomplicatedgeneticbackgroundandabundantgeneticdiversitvwere foundintheexperimentalgermplasms. Accordingtoclusterandmorphologicalanalysis,the28C.d&f,vZ0n populationscouldbeclassifiedintothreetypesofwhichtypeA(12populations)hadageneticsimilaritvcoeffi, mentrangingbetween0.2510and0.0541.Thecomparativegeneticdifferencesofthistypewere1argerwith moreabundantpolymorphismsthantheothertypes.TheleavesoftypeAwerelongandwidewithahardtex, ture.ThistypeincludedgermplasmsfromGuangzhou,Zhejiang,Wuxi,Nanjing,Qingdao.TypeBinvolved9 populationswithageneticsimilaritycoefficientof0.2339--0.1216.Thegeneticdifferencewas1essandgenet, icrelationshipcloserthanintypeA.Theleaveswereshorterandthetexturefiner. TypeBincludedvarieties introducedfromothercitiesandothercountries.TypeCconsistedof7populationscollectedfrominter1andre, gionsofShandongprovince.Theyhadageneticsimilaritycoefficientof0.500--0.143showinga1argegenetic diffrence Keywords:Cynodondactylon;RAPDmarker;geneticdiversity;clusteranalysis