一、
这个软件还可以,但是要看你做什么样的预测了。针对目标位点和目标区域所给的参数略有不同。一般你可以通过文献获知治病allele的频率,发病率和genotype relative risk.最后一个还可以用以后的家系资料进行计算。一般来讲,对于常见疾病,Aa的值小于AA的值,而他们两个通常介于1-2之间。如果你只对某些点进行评估,则D‘为1, B allele frequency =A allele frequency。case数目给1000,Control : case ratio 给1。如果你已经知道自己要做多少case和control的话,直接填进去就行了。下面的复选框是根据你的control有无患病风险来决定的。再下面的User-defined type I error rate 就是你的p值得阈值,也就是显著程度的阈值。对于某个位点给0.05。但对于某个区域内的多个位点,你就要计算effective independed number of SNP 了,这个计算又是另外一套了。最后给一个80%的power值。提交后只要看弹出网页的最下方就可以了,哪里会告诉你用你的给定的
样本
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量的power是多少,要达到你要的显著值你需要多少个case。
二、
In order
to calculate power, the following assumptions were made: disease prevalence 0.003; marker allele frequency 0.3; D′
with disease allele 0.9; high-risk allele frequency 0.3; genotype AA relative risk 2.3; genotype Aa relative risk
1.0001. Using these assumptions, 365 cases and 456 control subjects would give a power of 80% with a type I error
rate of 0.05.
我已经做完实验了在写
论文
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我用过一款软件计算疾病基因关联研究样本量的感觉不错,这次是看到有一篇参考文献中提到这个网站所以想试试可是出来的结果和文献上写的不一样感觉这个软件不是专门用于疾病基因关联病例对照研究计算样本量的
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