Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）-生物秀

Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）--生物秀 Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） :::::::生物秀频道精选::::::: 新闻: 热点 进展 国际 图片 RNA 脑科学 芯片 克隆 转基因 DNA-基因 基因治疗 蛋白质组 信号转导 干细胞 产业: 产业动态 行业分析 公司企业 政策法规 创投 实验: 基本 PCR DNA RNA 细胞 生理 植物 免疫 模式生物 微生物 遗传 生化 神经 安全 工具 软件 论坛 图库 仪器: 显微系统 光/色/质谱 PCR仪 酸度计 离心机 玻璃仪器 超净台 安全柜 论坛 仪器图库 下载: 软件 实验 电子书 课件 学术 医学 综合 工具 论坛 :::::::实验论坛栏目设置::::::: 注册会员 [核酸基因技术] [细胞实验技术] [蛋白实验专区] 发表话 题 快递公司问题件快递公司问题件货款处理关于圆的周长面积重点题型关于解方程组的题及答案关于南海问题 [生化与免疫区] [实验综合讨论] [PCR讨论版块] ◇ 关于RNAi和Id3 ◇ 没有通用buffer 怎么办 ◇ 求助：做鸡肠道的一个780bp的蛋白基因 ◇ PCR结果的一个问题 ◇ 请教连接的问题 ◇ 求教，组蛋白乙酰化western blotting? ◇ 1640培养基 变色 ◇ 有英文版的蛋白纯化技术没? http://www.bbioo.com/bio101/2007/20223.htm（第 1／4 页）[2008/6/13 21:22:16] 作者：GreatWall 来源：丁香园 时间：2007-9-6 作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能： 如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。 在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入 模板 个人简介word模板免费下载关于员工迟到处罚通告模板康奈尔office模板下载康奈尔 笔记本 模板 下载软件方案模板免费下载 序列，根据不同的实 验情况，导入模板有三种方法： 1， 直接用键盘输入： a， 点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进 入序列展示窗口； b， 此时即可键入DNA序列； c， 如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜 单中的“Readback on”即可。 首页 | 新闻 | 产业 | 实验 | 专业 | 仪器 | 考研 | 下载 | 生物图片 | 科普 | 生物人 | 商城 | 论坛 | 博客 | 商务 | 视频 | | 实验首页 | 基本技术 | 仪器设备 | PCR 实验 | DNA 实验 | RNA 实验 | 蛋白实验 | 生化与分子 | 免疫实验 | 遗传实验 | 细胞实验 | 解剖生理 | 微生物实验 | | 植物实验 | 神经实验 | 医药实验 | 模式生物 | 生物芯片 | 电泳技术 | 生物信息 | 实验室安全 | 在线工具 | 文献检索 | 软件教程 | 实验视频 | 实验软件 | 导航： 生物秀 > 实验 > 软件教程 > 实验正文 Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）--生物秀 2， 利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式， 如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘 贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept 浮动命令，即可进入引物设计模式。 3， 如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文 件。 点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。 进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以 及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在 设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基 因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部 稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。 一，普通引物对的搜索： 以Mouse 4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物 来扩增出600－800bp长的PCR产物。 1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框； 2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs。 