桃学进化到生愉学进化一一超循环理论介绍
刘为民 (中国科学院上海生物化学研究所 )
生物学中有一些问
题
快递公司问题件快递公司问题件货款处理关于圆的周长面积重点题型关于解方程组的题及答案关于南海问题
, 人人都能明白它们的意思 ,
但是至今尚未得到完满的解答 . “先有鸡 , 还是先 有
蛋 , 这个老幼皆知的问题就是一例 . 这里所谓先后 , 并
不着重于时间的顺序 , 实质上是指因和果 . 随着分子
生物学的发展 , 人们知道携带着遗传信息的是某些核
酸分子 , 而核酸分子所编码的蛋白质分子则执行着各
种功能 , 核酸的复制以及把它表达为蛋白质 , 都需要
许多蛋白质的参与 . 因此 , 上面这个间题的现代形式
就是 “先有蛋白质 , 还是先有核酸, . 或者表达得更抽
象一些 , 那就是 “先有功能 , 还是先有信息” . 还有一些
现象 , 也很发沐深思 . 地球上的生物 , 已知者约二百余
万种 , 各有不同的形态结构、 生理机能和生态习性, 但
却都有统一的遗传密码 , 蛋 白质中的氨基酸和核酸中
的核糖各自都只有一种确定的手性 (手性 , 又称手征
性 , 是象手那样有左右之分的物体的特性 . 一个物体
如果不能通过平移和旋转同它的镜象重合 , 就称为是
手性的 . ) , 多数生物的主要代谢过程是十分相似的 .
艾根(M a几rr e d Ei g en )教授及其同工作者 , 从这些问
题着眼 , 研究了分子的自组织 , 建立起了超循环的学
说[l, . 〕. 他们提出在生命起源和发展的化学进化阶段
和生物学进化阶段之间, 有个分子自组织的阶段 . 这
个阶段中的进化过程导致采用普适密码的统一的细胞
机构 . 普适密码的建立 , 并非因为它是唯一可能的抉
择 , 而是因为在这一阶段中形成的超循环式的组织具
有 “一旦建立就永存下去”的选择机制 . 超循环是能够
积累 、保持和处理遗传信息的大分子组织的最低要求 .
’ 从他们的工作来看 , 我们不应简单地问蛋白质和核酸
谁先谁后, 而应该着重研究它们之间的关系 , 这种关
系为什么必须是超循环的 , 超循环的联系是如何建立
的 , 这种联系有什么性质 ?
环的变化 . 我们特别感兴趣的是反应循环 . 反应循环
是这样一种反应序列 , 其中任何一步的某一产物是先
前某一步的反应物 . 在生物化学中有许多重要的反应
循环 . 例如著名的三狡酸循环 (又称柠梯酸 循 环 或
Kr
e bs 循环 )就是搪、 脂肪、 蛋白质在体内氧化供能的
共同主要途径 , 也是它们相互转变的枢纽之一 (图 2 ) .
体内的生化反应都是由称为酶的蛋白质或蛋白质复合
物催化的 . 而酶的催化作用等价于一个反应循环 (图
3)
. 酶 E 和底物 S 结合成中间复合物 Es , Es 再转变
为 石护, 五尸又释放出产物 P 和酶 E .
艾根指出, 反应循环可以分为不同的等级 , 它们
各有不同的性质 . 如果一个反应循环中至少有一个中
间物是催化剂 , 那末这个反应循环就称为催化循环 (例
如图 4 ) . 催化循环代表较高级的组织水平 . 单链 R N A
的复制机制提供了一个重要的生物学的催化循环 (参
看图 5 ) . 正链 R N 人可以作为模板 , 指导负链 R N A
的合成 , 负链 R N A 也可以作为模板 , 指导正链R N A
的合成 , 这个过程同照片复制中把照片摄成底片再把
底片印成照片的过程十分相似 . 模板功能等价于专一
的催化作用 . 催化循环的最简单的代表是一个自催化
剂 , 或自复制单元 . x - 二) I或者写为 x +一2I,也可记为¹ . 双链 D N A 的自复制就是自复制的一个
生长
什么是超衍环 ?
