工业杀菌剂数量大、品种多，其结构、来源、性质、效能、用途等方面都有很大的差异，因此至今还没有一个非常适当的分类方法。不过，基于某些需要，人们还是常常依照一定的角度，遵循一定的规律，对工业杀菌剂作出一些分类。
1、根据來源分类
(1)天然杀菌剂，如鱼精蛋白、日扁柏酵、脱乙酰甲壳素、桂皮油等。
(2)化学杀菌剂，如五氣酚钠、甲醛、托布津等。
2、根据化学结构分类
(1)无机杀菌剂，如臭氧、漂白粉、硫酸铜。
(2)有机杀菌剂
a.有机酸类杀苗剂，如丙酸、脱氢醋醋、山梨酸等。
b.醋类杀菌剂，如苯酚、邻苯酚、对氣间甲酚、对硝基酚等。
c.季铵盐类杀菌剂，如新洁而灭、烷基二甲基乙酸铵等。
d.苯并咪哇类杀菌剂，如多菌灵、苯菌灵、TBZ等。
如此等等。
3、根据剂型分类
(1)固体杀菌剂，如苯甲酸钠、8-羟基喹啉铜、百菌清等。
(2)液体杀菌剂，如丙酸、三丹油、凯松等。
(3)气体杀菌剂，如环氧乙烷、氯气、臭氧等。
此外，还有胶悬剂型、乳化剂型杀菌剂等。
4、根据理化性质分类
(1)水溶性和非水溶性杀菌剂，如山梨酸钾和尼泊金丁酯。
(2)酸性、中性和碱性杀菌剂，如脱氢醋酸、氣化锌和硼砂。
(3)耐热性和非耐热性杀菌剂，如银离子沸石和双氧水。
如此等等。
5、根据毒性大小分类
分为剧毒、高毒、中毒、低毒、微 毒、无毒杀菌剂。
6、根据使用目的分类
(1)消毒剂：能杀死所有的致病菌和绝大多数其他微生物，残效期一般很短。
(2)防腐剂：以抑杀细菌为主，防止保护对象的腐败、变质。
(3)防霉剂：以抑杀霉菌为主，防止保护对象霉变。
(4)抗菌剂：能和保护对象稳定结合，可杀死大多数致病菌, 残效期特别长。
如此等等。
7、根据应用对象分类
(1)生产环境消毒剂，如甲醛、二氧化氯等。
(2)食品防腐剂，如山梨酸钾、尼泊金乙酯等。
(3)皮革防腐剂，如乙萘酚、A26、对氯间二甲酚等。
(4)涂料防霉剂，如三丁基氧化锡、Dowicil75、华科88等。
(5)化妆品防腐剂，如布罗波尔，DMDM乙内酰脲、苯氧乙醇等。
(6)纺织品抗菌剂，如DC5700，聚氨基三烷基氯化铵、萨旦隆SSN等。
如此等等。
杀菌剂的分类
可根据作用方式、原料来源及化学组成进行分类、
一、按杀菌剂的原料来源分
1、无机杀菌剂：如硫磺粉、石硫合剂、硫酸铜、升汞、石灰波尔多液、氢氧化铜、氧化亚铜等。
2、有机硫杀菌剂：如代森铵、敌锈钠、福美锌、代森锌、代森锰锌、福美双等。
3、有机磷、砷杀菌剂：如稻瘟净、克瘟散、乙磷铝、甲基立枯磷、退菌特、稻脚青等。
4、取代苯类杀菌剂：如甲基托布津、百菌清、敌克松等。
5、唑类杀菌剂：如粉锈宁、多菌灵、恶霉灵、世高、丙环唑等。
6、抗菌素类杀菌剂：如井岗霉素、多抗霉素、春雷霉素、农用链霉素、农抗120等。
7、复配杀菌剂：如炭疽福福美、杀毒矾、霜脲锰锌、甲霜灵.锰锌、甲基硫菌灵.锰锌、甲霜灵－福美双可湿性粉剂等。
8、其他杀菌剂：如甲霜灵、菌核利、腐霉利、扑海因、灭菌丹、克菌丹等。
二、按杀菌剂的使用方式分
1、保护剂：在病原微生物没有接触植物或没浸入植物体之前，用药剂处理植物或周围环境，达到抑制病原孢子萌发或杀死萌发的病原孢子，以保护植物免受其害，这种作用称为保护作用。具有此种作用的药剂为保护剂。如波尔多液、代森锌、硫酸铜、代森锰锌、百菌清等。
2、治疗剂：病原微生物已经浸入植物体内，但植物表现病症处于潜伏期。药物从植物表皮渗入植物组织内部，以输导、扩散、或产生代谢物来杀死或抑制病原，使病株不再受害，并恢复健康。具有这种治疗作用的药剂称为治疗剂或化学治疗剂。如甲基托布津、多菌灵、春雷霉素等。
3、铲除剂：指植物感病后施药能直接杀死已侵入植物的病原物。具有这种铲除作用的药剂为铲除剂。如福美砷、石硫合剂等。
三、按杀菌剂在植物体内传导特性分
1、内吸性杀菌剂：能被植物叶、茎、根、种子吸收进入植物体内，经植物体液输导、扩散、存留或产生代谢物，可防治一些深入到植物体内或种子胚乳内病害，以保护作物不受病原物的浸染或对已感病的植物进行治疗，因此具有治疗和保护作用。如多菌灵、力克菌、绿亨2号、多霉清、霜疫清、甲霜灵、乙磷铝、甲基托布津、敌克松、粉锈宁、杀毒矾、拌种双等。
2、非内吸性杀菌剂：指药剂不能被植物内吸并传导、存留。目前，大多数品种都是非内吸性的杀菌剂，此类药剂不易使病原物产生抗药性，比较经济，但大多数只具有保护作用，不能防治深入植物体内的病害。如硫酸锌、硫酸铜、多果定、百菌清、绿乳铜、表面活性剂、增效剂、硫合剂、草木灰、波尔多液、代森锰锌、福美双等。
此外，杀菌剂还可根据使用方法分类，如种子处理剂、土壤消毒剂、喷洒剂等。
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