近代物理学提出的质和能的概念，必须依照数学能够达到的精确度进行测算。前面所说牛顿理论的基础也是数学，有了数学这个基础才能有物理学上热学、光学等多种学科的发展，而这些学科的发展，是近代机器产生的前提条件。
和物理学有关的化学，是另外一门重要的学问。近代的化学扬弃了以前三个元素、四个元素，甚至中国人所谓五个元素（五行）的说法，提出了分子和原子的概念，才使我们能够真正认识物质的本质。玻意耳 、卡文迪许 和拉瓦锡 在实验中找到分子，作为物质元素的最小单位。化学家能够在实验中分离出氢和氧。他们开始理解一种种元素，理解它们如何互相组合而构成化合物。当时人类的知识能够编制元素周期表，将各种元素按照其性质排成行列，并且预留一些位置给还没发现的元素。这种分类法，是真正科学思考的结果。过去有"地水火风"或中国的"金木水火土"之类的粗糙分类法，经过实证的分类，它们终于完全被推翻。也因为有了这一套现代化学观念，才有后来一步步开展的化学工业。也因此，人类开矿得来的许多自然资源，能够经过分离还原成元素，经过再次合成后成为新的产品。直到18世纪以后化学工业才大量影响我们的生产业，今天我们的日常生活中无处不是化学合成的产物。
生命科学方面，也是在16 世纪，哈维 通过人体的解剖，实际考察了人类的身体结构，能够完全清楚地了解血液的循环。哈维的实证工作，在当时是甘冒生命危险的尝试，因为教会不允许任何人进行尸体解剖。哈维以后，医学的进步和对人体的了解是同步进行的，对人体多一点实证的了解，医学才多一分进步。列文虎克 对细菌的研究，也在生命科学中开启了另一个重要的领域，让我们了解到那么微小的微生物对我们人体有多大的影响。
我刚刚说到，几个重要的科学领域都在16 世纪奠定基础，发扬光大则是在18 世纪以后。总结来说，伽利略的"日心说"、牛顿的经典力学三大定律，玻意耳寻找分子的化学研究以及生物方面经过人体解剖而获得的知识，这几个领域合在一起奠定了近代科学最重要的基础。从此以后，人类放弃了过去形而上学的思考方式，走入了科学宇宙观、科学生命观和科学人生观的广大天地。培根指出，这一切新的思考方式，不外是实证和归纳。
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