为了了解超循环 , 我们先谈谈循环 . 在自然界中
有许多循环现象 . 例如, 生物体的生命循环一般由胚
胎发生、 出生、 生长、 成熟 、 生殖 、 衰老、 死亡等事
件构成 (图 1) . 各种元素在生物体内和体外经历着循
确决 念洛 4卷10期
图 3 酶的催化作用等价于一个反应循环
一
7 37 .
p p
细菌细胞就包含一个超循环的过程 . q . 噬菌体是现在
所了解的最简单的细菌病毒 , 病毒颗粒是直 径 25 哑的多面体, 里面有一个包含45 00 个左右核普酸 的 单
链 R N A 分子 , 外面有大约 180 个外壳蛋白分子规则
地分布在 R N A 核心周围 , 还有少量其他蛋白质 . 它
侵染大肠杆菌时先吸附于寄主细胞 , R N A (正链) 进
入细菌细胞 , 用宿主的核糖体合成专一性的 R N A 复
制酶 . 这个酶有四条多肤链 , 其中一条是 由噬 菌体
R N A 编码的, 另外三条是由寄主细胞提供的 . 这个
酶装配完成 , 就开始病毒 R N A 的复制, 这个过程 就
是前面提到过的类似照片复制的正负链互补指导的复
制过程 . 正链 R N A 又能借助于细菌的核糖体合成病
毒的蛋白质 , 然后装配成许多新一代的噬菌体 , 细胞
溶解之后就有大约 105 ~ 10 心个新的噬菌体被放出 . 艾
根等把这里的主要过程概括为图 10 所示的超循环 .
夕舞目目倒
冒叫摄彤。
图 4 催化循环
图 6 双链 D N人
的自复制
图 5 单链 R N A 的复制是假
化循环的一个例子
典型的例子(图 6) ·
普通催化过程 (等价于一个普通的反应循环 )和自
催化系统 (最简单的催化循环) 具有不同的动力学性
质 . 如果底物的浓度受到缓冲, 那末普通催化过程的
产物随时间线性地增长 , 而自催化系统则显示指数的
增长 .
所谓超循环 , 就是较高等级的循环 , 或者说是由
循环组成的循环 . 按理说 , 一个自催化系统已经可以
称为是超循环 , 因为它代表了本身是反应循环的催化
剂的循环 . 但是 , 艾根所指的超循环是催化功能的超
循环 , 即经过循环联系把自催化或自复制单元连接起
来的系统 , 其中每个自复制单元既能指导自己的复制 ,
又对下一个中间物的产生提供催化帮助 (图 7 ) . 我们
知道 , 生物休中一段自复制的核酸序列往往并不直接
影响另一段核酸序列的自复制, 而是通过它所编码的
阵去发生影响 , 图 8 就是一个带翻译的超循环模型 ,
其中每个自复制单元 , 通过它所编码的酶对下一个自
岌制单元提供催化帮助 . 从动力学性质看 , 催化的超
循环是二次或更高次的超循环 , 因为它们涉及对催化
荆浓度是二次或更高次的反应 . 假如不受限制, 则产
物增长曲线将是双曲线或其他在有限范围内趋于无穷
大的曲线 . 从图 9 我们可以看出 , 不同等级的循环有
不同的产物增长曲线 . 当然 , 产物的增长总是要受到
限制的 , 因此实际上不可能在有限时间内达到无穷大 ,
但是在开始时 , 产物确是按照这样的曲线增长 .
让我们再来看一个具体例子 . R N A 噬菌体感染
为什么典超妞环?
超循环这个概念是艾根在总结了大量生物学事实
的基础上 , 再加以分析提高而形成的 .
人们常把生命的起源、 发展分为化学进化阶段和
生物学进化阶段 . 在化学进化阶段中, 无机分子可以
逐步形成简单的有机分子 . 奥巴林等六曾经提出原始
大气是还原性的 . 五十年代, 米勒等基于这一设想在
甲烷、 氨气 、 水蒸气、 氢气等还原性气体的混合物中
用放电等
方法
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触发, 合成了蛋白质的构件分子—氛基酸 , 以后又有人用类似的方法合成了嚓吟、 喻吮、
核普酸等核酸的构件分子 . 这些工作使无机分子在原
始条件下可以逐步形成生物体所必须的有机分子这一
观点得到了较广泛的承认 .