在Oligo默认的状态下，对此引物对的 要求 对教师党员的评价套管和固井爆破片与爆破装置仓库管理基本要求三甲医院都需要复审吗 有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定， d，去除错误引发引物等。 3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。 �¬单击：“search Ranges”按钮，弹出“Search Ranges”对话框。输入上游引物的范围：1－2000， 下游引物的位置：100－2300；PCR产物的长度600－800bp。 �­单击“Paramaters”按钮进入“Search Parameters”对话框，对话框种分三个活页，分别是：不同设 定，参数以及更多参数。 �®在“普通设定”窗口，为我们提供了对引物非常直观的设定方法，从高到低分六个等级，最后还有 一个用户定制选项。 �¯当我们对引物的各种参数的含义及应该设定多大值并不是特别清楚时，就可以直接设定Very high/High等来完成对引物设计参数的设定。 �°当我们选中“Automatically Change String”后，Oligo会在引物搜索过程中：如果在高等级设定中 无法找到引物对时自动降低一个定级来进行搜索，知道找到引物对。在设计反向PCR引物对时，就 选中“Inverse PCR”复选框。 ◇ 请教一个问题 ◇ 35S启动子的危害 还不是生物秀才？马上注册吧！ :::::::实验软件下载列表::::::: PCR 相关 DNA 分析 RNA 分析 生物芯片 蛋白分析 三维分子 数据处理 色谱相关 序列分析 图像处理 进化分析 质粒绘图 :::::::热门实验文章列表::::::: · 分析测量图象软件Imagepro-Plus教程 · PubMed使用方法介绍 · 新手与老手的网络检索行为 · 管理杂乱文献——妙用Adobe Reader （PDF） · Excel的50个使用技巧 · PCR常见问题分析及对策(无扩增产物、非特异性扩增、 · 分子克隆(molecular cloning) · 过氧化物酶同工酶聚丙烯酰胺凝胶电泳 :::::::推荐实验文章列表::::::: · 植物总DNA的提取及琼脂糖凝胶电泳检测 · DNA荧光法染色检测支原体试剂盒 · RNAi技术路线选择及应用 · 生物秀助手1.5『超强生物工具条』 · 大鼠脑微血管内皮细胞的分离与原代培养 · Focus on PCR · Oligo 6 Tour 主要功能介绍 · 细胞培养污染对策及预防方法 :::::::相关实验文章列表::::::: Oligo 6 Tour 主要功能介绍 PCR引物设计软件primer Premier 5.0 应用简介 RT-PCR引物设计原则和方法 引物设计原则 http://www.bbioo.com/bio101/2007/20223.htm（第 2／4 页）[2008/6/13 21:22:16] Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）--生物秀 �±我们还可以让引物的长度可以改变，以适应设定的Tm值或PE？（Prime Effitions，引发效率）。 也可以限定所选引物对的最大数目。 �²在“Parameters”窗口中，实际上需要我们改动的只有引物的长度，根据试验的要求作相应的改 变，如23nt。其他参数就使用Oligo的默认值，一般无需改变。在“More Parameters“窗口中，一般 也无需作任何改变，直接用Oligo的默认值。 4，点击“确认”－“Ok”进入搜索窗口，再次单击“OK”后，Oligo自动完成引物对的搜索，并出现一个 搜索结果窗口。显示出得到的引物对数目。 5，点击“Ok”，出现“PrimerPairs”窗口，在窗口中列出了7对引物的简单信息，引物位置，产物长 度，最佳退火温度及GC含量。单击“Sort”按钮，可以按产物长度，最佳退火温度及GC含量从小到 大或从大到小的顺序排列。 [1] [2] 下一页 关于〖Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）〗的最新评论 ： 评论人 评论内容 打分 【分速】 发 5分 点此查看评论详细内容及更多评论>>>>> 昵称： 评分： 1分 2分 3分 4分 5分 内容： 引物设计常见问题与解答 Yeast Gene knockouts using Oligo/PCR 引物设计软件Oligo使用方法介绍 引物设计实例分析 引物设计的原理与程序 引物（primers)设计 http://www.bbioo.com/bio101/2007/20223.htm（第 3／4 页）[2008/6/13 21:22:16] ● 上一篇实验： 分子生物学常用软件 ● 下一篇实验： PCR引物设计软件primer Premier 5.0 应用简介 Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）--生物秀 | 设为首页 | 加入收藏 | 关于我们 | 战略伙伴 | 友情链接 | 法律声明 | 广告服务 | 联系我们 | 网站地图 | Copyright © 2003-2007 生物秀 (中国·生物秀科技) 版权所有. 