1.正交和反交
基因型不同的两种个体甲和乙杂交，如果将甲作父本，乙作母本定为正交，那么以乙作父本，甲作母本为反交；反之，若乙作父本，甲作母本为正交，则甲作父本，乙作母本为反交。
在实践中，正反交常用于判断某性状的遗传方式是细胞核遗传还是细胞质遗传，在细胞核遗传中，也可利用正反交判断是常染色体遗传还是伴性遗传。具有相对性状的两个亲本杂交，若正交和反交的子代性状
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现相同，则该性状属于细胞核遗传，由常染色体上的等位基因控制，例如高茎豌豆和矮茎豌豆杂交，正交和反交F1均为高茎；若正交和反交的结果不同，子代性状在雌雄性中的比例并不都是1:1，表现出交叉遗传的特点则该性状属于细胞核遗传，由X染色体上的等位基因控制，例如红眼果蝇和白眼果蝇正反交；若正交和反交的子代性状表现不相同，且子代总表现出母本性状，则该性状属于细胞质遗传，例如紫茉莉的正反交实验遗传。为了保证实验结果的可靠性，应该选择多对符合要求的亲本进行正反交。
2.测交
测交的定义是孟德尔在验证自己对性状分离现象的解释是否正确时提出的，为了确定F1是杂合子还是纯合子，让F1代与隐性纯合子杂交，这就叫测交。但有时候即使已知某个个体是杂合子，该杂合子与隐性纯合子的交配也叫测交。同时教材上孟德尔在验证对两对性状重组现象的解释时，让F1与双隐个体进行测交，不少学生就误以为在研究两对相对性状时，只有亲本组合是双杂和双隐时，才叫测交，其实任何遗传规律都源于先对一对相对性状的观察。观察两对性状的遗传规律时，都是先单独观察的，所以只要保证每对性状都是测交，整个组合就是测交。
在实践中，测交往往用来鉴定某一显性个体的基因型和它形成的配子类型及其比例。在子代个体数量足够多的前提下，若所有子代均为显性个体，则F1是纯合子，若子代显性个体和隐性个体的数量接近1:1，则F1是杂合子。其原理是亲本中隐性纯合子只产生一种仅含隐性基因的配子，子代的性状种类和数量关系实际上体现了F1(显性亲本)所产生配子的种类和数量关系。例如，假设豌豆的高茎相对于矮茎是显性，现有一未知基因型的高茎豌豆，如何确定其基因型呢？可以用矮茎与之交配。如果后代全是高茎，则其为纯合体；如果后代既有高茎，又有矮茎，且两者比例接近1：1，则其为杂合体，且其产生数目相等的两种配子。
3自交
自交是闭花授粉、自花授粉或同株授粉的植物的主要交配方式，如豌豆，玉米等。雌雄异株但基因型相同的植株之间交配也叫自交，但基因型相同的动物个体之间的交配一般不叫自交，通常称之为自由交配。
在实践中，自交主要用于鉴定某对相对性状的遗传是否遵循基因的分离定律，也可用于鉴定某种显性植株的基因型，若该个体自交，在子代数量足够多的情况下，子代出现性状分离，则该个体为杂合子，若子代不出现性状分离，则为纯合子。同时在杂交育种中，连续自交是获取能稳定遗传的纯种的主要方法。
与测交相比，自交不需人工去雄、套袋、人工授粉等操作，如果被鉴定者是纯合子，鉴定结束后，子代仍然是纯合子，而不象测交那样子代成为了杂合子，因此自交与测交相比更为简便易行。但是杂合体通过自交必然导致等位基因的纯合而使隐性有害性状表现出来，因而自交往往会产生生活力降低、体重减轻、繁殖力低、抵抗力弱和畸形等不良后代。大多数雌雄同花的植物，往往靠风媒、虫媒等进行异花传粉，或者雌雄蕊成熟期不同，以保证异花传粉。自交或近亲繁殖的后代，虽然会出现产量和品质下降等问题，但自花授粉作物由于在长期进化过程中已适应了自花授粉，所以一般来说不产生明显的自交衰退现象。
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