在生物学进化阶段中, 原核生物逐步发展成真核
生物 , 单细胞生物发展为多细胞生物 , 简单、 低级的
生物逐步发展为复杂、 高级的生物 . 尽管对于进化的
原因还有许多争论, 但是从拉马克、 达尔文、 华莱士
开创了进化论的研究以后 , 生物学进化的事实得到了
大多数科学家的承认 .
我们知道 , 生物的进化依赖遗传和变异 . 在遗传
和变异过程中最重要的两类生物大分子是核酸和蛋白
质 . 各种生物的核酸和蛋白质的代谢有许多共同特点 .
, 氮 氮秘不公 肠域黔召.
图 7 似化的超循环
一
7邹
E
,
图 8 带翻译的超循环
4 卷 1 0期 响多 康志
. 亡渗〕
八八勺 . 十
芬念臀臀微八了口、一绍双曲线增长p
图 10 R N A 噬菌体感染细菌细胞包
含一个超循环过程
牛\铃户
J了z ‘护炜.
自由能较低 大 分 子
的分子
图 9 各种增长规律 分解
所有的生物都使用统一的遗传密码和基本上一致的翻
译机器 , 而翻译过程的实现又需要几百种分子的配合 .
很难设想 , 在生命起源的过程中, 这几百种分子会一
下子形成 , 并密切配合地组织起来 . 因此 ,艾根提出 ,
在化学进化阶段和生物学进化阶段之间有一个生物大
分子自组织的阶段 . 在这个阶段中 , 大分子的形成和
组织有一个同达尔文等提出的生物学进化类似的逐步
发展的过程 , 这个过程需要超循环的组织形式 .
从生物大分子的水平来看, 选择和进化的分子基
础主要是代谢 、 自复制和变异 . 代谢是生物的一个特
征 . 选择只有对处于代谢过程中的分子种才是有效的 .
生物体内的合成代谢和分解代谢往往是以不 同 的途
径 , 有时还是在不同的部位进行的 . 为了维持生存,
合成代谢与分解代谢都必须能自发地进行 . 而这一点
不可能在平衡的系统中 , 由同一途径上的正反应和逆
反应来实现 . 以不同的途径、 在不同的部位进行合成
与分解 , 则为此创造了条件 . 当然 , 还要配以一些偶
联反应 , 把一些自由能较高的反应物 (例如三磷酸腺
普 A T P) 变成自由能较低的产物 (例如二磷酸腺 普
A D P) 才能使合成与分解的循环得以运行 (参看 图
11 )
.
自复制对于积累信息和选择都是必要的 . 竞争的
分子种必须有指导它们自己合成的能力 . 如果没有自
复制能力, 那末已经积累的信息也会溃散 .
突变是同自复制相联系的 . 复制错误提供了新信
息的来源, 它是进化所必需的 . 但是突变的速串不能
超过一定的阐值 , 如果超过闹值 , 就会失去进化中已
级积爪的信息 .
艾根根据以上的考虑 , 提出了一组唯象方程 , 作
自由能较高
的分子 小 分 子
图 11 合成代谢与分解代谢一般并非互逆反应 , 而
是形成循环 , 使合成与分解都能自发进行
为一个达尔文进化系统的模型 , 得到了一些颇有启发
性的结果 .
其中之一就是认为选择的对象不是单一 的 分 子
种 , 而是拟种 (q叨幼i~ 红沁c ies ) , 即以一定的概率分布
组织起来的一些关系比较密切的分子种的组合 . 我们
知道 , 在一个生物种中, 个体的基因型是可以有差别
的 . 在一个群体的野生型中, 各种基因型有一定的频
率分布 . 艾根提出的拟种的概念是同这一事 实 相 符
的 .
利用这一模型, 艾根还得出了另一个重要结论 .
拟种的最大信息容量 (即最大符号位数 v m a : ) 同主要
种每个符号正确复制的平均概率 q 之间有下述关系 .