信产部备案：鲁ICP备05001831号 客服信箱：info@bbioo.com 客服电话：15800302289 客服QQ：254857951 bbioo.com All Rights Reserved. http://www.bbioo.com/bio101/2007/20223.htm（第 4／4 页）[2008/6/13 21:22:16] 【发表评论】【加入收藏】【告诉好友】【打印此文】【关闭窗口】 Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） :::::::生物秀频道精选::::::: 新闻: 热点 进展 国际 图片 RNA 脑科学 芯片 克隆 转基因 DNA-基因 基因治疗 蛋白质组 信号转导 干细胞 产业: 产业动态 行业分析 公司企业 政策法规 创投 实验: 基本 PCR DNA RNA 细胞 生理 植物 免疫 模式生物 微生物 遗传 生化 神经 安全 工具 软件 论坛 图库 仪器: 显微系统 光/色/质谱 PCR仪 酸度计 离心机 玻璃仪器 超净台 安全柜 论坛 仪器图库 下载: 软件 实验 电子书 课件 学术 医学 综合 工具 论坛 :::::::实验论坛栏目设置::::::: 注册会员 [核酸基因技术] [细胞实验技术] [蛋白实验专区] 发表话题 [生化与免疫区] [实验综合讨论] [PCR讨论版块] ◇ 关于RNAi和Id3 ◇ 没有通用buffer 怎么办 ◇ 求助：做鸡肠道的一个780bp的蛋白基因 ◇ PCR结果的一个问题 ◇ 请教连接的问题 ◇ 求教，组蛋白乙酰化western blotting? ◇ 1640培养基 变色 ◇ 有英文版的蛋白纯化技术没? 生物秀--估）评和计设子教程（引物电件计软设引物—Oligo [2008/6/13 21:24:56]）页3 ／ 1（第http://www.bbioo.com/bio101/2007/20223_2.htm 作者：GreatWall 来源：丁香园 时间：2007-9-6 6，点击任意一对引物，在旁边马上弹出一 个叫“PCR”的窗口，在窗口中我们可以看到 这对引物在模板中的大概位置，最佳退火温 度（该温度可以直接应用于我们实际PCR中 的第二步退火）。另外还有引物的Tm值， GC含量，引发效率，同时还计算出了产物 的Tm值于引物Tm值的差异以及引物间Tm 值的差异。一般我们尽量保持前者在20度以 内，后者在5－6度以内。点击不同的引物对 时，PCR窗口内容同时作相应的改变。 7，要想了解引物的详细信息，如二聚体， 发卡结构形成情况、组成、Tm值和错误引 发位点等，这时只需点击“Analyze”菜单中的相应命令，就可以分别得到相关信息。例如点 击“Duplex Formation”，我们就可以得到上游引物间，下游引物间及上下游引物间形成二聚体的情 况。同理，“Hairpin Formation”，“Composition and Tm”，“False Priming Sites”等命令就可以显示 出相关信息。所有这些分析的结果都有助于我们从Oligo搜索得到的多对引物中选择最佳的引物 对。 需要说明的是，1，如果一次搜索得到的引物对太多时，我们可以适当提高选定的条件和规定更合 适的搜索范围来减少引物对数；2，引物一般尽量不要在3’端或是离3’端太近的位置形成二聚体，同 时二聚体的自有能绝对值尽量小于10；3，对于错误引发，在普通PCR中，如果引发效率在160 points以上时，就可能出现杂带，在测序反应中，错误引发效率则应该严格控制在120 points以 下。 首页 | 新闻 | 产业 | 实验 | 专业 | 仪器 | 考研 | 下载 | 生物图片 | 科普 | 生物人 | 商城 | 论坛 | 博客 | 商务 | 视频 | | 实验首页 | 基本技术 | 仪器设备 | PCR 实验 | DNA 实验 | RNA 实验 | 蛋白实验 | 生化与分子 | 免疫实验 | 遗传实验 | 细胞实验 | 解剖生理 | 微生物实验 | | 植物实验 | 神经实验 | 医药实验 | 模式生物 | 生物芯片 | 电泳技术 | 生物信息 | 实验室安全 | 在线工具 | 文献检索 | 软件教程 | 实验视频 | 实验软件 | 导航： 生物秀 > 实验 > 软件教程 > 实验正文 生物秀--估）评和计设子教程（引物电件计软设引物—Oligo 8，Oligo中每对引物的详细信息可以直接导出为一个文本文件： 首先点击“File”菜单中的“Print/Save Options”，在出现的对话框中的普通设定选中“Selected”； 在“Analyze I”中选择需要保存的信息，在“Analyze II”中选中PCR。 单击确定按钮退出，这时再次点击“File”菜单，Save浮动命令中的“Data Save as”，选择路径及文 件名即可。 二，测序引物的设计： 在oligo中，测序引物设计过程与普通引物设计大部分都很相似。 还是以Mouse 4E为例，假如我们要在600－800bp的位置设计一条测序引物。 Open－Search 在“Search”窗口中，选中“Sequece Primer”，同时去除负链Search的选中 在“Search Range”窗口，输入正链的600－800bp 在“Parameters”中选定 very high ，引物长度改为18bp 结果得到11条测序引物，与普通引物同理，根据其详细信息就可以挑选到一条最佳的测序引物。 三，探针的设计： 探针的设计与测序引物设计基本相同，只需使“Search”窗口的探针设计选中，改变探针的长度就可 以。 四，评估引物对： 我们在各种文献中查到的引物，如果直接进行PCR，往往很难重复别人的实验结果。这时就想到， 是不是引物的质量有问题？能不能用软件来对这些问题引物进行一些分析呢？答案时肯定的。 1，点击File菜单中的New命令； 2，在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物； 3，如果该引物的首位置不是1的话，可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字，如20； 4，点击Accept/Discard菜单的Accept命令； 5，如果引物序列长度不同于当前的引物的话，可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度； 6，选取当前序列为上游引物（点击“upper”按钮）； 7，从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令，在Edit Lower窗口中输入下游引物的序列； 8，在Edit窗口的上角处，输入相应的5’位置； 9，选取“Accept and Quit”命令； 如果想让程序给出最佳退火温度，在此时的对话框中输入PCR产物的长度以及GC含量所占百分 比，一般哺乳动物的cDNA序列中GC大约占44％。 10，点击OK就可以在“Analyze”菜单中完成各种分析了。 ◇ 请教一个问题 ◇ 35S启动子的危害 还不是生物秀才？马上注册吧！ :::::::实验软件下载列表::::::: PCR 相关 DNA 分析 RNA 分析 生物芯片 蛋白分析 三维分子 数据处理 色谱相关 序列分析 图像处理 进化分析 质粒绘图 :::::::热门实验文章列表::::::: · 分析测量图象软件Imagepro-Plus教程 · PubMed使用方法介绍 · 新手与老手的网络检索行为 · 管理杂乱文献——妙用Adobe Reader （PDF） · Excel的50个使用技巧 · PCR常见问题分析及对策(无扩增产物、非特异性扩增、 · 分子克隆(molecular cloning) · 过氧化物酶同工酶聚丙烯酰胺凝胶电泳 :::::::推荐实验文章列表::::::: · 植物总DNA的提取及琼脂糖凝胶电泳检测 · DNA荧光法染色检测支原体试剂盒 · RNAi技术路线选择及应用 · 生物秀助手1.5『超强生物工具条』 · 大鼠脑微血管内皮细胞的分离与原代培养 · Focus on PCR · Oligo 6 Tour 主要功能介绍 · 细胞培养污染对策及预防方法 :::::::相关实验文章列表::::::: Oligo 6 Tour 主要功能介绍 PCR引物设计软件primer Premier 5.0 应用简介 RT-PCR引物设计原则和方法 引物设计原则 [2008/6/13 21:24:56]）页3 ／ 2（第http://www.bbioo.com/bio101/2007/20223_2.htm 生物秀--估）评和计设子教程（引物电件计软设引物—Oligo 上一页 [1] [2] 关于〖Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）〗的最新评论 ： 评论人 评论内容 打分 【分速】 发 5分 点此查看评论详细内容及更多评论>>>>> 昵称： 评分： 1分 2分 3分 4分 5分 内容： 引物设计常见问题与解答 Yeast Gene knockouts using Oligo/PCR 引物设计软件Oligo使用方法介绍 引物设计实例分析 引物设计的原理与程序 引物（primers)设计 | 设为首页 | 加入收藏 | 关于我们 | 战略伙伴 | 友情链接 | 法律声明 | 广告服务 | 联系我们 | 网站地图 | Copyright © 2003-2007 生物秀 (中国·生物秀科技) 版权所有. 信产部备案：鲁ICP备05001831号 客服信箱：info@bbioo.com 客服电话：15800302289 客服QQ：254857951 bbioo.com All Rights Reserved. [2008/6/13 21:24:56]）页3 ／ 3（第http://www.bbioo.com/bio101/2007/20223_2.htm 【发表评论】【加入收藏】【告诉好友】【打印此文】【关闭窗口】 ● 上一篇实验： 分子生物学常用软件 ● 下一篇实验： PCR引物设计软件primer Premier 5.0 应用简介 Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）--生物秀.pdf bbioo.com Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）--生物秀 Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）2--生物秀 bbioo.com Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）--生物秀 JEEFJKABNOHLPMGLFMDAIAPLJNLMMLHAHL: form2: f1: form1: x: f1: f2: f3: f4: Save f5: 20223 f6: 提交评论 f7: HCLGHMNAKMHDDJCDGFHEHIJCKGPMACOI: form2: f1: form1: x: f1: f2: f3: f4: Save f5: 20223 f6: 提交评论 f7: