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ABI 3500操作手册 基因测序.doc

ABI 3500操作手册 基因测序

mao云灰
2019-01-17 0人阅读 举报 0 0 0 暂无简介

简介:本文档为《ABI 3500操作手册 基因测序doc》,可适用于医药卫生领域

XL简易操作手册 空间定位和光谱校正设置DyeSet 进入library界面选择DyeSets菜单点击Create在DyeSetName中输入“AGCUE”作为我公司DyeSet名称从Chemistry下拉菜单中选择“MatrixStandard”从DyeSetTemplate下拉菜单中选择“ETemplate”设置完成后点击Save保存设置。空间定位 进入DataCollectionSoftware主界面选择Maintenance菜单在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。系列遗传分析仪空间定位与、系列类似。光谱校正 a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer按ul甲酰胺:ulDyeMatrixStandard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物轻轻震荡混匀后短暂离心。准备一块新的孔反应板将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run即前三列中加入了光谱校正混合物。℃加热min立即冰浴min变性完成后装载孔板并置于仪器托盘中。b、点击Calibrate下拉菜单中的Spectral按钮按照图示选择各种参数点击StartRun即可进行光谱校正。注意在DyeSet中应选则在中设置好的与AGCU试剂盒相匹配的DyeSte。如果光谱校正未达到仪器默认质量要求仪器会自动重复跑样三次并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后结果。光谱校正时应观察实时原始数据以便及时做出相应调整确保最终结果。C、系列遗传分析仪与、系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。它不需要编写protocol、runmodule等软件栏目及其相应参数设置直接按照仪器默认的参数进行即可因此操作更为简单、快捷。 软件参数设置创建InstrumentProtocol 进入library界面选择InstrumentProtocols菜单点击Create。按下图所示选择或设置各个参数设置完成后点击Save保存。注意将ProtocolName命名为“AGCUESTR”进样电压设置为kv进样时间可设置为~secDyeSet选择步骤中已设置好的“AGCUE”其他参数设置请参照下图。创建SizeStandard 进入library界面选择SizeStandards菜单点击Create。在SizeStandard中输入“AGCUSIZ”DyeColor下拉菜单中选择“Orange”在左侧对话框中依次输入、、、、、、、、、、、、每次输入结束后点击中间“AddSize”菜单即可将所输数字加入右侧对话框中。待全部输入结束后点击Save保存。创建QCProtocol 进入library界面选择QCProtocols菜单点击Create。在ProtocolName中输入“AGCUQC”SizeStandard下拉菜单中选择在中已创建的“AGCUSIZ”将UseBaselining改为。其他参数均按下图所示进行设置设置完成后点击Save保存。创建Assay 进入library界面选择Assays菜单点击Create。在AssayName中输入“AGCUSTR”ApplicationType下拉菜单中选择“HID”InstrumentProtocol下拉菜单中选择中创建的“AGCUESTR”QCProtocol下拉菜单中选择中创建的“AGCUQC”。待所有选项选择完成后点击Save保存。若第一步是从创建Assay开始也可在该界面下点击“CreateNew”菜单按照上文所述要求逐一创建新的InstrumentProtocol、QCProtocol并将其保存至Library中其效果与前面创建现在调用一样。创建FileNameConvention 进入library界面选择FileNameConventions菜单点击Create。在Name中输入“AGCUSamplename”其他参数按下图进行设置也可根据个人喜好进行更改。注意在SelectFileLocation中选择CustomFileLocation可以先在硬盘新建文件夹此处点击Browse进行选择。待所有设置完成后点击Save保存。创建ResultGroup 进入library界面选择ResultGroups菜单点击Create。在Name中输入“AGCUResultgroup”其他参数按下图进行设置也可根据个人喜好进行更改。注意在SelectFileLocation应与中选择CustomFileLocation位置相同。待所有设置完成后点击Save保存。创建PlateTemplate a、进入library界面选择AssignPlateContents菜单在NewPlate下拉菜单中选择CreatePlatefromTemplate在该界面中选择软件自带的ABI样品表模板“dyePOP”双击打开。b、将ABI样品表模板“dyePOP”中Assays、FileNameConventions和ResultsGroups栏目下的各可选项逐一删去。c、在Assays、FileNameConventions和ResultsGroups各栏目下点击Addfromlibrary分别向各栏目中加入AGCUSTR、AGCUSamplename和AGCUResultgroup。d、各栏目选项加入完成后点击SavePlate菜单选择Saveas后输入“AGCUPlatetemplate”点击ok保存即可。.产物检测打开软件进入主界面见下图点击主界面左上方导航键(蓝色箭头)打开DefinePlateProperties界面在NewPlate按钮中选择CreatePlatefromTemplate或者直接点击快捷键CreatePlatefromTemplate。从已有的样品表模板中选择“AGCUPlatetemplate”打开。输入本次检测样品表名称如“AGCUTEST”输入完成后点击AssignPlateContents进入下一界面。在AssignPlateContents界面点击Import在板号列表中选中相应的板号可导入列表如果不需导入加样板可直接在PlateView中编写待检测的样品名。选中相应的待检测区域后(点击加样板左上角白色空格即可选中整版)在下方的Barcode框中单击即可分别选中AssaysFileNameConventions及ResultGroups。全部选择完毕后点击“LinkPlateforRun”进入下一界面后点击“StartRun”即可开始电泳。.数据分析数据分析待续。继续阅读

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