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APM-同源建模.pdf

APM-同源建模

顺溜i希望
2013-07-25 0人阅读 举报 0 0 暂无简介

简介:本文档为《APM-同源建模pdf》,可适用于人文社科领域

SYBYL的同源建模工具APM简介温夏夏SYBYLXistheBESTchoiceforMolecularModelingTripos公司计算机辅助药物设计软件SYBYL®一.基于配体的药物设计二.基于受体的药物设计三.结构生物学四.组合库设计五.化学信息学SYBYL结构生物学现有结构改造:–结构的准备–原子类型修改–突变替换氨基酸序–力场动力学模拟结构生物学–二级结构的分析–三维结构的预测–结构的比对和叠合未知结构预测:同源建模•定义:是一种蛋白质结构预测方法具体指是利用同一个家族的蛋白质结构为模板来预测未知蛋白质的结构。•条件:模板蛋白与待预测蛋白序列同源。•原理:蛋白质三维结构的同源性远远高于序列的同源性。•AdvancedProteinModeling(APM)–APM=FUGUEORCHESTRARHOMSTRAD•功能–折叠识别–同源识别–序列比对–比较建模AdvancedProteinModeling™HomologyRecognitionSequenceAlignmentModelStructurallyConservedRegionsModelStructurallyVariableRegionsAddSidechainsValidateModelTarget…KYKLDSQTNFEEYMKAIGVGAIER…TemplateKLVDSKNFDDYMKSLGVGFATRQVTemplate…KVDRNENYEKFMEKMGINVVKRKL…TargetSequenceTemplateStructureTargetModelAdvancedProteinModeling™结构生物学模块APMHomologyRecognitionSequenceAlignmentModelStructurallyConservedRegionsModelStructurallyVariableRegionsAddSidechainsValidateModelFUGUE充分必要条件的判断结构保守簇搜库:基于知识从头计算借鉴同源分子同时能量优化Copyright©Tripos,IncAllRightsReservedCONFIDENTIALValidation–findhomologousstructure*ResultforprogramsotherthanFUGUEfromELindahlandAElofssonJMB(),:FamilySuperfamilyFoldproteinsrecognizedattoprankBLASTSSEARCHPSIBLASTHMMERHSSPSAMHSSPHMMERPSIBLASTSAMPSIBLASTBLASTLINKssHMMTHREADERFUGUEFUGUE在家族与超家族水平的识别能力要优于于其它方法Ref:JiyeShi,TomLJMolBiol,:AdvancedProteinModeling™结构生物学模块BioorganicMedicinalChemistryVolume,Issue,October,Pages–Figure(AandC)ThehomologymodelofMAGcomplexedwith(A)and(C),theproteinisrepresentedbyitsvanderWaalssurfacecoloredaccordingtothedepth(BandD)Bindinginteractionsof(B)and(D)为什么选择APM?序列一致性超过既可以做同源模建(特点)环境特异性打分(优势)识别家族水平优于其他方法(优势)©Tripos,LPAllRightsReservedSlideAdvancedProteinModeling™结构生物学模块谢谢!SYBYL的同源建模工具APM简介Tripos公司计算机辅助药物设计软件�SYBYL®SYBYL结构生物学同源建模AdvancedProteinModeling™AdvancedProteinModeling™�结构生物学模块APMValidation–findhomologousstructureAdvancedProteinModeling™�结构生物学模块AdvancedProteinModeling™�结构生物学模块幻灯片编号

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