In a
, ‘“= 不万,
这里 口是主要种的优势参数 , 1 一奋可以看作是主要种
每符号的平均错误复制率 . 由此可见 , 如果正确复制
的概率越大 , 那末最大符号位数也越大 . 然而 , 复制
的错误是难免的 , 突变总是存在的 , 一 因而符号位数不
能无限增大 , 核酸中核普酸的位数以及由核酸编码的
蛋白质中氨基酸的位数就有一定的限制 , 即一定的阂
值 . 从表 1 可以看出复制错误率同最大数位容t 的关
系 , 以及随着生物的进化 , 复制错误率减小 , 最大数
位容量增加的趋势 .
确乡 康 奋 4 卷10期 7 39
蜘À!¾
表 1 达尔文系统中信息存妙的墓本阶段
位错误率 优势参数 最大数位容t 分子机制和例子
1一歹 。 , m。
5 x 10 一 , 2 14 无酶 R N A 复制 .
20 6 0 t一R N A 前体 , , 出 80
200 106
5 x 10一 2 2386 单链 R N A , 由专一 性
20 59 9 1 复制酶复制
200 105 9 7 Q归噬菌体 , v = 4500
1 x 10一 2 0 . 7 X z0’ D N A经聚合酶复制 , 包
20 3
.
Ox 10. 含由核酸外切酶校正
200 5
.
3 x 10. E
.
co li
, p = 4 x 10.
1 x lo 一 2 0. 7 x 10 , 真核细胞中 D N A 复制
20 3
.
0 x 10 . 和重组 , 脊椎动物(人) ,
20 0 5
.
3 X 10 . p = 3 火 10 .
. 从未润意地看到 R N A 的无催化复制 ; 但是表面 催化
或经过非专一适应的类蛋白的催化 , 可能包含对应于所引数
值的错误率 .
分为三个区域 , 一个区域中的所有点都将趋向一个特
点的不动点 , 显示出“一旦出现就永存下去”的选择行
为 ( 图 12 ) .
¾、么½1叭一。/凡一旧: E 一 肠
1
:立卜O
. 为恤定不动点 户10 为不. 定幼点
丛夕砚
. 为. 点
图 12 不同类型的独立竞争者的不动点图
由此可见, 信息的选择性累加的任何机制都有一
个模板中符号数位的上限 , 超过这个限制就不能保证
拟种的内部稳定性 . 艾根认为 , 拟种的内部稳定性,
比起它的 .生存竞争 , 来说 , 是达尔文进化行为的更本
质的属性 . 生物体内进行着许许多多必不可少的生化
反应 , 需要许多不同的蛋白质和核酸的参加 , 它们的
总的符号位数大大超过了目前最精确的复制机制所允
许的最大符号位数 . 因而艾根认为只有经过超循环式
的联系, 才能把自复制和选择上稳定的单元结合为下
一步较高的组织形式 , 以再产生选择上稳定的行为 。
艾根利用这些方法 , 总结出超循环的一些性质 ,
例如: 1 . 它使得借循环联系起来的所有种 稳定 共
存 , 允许它们相干地增长 , 并同不属于此循环的复制
单元竞争, 2 . 超循环可以放大或缩小 , 如果这种改
变具有选择的优势 , 3 . 超循环的选择是 ‘一旦出现
就泳存下去 , 的 , 因为超循环模型的非线性性质 , 选择
优势是种群最 (或浓度 )的函数 , 少盘新的 自复制单元
不易取代已经建立的超循环 , 因为它们寡不敌众 .
用各种数学工具分析、 探讨超循环模型当然是必
要的、 有益的 . 但是 , 我们也应当充分重视生物学的
事实 . 艾根之所以能提出超循环的模型 , 正是因为他
总结了大盈的生物学事实 , 并加以整理、 提高 . 在分
子生物学取得日新月异成就的今天 , 数学模型的建立
和发展 , 更离不开丰富而生动的实验事实 .
如何研究超 . 环 ?
艾根提出的模型包含非线性的微分方程 , 不易得
到形式解 . 而研究选择和进化的行为, 也不一定需要
完全的解曲线的知识 ,往在只要求出它们的最终趋向 ,
或判断某些种的稳定共存是否可能就行了 . 因此微分
方程的定性理论 , 不动点分析的方法 , 结合轨线的数
值计算是较有效的 .
我们来看一个例子 . 设有三个独立的竞争者 , 它
介1满足方程 .
* ; = 无才x ‘, 一之仁 蚤 正; x ‘, . ‘i 二 1 . , _ , _
‘ —J 一,
气> 儿> kl 》.
当 P二 0 时 , 有一个稳定不动点在浓度三角形内部 ,这
反映了所有种的稳定共存 . 当 P二 1 时 , 唯一的稳定不
动点在浓度三角形的顶点 3 上 , 表示第三个种将在竞
争中求得生存 , 而其他种将消亡 . 当P二 2时 ,有三个
稳定不动点 , 即浓度三角形的三个顶点, 浓度三角形
7 4Q
超摘环论对不对?
艾根 197 1年的
论文
政研论文下载论文大学下载论文大学下载关于长拳的论文浙大论文封面下载
发表以后 , 即引起许多科学家
的重视 . 尼科利斯(耳。l妇)和普里戈金 ( Pr ig o g in 。) 、
日本生物物理学会都对艾根的工作作了介绍 . 还有一
些科学家对艾根提出的模型作了进一步的 探讨和 推
广 , 也有人做了有关的实验工作 . 普里戈金学派在非
平衡统计热力学的研究中提出了耗散结构理论 . 艾根
研究的生物分子自组织中的反应都是非平衡的 , 他曾
引用普里戈金的一些结论 . 普里戈金等也认为艾根的
工作可以很好地说明分子进化问题 , 同他们的耗散结
构理论是相通的 . 下面我想谈一些关于超循环论的反
对意见, 以及 自己的看法 .
莫诺对艾根的工作是持反对意见的 t.1 . 他说 : “近
来有一类新型而微妙的泛灵论者—我称他们为热力学者 . 他们不是象开尔文勋爵那样的热力学家 , 即使
他们中的一些人确实是出类拔萃的户他们试图提出理
论 、 公式和公式化 , 他们认为根据这些首先能够说明
地球上生命不能不出现 , 其次进化不能不出现 . 这不
是十全十美的描述 . 我是在说他们的动机 , 而不是勾
划出他们实际所说的梗概 . 他们决不敢说这样多, 但
4卷10期 确去 亲奋
那是他们希望说的 . 在这个范畴内 , 我要提到曼弗雷
德 · 艾根 伪肠叮介ed E咭饥) . 在早期 , 我 听 曼 弗 雷
德 . 艾根关于进化问题的演讲 , 他提出一些我不懂的
大公式 , 这些公式想要证明进化不能不出现 . 我坐在
他的一位同事身旁 , 他的这位同事转过来对我说 : ‘你
知道事实的真相是曼弗勒德(M aJ 叮h月 )无法想象如果
没有创造 M a n 二心记 的目的竟会出现进化 . ’ ,
我们认为用唯象的数学模型来描述达尔文系统 ,
研究生物分子信息的起源和进化 , 并提出超循环的理
论 ,这些都是艾根的独创 . 当然 ,他的模型并不是十全
十美的 , 也不能包含生命起源和进化的一切细节 . 但
若包含了一切细节也就不成其为数学模型了. 联想到
牛顿等人创立微积分时, 所用的语言和推理方法也不
是十分严格的 , 因此似乎也不应对艾根的开创性的工
作过于苛求 . 再说 , 如果能用数学的方法对生命的起
源和进化问题有更进一步的认识 ,那又有什么不好呢?
布雷奇等 [’l 认为超循环模型中的自复制单元兼有
多种功能 , 难以通过选择 ,使这些功能同时得到改进 .
他们认为应先考虑把系统分隔为若千部分 . 产生不同
的微环境的作用 . 艾根等的答复是 , 分隔可以辅助,
但不能代替早期遗传信息的超循环式的组织 .
克拉克t.] 研究了复杂网络的稳定性问题 . 特别着
重于可能产生不稳定性或奇异动力学现象的临界情
况 . 他认为超循环只是在进化过程中可以起作用的许
多复杂的临界流环中的一种 , 由小环组成大环对奇异
动力学行为并无好处 , 一旦出现就永存下去 . 的选择会导致在远离最优的地方冻结进化的过程 .
克拉克的有些意见是值得考虑的 . 但艾根提出的
超循环模型 , 并不只是为了在一定的条件下会产生奇
异动力学行为 , 并不只是单纯的稳定性分析问题 , 艾
根要研究的是生物信息的起源和进化问题 . 因而超循
环模型不失为到目前为止对于大量这方面实验事实的
一个较好的抽象 , 揭示了一定的规律性 .
当然 , 艾根的超循环论也有不少可以改进提高的
方面 . 本人认为艾根从分子种的线性组合而得到的拟
种的概念 , 要作为以一定概率分布组织起来的分子种
的组合 , 是有一定的数学条件的 , 另外艾根对中性突
变的解释也需进一步完善 .
徐京华研究员的指导引起了本人对艾根超循 环 论 的 兴
趣 ; 丁达夫老师提供了许多文献 , 特此致谢 .
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A
. ,
J
o h n W iley
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So n
s , N
.
Y
.
(19 8 0 )
(上接7 2 8页)
在水利水 电
工程
路基工程安全技术交底工程项目施工成本控制工程量增项单年度零星工程技术标正投影法基本原理
中是全国第一的, 投资据初步估计为
35
.
56 亿元 , 也是目前全国水利工程中最大 的 . 这些
‘第一”和 “少有”说明我国在水利水电工程的设计理论
和
施工
文明施工目标施工进度表下载283施工进度表下载施工现场晴雨表下载施工日志模板免费下载
技术方面 , 与发达国家的差距正在逐步缩小,
赶上世界先进水平指日可待 . 当然 , 我们也必须情醒
地看到 , 这些 “第一 ”和 “少有 , , 大多反映在完成工程
的数t 和难度上 , 而在工程组织管理方面 , 在讲求经
济效果方面 , 与国外同行业先进水平相比还有较大的
差距 . 需要在今后的生产实践中, 不断总结经验 , 吸
取教训 , 争取更大的胜利 .
工程在胜利前进
葛洲坝水利枢纽 , 早在 1958 年长办做长江流域规
划和三峡工程初步设计时 , 就是三映工程的一个组成
部分 , 进行过一些勘测、 规划工作 . 当时葛洲坝是规
划在三映工程之后或同时进行兴建的 . 19 70 年为了解
决急需用电问题 , 决定该工程提前兴建 , 被迫进行 日三
边 , (边勘测、 边设计 、 边施工 ) , 搞设计 、 施工一体 ,
投有互相制约关系 . 科研未能走在生产前面 , 设计未
确墓 余奋 4 卷10期
能走在施工前面 , 准备工程未能走在主体工程前面 ,
一些关系工程全局的技术方案无法及时解决 , 因而在
开工初期发生了一些工程质量问题 . 1 9 72年根据周恩
来等中央领导同志指示 , 主体工程暂停施工 , 集中力
t 搞好科研和设计 . 并成立葛洲坝工程技术委员会 ,
吸收国内有关的著名专家参加 , 负责组织领导设计 、
科研和技术方案审查 . 具体设计由长办负责 , 施工由
三三O 工程局负责. 19 74年工程正式复工 , 逐步扭转
了被动局面 . 其后 , 在三中全会正确方针路线指引下 ,
工程正朝着 “按科学规律和经济规律办事, 的方向不断
前进 , 保证了第一期工程胜利建成 .
目前 , 继大江截流胜利合龙之后 , 三江航道 、 船
闸已胜利通航 . 二江电站第一台 17 万千瓦 机组已基
本安装就绪 , 即将投入生产 . 第二台同型机组巳开始
安装. 第一期工程已胜利建成并开始发挥效益 , 并经
过 85 年来最大洪峰 (7 20 00 立方米/ 秒 )的 考 验 . 第二
期工程正在全面开展 . 建坝职工们在党的领导下 , 现
在正以昂扬的斗志 , 高速度地建设大坝 , 为把我国逐
步建成现代化的社会主义强国而努力奋斗.
.
7 4 1
.