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pymol作图的一个实例Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action, S:显示这个对象的某种样式, H:隐藏某种样式, L:显示某种label, C:显示的颜色 下面是操作过程: 点击all中的H,选择everything,隐藏所有 点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色...

pymol作图的一个实例
Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action, S:显示这个对象的某种样式, H:隐藏某种样式, L:显示某种label, C:显示的颜色 下面是操作过程: 点击all中的H,选择everything,隐藏所有 点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色,选择 点击右下角的S,窗口上面出现蛋白质氨基酸序列,找到1164位ITD,是配体 点击选择ITD ,此时sele中就包含ITD这个残基,点击(sele)行的A,选择rename selection,窗口中出现 ,更改sele为IDT,点击(IDT)行的S选择sticks,点击C,选择by element,选择 ,,调整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键: IDT行点击A 选择find,选择polar contacts,再根据需要选择,这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线 ,IDT行下面出现了新的一行 ,这就是氢键的对象,点击这一行的C,选择red red,把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S,选择lines,显示出所有残基的侧链,使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基,分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是residures 。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的 方法 快递客服问题件处理详细方法山木方法pdf计算方法pdf华与华方法下载八字理论方法下载 把选择的残基(sele)改名为s1。点击S1行的S选择sticks,C选择by elements ,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基,另一个找不到,这是因为这个氢键可能是与水分子形成的,水分子在pdb文件中只用一个O表示,sticks显示方式没有显示出来水分子,点击all行S选择nonbonded,此时就看到一个水与N形成氢键 ,点击分子空白处,然后点击选择这个水分子,更改它的名字为w。在all行点击H,选择lines,在选择nonbonded,把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整:点击右下角 是3-button viewing 转变为3-button viewing editing ,这样就可以编辑修改pdb文件了,咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label,鼠标拖拽到适合的部位,是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止,这时就可以保存图片了,file>>save image as>>png 这样的图片勉强能用,为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理 Setting >> cartoon>>highlight color Setting >> cartoon>>fancy helix Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度 Setting >>label>>size 可以调节label字体大小 Display>>background color>>white 背景设置为白色 此时窗口中的图像应该不怎么好看,点击右上角的ray ,等待一会,完成后就发现图片好多了,这时千万不要再在图片上点击了,赶快保存图片。 最后再介绍几个命令,还是命令更厉害 set label_size,28 设置字体大小 在最后一步ray的时候,可以输入命令ray,要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y 如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。 打包的文件包括3ODU.pdb  3ODU.pse 1.png 2.png打开pse文件可以直接看到制作完成时的样子 飞毛腿 2011-4-18
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