Popgene 1.32(中文手册)

用户快速指导 POPGENE 版本 1.32 1 一、POPGENE窗口概览 该软件由 C++语言 书 关于书的成语关于读书的排比句社区图书漂流公约怎么写关于读书的小报汉书pdf 写。 POPGENE 窗口计算环境有两种类型：Data display windows（数据显示窗 口）和 Dialog boxes（对话框）. 其窗口菜单包含八部分： File：用于建立新的数据文件或打开存在的文件 Edit：用于从其他窗口修改和复制文本 Search：寻找或取代选择的文本 Co-Dominant:用于通过用 co-dominant 标志去调用物种遗传分析 Dominant：用于通过用 dominant 标志去调用物种遗传分析 Quantitative：用于通过用量化特征去调用物种遗传分析 Window：用于布置、选择和控制窗口分布 Help：帮助，告诉你如何使用该软件 在菜单栏下面有工具栏，可以快速容易的使用窗口的特色部分。 底部有状态栏，它提供的信息包括光标位置和输入数据大小。 二、POPGENE 计算程序窗口概览 POPGENE/Co-Dominant 和 Dominant markers 两个对话框：Haploid Data Analysis 和 Diploid Data Analysis。 每个对话框里有 3 个等级的 Hierarchical Structure：Single Populations, Groups 和 Multiple populations。 Single Locus 和 Multilocus 遗传参数的评定通过选择一个或多个 Hierarchical Structure 核对 框实现的。 HAPLOID DATA ANALYSIS Gene Frequency: 从原始数据中判断每个 locus 的基因频率 Allele Number:计数非零频率等位基因的数量 2 Effective Allele Number:评价彼此的结合性 Polymorphic Loci: 不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比 Gene Diversity：判断 Nei’s (1973)基因多样性 Shannon Index: 判断 Shannon 信息指数，以此作为基因多样性的程度 Homogeneity Test: 构建双向相依 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 和进行(χ 2)和相似率(G2)测试 F-Statistics:为 Groups 或 Multiple Populations 判断 Nei’s (1973) GST，以及 GST 和 GCS Gene Flow: 从 GST 或 FST 中的判断中来进一步判断基因流 Genetic Distance: 判断 Nei’s (1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗 传距离 Dendrogram:用 UPGMA 做基于 Nei’s 遗传距离的树形图 Neutrality Test:用 Manly 提出的算法，为临界稳定执行 Ewens-Watterson 测试 Two-locus LD: 判断 loci 和 χ 2 测试之间的 gametic disequilibria Brown:计算观察的和预想的 K 的 moments Smouse:编码常出现的等位基因为 1，假的等位基因为 0. 判断平均内在关系 DIPLOID DATA ANALYSIS Genotypic Frequency: 从针对 co-dominant markers 的原始数据中判断每个 locus 的基因频率 HW Test:在随机杂交的情况下，用 Levence 计算法则计算预想的遗传型频率， 并 且 执 行 基 于 Hardy-Weinberg 平 衡 ( χ 2) 和 相 似 率 (G2) 的 测 试 ， 仅 限 于 co-dominant markers Fixation Index:判断 FIS 作为异形接合体缺失或过多的判据 Allele Frequency:判断原始数据的基因频率 Allele Number: 计数非零频率等位基因的数量 Effective Allele Number: 评价彼此的结合性 Polymorphic Loci: 不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比 Obs. Homozygosity:判断给定 locus 观察到杂合子的比例，仅对于 co-dominant markers 3 Exp. Homozygosity:判断随即杂交的情况下，预想杂合子的比例，仅对于 co-dominant markers Shannon Index: 判断 Shannon 信息指数，以此作为基因多样性的程度 Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行(χ 2)和相似率(G2)测试，测试针对于 Groups 或者 Multiple Populations F-Statistics: 为 Groups 或 Multiple Populations 判断 F-statistics Gene Flow: 从 GST 或 FST 中的判断中来进一步判断基因流 Genetic Distance: 判断 Nei’s (1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗 传距离 Dendrogram: 用 UPGMA 做基于 Nei’s 遗传距离的树形图 Neutrality Test:用 Manly 提出的算法，为临界稳定执行 Ewens-Watterson 测试 Two-locus LD: 判断 loci 和 χ 2 测试之间的 gametic disequilibria Smouse: 编码常出现的等位基因为 1，假的等位基因为 0，他们的异形接合体为 1/2. 判断平均内在关系 三、软件的使用 输入文件格式 输入文件应该由表头和数据两部分构成。表头的格式应该是这样：（1）用 /* ... */符号限定；（2）populations 的数量；（3）loci 数量；（4）locus 的名字。 数据开始为每个 population 的 ID #和 population 的名字 ，这两个都是可 选项。如果这两项没有给出的话，就应该在 populations 之间留下至少一个空白 行，该软件会自动给你产生 population 的 ID。如果这两项给出来的话，你的 population 的 ID#和 population 的名字之间必须是不重复的。原始数据的格式很 自由，纵行之间可以带或不带 1 个或更多的空格，但他们之间不能有空行。对于 haploids 和 dominant markers 像 RAPDs 无值的位置要以“ .“代替（也就是 说把出现或未出现等位基因的代表为一个点），对 diploids co-dominant markers 的用“ . .“。下面给出三个例子。头两个例子纵行之间有空格，第三个数据中是 4 空格和无空格的混合以说明数据输入的灵活性。 例 1：haploid data 的输入格式 /* Haploid numeric data of 3 populations each with 3 records (gametes) & 19 loci */ Number of populations = 3 Number of loci = 19 locus name : AAT-1 AAT-2 ACO ADH APH DIA-2 DIA-3 GDH G6H IDH MDH-1 MDH-2 MDH-3 MDH-4 ME PGI PGM 6PG-1 6PG-2 ID = 1 1 1 1 ID = 2 1 1 1 ID = 3 1 1 1 例 2：diploid data, co-dominant marker 的输入格式 /* Diploid alphabetic data of 3 populations each with varying records (genotypes) & 21 loci */ Number of populations = 3 5 Number of loci = 21 Locus name : AAT-1 AAT-2 AAT-3 ACO ADH DIA-1 DIA-3 EST-2 GDH G6P HA IDH MDH-1 MDH-2 MDH-3 MDH-4 PEP-1 PEP-2 PGI-2 PGM SPG-2 AA AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB BB A3 AA AB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA BC AC AA AB AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB CC AA BB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AC AA AA AA AB AA AA AA AA AB AB AC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AB AA AA AA BC AC AA AB AB AA AA AA AA AB AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AA AA AA AA AA AA AA BC AA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA