APM-同源建模

APM-同源建模 SYBYL的同源建模工具——APM简介温夏夏 SYBYL-X is the BEST choice for Molecular Modeling Tripos公司计算机辅助药物设计软件 ——SYBYL® 一．基于配体的药物设计二．基于受体的药物设计三．结构生物学四．组合库设计五．化学信息学 SYBYL——结构生物学现有结构改造： – 结构的准备 – 原子类型修改 – 突变/替换氨基酸序 – 力场 /动力学模拟结构生物学 – 二级结构的分析 – 三维结构的预测 – ...

SYBYL的同源建模工具——APM简介温夏夏 SYBYL-X is the BEST choice for Molecular Modeling Tripos公司计算机辅助药物设计软件 ——SYBYL® 一．基于配体的药物设计二．基于受体的药物设计三．结构生物学四．组合库设计五．化学信息学 SYBYL——结构生物学现有结构改造： – 结构的准备 – 原子类型修改 – 突变/替换氨基酸序 – 力场 /动力学模拟结构生物学 – 二级结构的分析 – 三维结构的预测 – 结构的比对和叠合未知结构预测：同源建模 • 定义：是一种蛋白质结构预测方法，具体指是利用同一个家族的蛋白质结构为模板来预测未知蛋白质的结构。 • 条件：模板蛋白与待预测蛋白序列同源。 • 原理：蛋白质三维结构的同源性远远高于序列的同源性。 • Advanced Protein Modeling (APM) – APM = FUGUE + ORCHESTRAR +HOMSTRAD • 功能 –折叠识别 –同源识别 –序列比对 –比较建模 Advanced Protein Modeling™ Homology Recognition Sequence Alignment Model Structurally Conserved Regions Model Structurally Variable Regions Add Sidechains Validate Model Target …KYKLDSQTNFEEYMKAIGVGAIER… Template1 ...KLVDSKNFDDYMKSLGVGFATRQV... Template2 …KVDRNENYEKFMEKMGINVVKRKL … Target Sequence Template Structure Target Model Advanced Protein Modeling™ 结构生物学模块 APM Homology Recognition Sequence Alignment Model Structurally Conserved Regions Model Structurally Variable Regions Add Sidechains Validate Model FUGUE 充分必要条件的判断结构保守簇搜库：基于知识，从头计算借鉴同源分子，同时能量优化 Copyright © 2005 Tripos, Inc. All Rights Reserved. CONFIDENTIAL 8 Validation – find homologous structure * Result for programs other than FUGUE from E. Lindahl and A. Elofsson JMB (2000), 295: 613-625 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 Family Superfamily Fold % p ro te in s re co gn iz ed a t t op r an k BLAST2 SSEARCH PSI-BLAST HMMER-HSSP SAM-HSSP HMMER-PSIBLAST SAM-PSIBLAST BLAST-LINK ssHMM THREADER FUGUE 0 80 90 FUGUE在家族与超家族水平的识别能力要优于于其它方法 Ref:Jiye Shi, Tom L. J. Mol. Biol. 2001, 310:243-257 Advanced Protein Modeling™ 结构生物学模块 Bioorganic & Medicinal Chemistry Volume 18, Issue 20, 15 October 2010, Pages 7239–7251 Figure (A and C) The homology model of MAG complexed with 2 (A) and 3 (C), the protein is represented by its van der Waals surface colored according to the depth. (B and D) Binding interactions of 2(B) and 3 (D). 为什么选择APM？ 1.序列一致性超过10%既可以做同源模建(特点) 2.环境特异性打分(优势) 3.识别家族水平优于其他方法(优势) © Tripos, L.P. All Rights Reserved Slide 10 Advanced Protein Modeling™ 结构生物学模块谢谢！ SYBYL的同源建模工具——APM简介 Tripos公司计算机辅助药物设计软件 � ——SYBYL® SYBYL——结构生物学同源建模 Advanced Protein Modeling™ Advanced Protein Modeling™�结构生物学模块 APM Validation – find homologous structure Advanced Protein Modeling™�结构生物学模块 Advanced Protein Modeling™�结构生物学模块幻灯片编号 11

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