2. 数据后处理实例_Zier_ABS data
Agilent CrysAlisPro
数据后处理实例
严子耳 博士
安捷伦科技XRD产品应用工程师
结冰
晶体移动
背景异常
吸收校正
2
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
样品详情
100 μm
Sample measurements:
0.053 x 0.141 x 0.169 mm
Monoclinic, P21/n
a = 9.5360(3)Å , b = 11.8287(4)Å ...
Agilent CrysAlisPro
数据后处理实例
严子耳 博士
安捷伦科技XRD产品应用工程师
结冰
晶体移动
背景异常
吸收校正
2
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
样品详情
100 μm
Sample measurements:
0.053 x 0.141 x 0.169 mm
Monoclinic, P21/n
a = 9.5360(3)Å , b = 11.8287(4)Å , c = 29.9258(8)Å
α = 90°, β = 96.623(3) °, γ = 90°
Reference Rint = 2.60%
Reference R1 = 3.83%
Icy sample Rint = 10.50%
Icy sample R1 = 6.11%
3
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
衍射照片
• 很明显的杂点.
• 形成冰环
4
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
参照衍射照片
5
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
目测……
6
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
指标化率低
7
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
数据还原
高Rint值
奇怪的背景
8
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
EwaldPRO
9
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
指标化
10
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
1. 去掉结冰严重的衍射照片
11
Agilent Confidential
4/23/2013
Refinalisation with filters
实例一: 结冰
1.去掉结冰严重的衍射照片
12
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
2. d range filters
13
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
2. d range filters
14
Agilent Confidential
4/23/2013
实例一: 结冰
2. d range filters
15
Agilent Confidential
4/23/2013
Page 3
实例一: 结冰
3. Bad profile filter
16
Agilent Confidential
4/23/2013
Reference
Data
Auto
analysis
d range and
run Filtering
Bad profile
filtering
Rint
(%) 2.6 10.5 3.2 4.0
I/σ 17.7 8.4 14.0 12.7
R1 (%) 3.83 6.11 4.11 4.50
Comp (%) 99.9 99.9 92.6 98.6
实例一: 结冰
还原和精修结果
17
Agilent Confidential
4/23/2013
• 取向矩阵改变
• 衍射点位置预测错误
• 指标化率低
• Reference Frames 异常
• Rint 异常高
• I/σ较低
实例二: 晶体移动
18
Agilent Confidential
4/23/2013
Nicotinamide, C6H6N2O
Sample measurements:
0.036 x 0.048 x 0.176 mm
Monoclinic, P21/c
a = 3.9732(2)Å , b = 15.6382(8)Å c = 9.4267(4)Å
α = 90°, β = 99.042(4)°, γ = 90°
Reference Rint = 1.60%
Reference R1 = 3.32%
100μm
实例二: 晶体移动
样品详情-无移动的情况
19
Agilent Confidential
4/23/2013
• 异常的还原结果
• 高Rint
• 低信噪比
• 低衍射能力
• 指标化率低
实例二: 晶体移动
现象
20
Agilent Confidential
4/23/2013
• 看上去像是孪晶
• 孪晶指标化率96.8%
…孪晶还原结果异常
-不是非缺面孪晶
实例二: 晶体移动
现象
21
Agilent Confidential
4/23/2013
在Run 5 和Run 6之间有明显变化
实例二: 晶体移动
Reference Frames
22
Agilent Confidential
4/23/2013
Run 5 之后的衍射点位置预测有误
实例二: 晶体移动
现象-HKL overlay
23
Agilent Confidential
4/23/2013
实例二: 晶体移动
Check for the sample jumping
24
Agilent Confidential
4/23/2013
实例二: 晶体移动
倒易空间
25
Agilent Confidential
4/23/2013
Step 3
实例二: 晶体移动
手动数据还原
26
Agilent Confidential
4/23/2013
Reference
Data
Slip Data
(Pre-
Treatment)
Slip Data
(Post-
Treatment)
Rint (%) 1.6 14.7 1.6
I/σ 22.0 5.0 22.9
R1 (%) 3.32 43.88 3.46
Comp (%) 98.5 95.2% 98.4%
实例二: 晶体移动
手动数据还原结果
27
Agilent Confidential
4/23/2013
实例三: 异常的背景
• 原因
• 上样方式不当
• 样品荧光效应等
• 现象
• 高且不均一的背景
• 指标化率低
• I/σ异常低
• Rint 异常高
28
Agilent Confidential
4/23/2013
Theophylline monohydrate, C7H8N4O2, H2O
Sample size: 0.036 x 0.049 x 0.129 mm
Monoclinic, P21/n
a = 4.4809(4) Å , b = 15.3969(13) Å , c = 13.2734(13) Å
α = 90°, β = 98.505(9) °, γ = 90°
Reference data (to 0.9 Å )
R1 = 5.28 %
Rint = 3.10%
100μm
100μm
实例三: 异常的背景
样品详情
29
Agilent Confidential
4/23/2013
• 从衍射照片上发现非常高的
背景。
• 常规寻峰找到很多无法指标
化的衍射峰。
• 指标化困难。
• 数据还原结果差。
实例三: 异常的背景
现象
30
Agilent Confidential
4/23/2013
实例三: 异常的背景
指标化
31
Agilent Confidential
4/23/2013
实例三: 异常的背景
指标化
32
Agilent Confidential
4/23/2013
实例三: 异常的背景
指标化
33
Agilent Confidential
4/23/2013
Page 4
实例三: 异常的背景
数据还原-Smart background
34
Agilent Confidential
4/23/2013
Reference
Data
Auto analysis Smart Background
Diff. Limit 0.92 1.41 0.97
Rint (%) 3.1 14.4 5.8
I/σ 13.5 3.0 7.8
R1 (%) 5.28 - 6.22
Comp (%) 99.5 99.5 99.5
实例三: 异常的背景
数据处理结果
35
Agilent Confidential
4/23/2013
实例四:吸收校正
Mu值
mu(mm-1) 43.09
1/mu(mm) 0.023
Size(mm) I(%)
0.02 42.240%
0.04 17.842%
0.06 7.537%
0.08 3.183%
0.1 1.345%
0.12 0.568%
0.14 0.240%
0.16 0.101%
0.18 0.043%
0.2 0.018%
Iout=Iorg*exp(-mu*size)
36
Agilent Confidential
4/23/2013
晶体太大 →Total absorption
实例四:吸收校正
三类方法
• Abspack
-Multi-Scan
经验吸收校正 ,默认设置
• Face indexing
晶面指标化吸收校正
• Spherical abs
球形吸收校正
37
Agilent Confidential
4/23/2013
实例四:吸收校正
校正方法 使用条件
Abspack 默认设置
Abspack + spherical abs mu>5mm-1
Face indexing Any mu
Abspack+face indexing Any mu
Spherical abs Theta decay for very strong
absorbers, mu>30mm-1
请不要在Abspack+face indexing的基础上加用Spherical abs!
Overcorrect!
38
Agilent Confidential
4/23/2013
实例四:吸收校正
Method Rint(%) R1(%) wR2(%) Highest Peak Deepest Peak
ABS+Face-
index
3.48 1.54 3.15 0.90 -1.19
分子式: Pb4{Co2[B(OH)2P2O8](PO4)2}Cl;
a=9.73895(18) b=9.73895(18) c=90.9391(18) alpha=90 beta=90 gamma=120;
光源: 钼 ; mu: 43.09 mm-1;
The sample is from Dr Miao Yang in Dalian Institute of Chemical Physics, CAS
晶体大小:0.08×0.06×0.02 mm
扫描宽度: 0.2º
检测器距离: 100mm
曝光时间: 1s/4s
39
Agilent Confidential
4/23/2013
实例四:吸收校正
Method Rint(%) Mean F2 R1(%) wR2(%) Highest
Peak
Deepest
Peak
Weight Ueq of W3
(Å2×103)
ABSpack 4.5 33799.07 11.06 28.55 10.42 -15.21 0.2 0.8(3)
ABS+Face-index 3.5 638095.73 2.99 7.14 3.75 -1.25 0.0349
43.3534
10.7(8)
Overcorrected
ABS+Face-
index+Spherical
3.3 16722833.14 5.58 13.82 3.42 -1.11 0.0963
5.7343
36.18(13)
光源: 铜
mu: 46.03mm-1;
4,4’-联吡啶杂化的锰桥联磷钨酸;
晶体大小: 0.25×0.13×0.11 mm.
The sample is from Prof Chuande Wu in Zhejiang University
40
Agilent Confidential
4/23/2013
结冰
晶体移动
背景异常
吸收校正
Questions and Answers
41
Agilent Confidential
4/23/2013
Thank you for listening!
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www.agilent.com/chem/xrd
致谢:
Dr Fraser White – Yarnton
Dr Mathias Meyer – Wroclaw
Prof Chuande Wu in Zhejiang University
Dr Miao Yang in Dalian Institute of Chemical Physics, CAS
42
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