远古的冰河时期，菲律宾群岛与欧亚大陆之间有“路桥”相连。距今2.5万年前，在菲律宾群岛上就有了人类活动。大约2万年前，小黑矮人（又称为海胆人或塔崩人）从南方的澳洲大陆或者是印度次大陆方向迁移到群岛上。他们是现今在菲律宾群岛仍然生活着的土著小黑矮人的祖先，是属于旧石器时期的原始人。
大约在公元前6000--前1500年期间，先后又有两批古代印度尼西亚人来到菲律宾的群岛上，他们是属于新石器时期的人类。
公元前300--前200年，第一批的马来人迁往菲律宾群岛。
第二批马来人的移民潮出现在公元后的几个世纪里，他们主要来自印度化的马来半岛和苏门答腊岛，并在菲律宾群岛上成立了奴隶制国家。他们乘坐的船叫做“巴郎盖”，上岛后的的村落也叫做了“巴郎盖”，一般有30--100户居民。他们的首领称为达图（或者罗阇）。在公元10世纪时，民都洛岛上有一个麻逸国。公元12世纪，在班乃岛上出现了最早的巴郎盖联盟--“马迪亚斯”。
第三批的马来人移民出现于公元14--15世纪时，是从已经伊斯兰化的马来半岛和苏门答腊岛迁移而来。他们在苏禄岛、棉兰老岛及吕宋岛上建立若干个伊斯兰苏丹国，实行政教合一的政策，属于早期的封建制国家。
公元13世纪时，来自苏门答腊岛的米南加保人迁到苏禄岛上，并于1390年建立了苏禄苏丹国。在中国明朝的永乐十五年（即公元1417年），苏禄国王到中国北京朝贡，回国的路上，他病死在了山东德州，明王朝敕建苏禄王墓。
1450年，阿拉伯商人赛义德·艾布伯克尔在菲律宾群岛上建立强大的伊斯兰政权，伊斯兰势力延伸到巴西兰岛、巴拉望岛、三宝颜的南部海岸地区以及婆罗洲、棉兰老岛等地
在16世纪的欧洲人来到菲律宾群岛之前，这里是伊斯兰的世界。
公元1521年，葡萄牙航海家费迪南·麦哲伦受西班牙皇帝之命，进行环球探险。当他来到菲律宾的萨马岛，参与了当地的部落斗争，被当地首领拉普拉普杀死。
公元1543年，西班牙的航海家R.洛佩斯·德·维拉洛博斯，以西班牙皇储菲力浦之名命名菲律宾群岛。
公元1565年，西班牙帝国派遣黎牙实比率军占领了宿务岛。
公元1571年，西班牙人占领马尼拉，并把殖民政权的中心设在此地。
西班牙的驻菲律宾总督独揽行政、司法和军事大权，通过推行赐封
制度
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，笼络土著上层份子，对当地人横征暴敛。天主教会则占据着大量的肥沃土地，把持着教育文化事业，成为西班牙殖民统治的支柱。
在经济上，殖民者实行闭锁和垄断政策，签订马尼拉--阿卡普尔科贸易协定，使菲律宾成为西班牙-墨西哥殖民地下属的原材料供应市场。
16--18世纪，菲律宾人不断发动起义，多达数十起反殖民统治的起义遍及全岛各地。其中，达俄辉起义持续的时间最长。
公元1834年，西班牙殖民政府宣布马尼拉成为自由港。
随着资产阶级自由主义思想的广泛传播，菲律宾人的民族意识也在逐步加强。由菲律宾教士发起的天主教会菲化运动，要求当地教会进行改革。菲律宾的国父何塞·黎刹博士组织了著名的宣传运动，极大的鼓舞了菲律宾人的民族意识。
公元1892年，菲律宾的资产阶级革命家博尼法西奥组织了名为“卡蒂普南”的秘密革命组织，策划革命和武装斗争。
公元1896年8月24日，博尼法西奥在巴林塔瓦召开大会，宣布了武装起义。
公元1897年，以阿奎纳多为首的资产阶级右翼集团排挤博尼法西奥，夺取了菲律宾革命的领导权。
公元1897年12月，起义者和西班牙殖民政府签订“破石洞
协议
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”，阿奎纳多同意放下武器，出走香港。
公元1898年4月，美西战争爆发。5月，阿奎纳多搭乘美军舰返抵菲律宾，继续领导菲律宾的革命。6月，起义者宣告了菲律宾独立宣言。9月，起义军召开革命议会，通过了宪法。
公元1899年1月23日，菲律宾共和国宣告成立，史称第一共和国。2月，由于西班牙在美西战争中战败，并把菲律宾群岛割让给美国，于是美国发动侵菲战争。历时三年之久的菲美战争爆发。（一说是1899年至1906年菲美战争）。
公元1901年，阿奎纳多被美军俘虏，宣布投降，菲律宾陷入美国的殖民统治。
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