问题:获得人的comp蛋白的序列,并进行线性
表
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位和构像表位预测
登陆网站,输入comp检索
从所得结果中选择第一个人的COMP蛋白,得到关于该蛋白的各种信息
找到蛋白的序列信息部分,并点击FASTA打开fasta格式的蛋白序列文件
登陆,对蛋白进行线性表位和构像表位预测
点击B Cell Epitope Prediction Tools,打开B细胞表位预测工具
点击Prediction of linear epitopes from protein sequence,进行蛋白线性表位预测,将从uniport网站上得到的蛋白FASTA格式的序列粘贴至空白处,点击submit
得到线性表位分析的结果:
回到上一个界面,点击Discotope - Prediction of epitopes from protein structure,进行构像表位分析
由于模式是基于蛋白结构来分析的,须得知蛋白的PDB ID或有蛋白的PDB文件,所以进入
进行蛋白结构的检索。点击advanced search
由之前的unitport网站上得知,该蛋白的uniProteKB Accession number为P49747
选择uniProteKB Accession number,输入P49747
点击submit query,得到该蛋白的PDB ID为3FBY,且有A,B,C三条链
回到,进入之前的检索界面,按刚才的信息输入检索,对3FBY的A链(B链、C链同理)进行构像表位分析
得到结果如下: