1. SSR 数据格式
(9 0 0 6 3 2
0
ind Loc1 Loc2 Loc3 Loc4 Loc5 Loc6
1 160150 163163 178176 102102 147139 118114
2 152152 163163 176176 102102 147139 116116
3 166158 161153 176174 102102 149137 116116
4 158158 163163 174168 102098 147147 116112
5 168164 163153 176166 102102 149141 116112
6 158158 163153 178176 102098 147147 116114
7 158158 163163 176176 102102 149139 116114
8 158152 163163 176174 102102 149137 116112
9 150150 163163 176174 102098 149141 116116
END)
括弧内为完整的数据输入格式，注意有空格。第一排（9 0 0 6 3 2）： 9
表
关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf
示 9 个个体
（individuals），第一个 0 表示无 categories，第二个 0 表示无 spatial coordinates，6 表示 6
个 loci，3 表示 digits 数（共显性标记 digit 值在 1 到 3 之间），2 表示二倍体（diploid）。第二
排 0 表示无 distance intervals。后面大家应该都懂的。注意最后一排必须要写上“END”。保
存为 txt 文档。
2. 显性标记格式
(6 3 0 16 -1 2
0
ind pop d1 d2 d3 d4 d5 d6 d7 d8 d9 d10 d11 d12 d13 d14 d15 d16
ah1 G1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1 0 1
ah2 G1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
ah3 G2 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 1
ah4 G2 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1
ah5 G3 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1
ah6 G3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1
END)
括弧内为完整的数据输入格式，注意有空格。第一排（6 3 0 16 -1 2）： 6 表示 6
个个体（individuals），第一个 3 表示 3 个 categories（就是 pop 所在列 G1、G2、G3，也可以
不要），第二个 0表示无 spatial coordinates，16表示 16个 loci，-1是 digits数（显性标记 digit<=0,
我设的为-1，也可设为-2 等），2 表示二倍体（diploid）。第二排 0 表示无 distance intervals。
后面大家应该都懂的。注意最后一排必须要写上“END”。保存为 txt 文档。
运行 SPAGeDi-1.3d
Google 一搜就有得下载，有无需安装版。
1.打开后的界面
2. 将文件 trial01.txt 拖入到刚才的界面回车之后可见
3. 在“Results file：”一排输入结果输出文件名。我设为“d01.txt”
4. 回车进入下一步，继续回车进入下面的界面，并输入“1”。
5. 回车之后进入 COMPUTATIONAL OPTIONS 界面，我是直接回车跳过直到进入 OUTPUT
OPTIONS 界面，填“3”
6. 回车之后进入下面的界面，输入“3”
回车之后进入下面的界面
关闭窗口，在结果文件“d01.txt”中有“Pairwise KINSHIP coefficients (Loiselle et al., 1995)”
项。
恭喜你！你已经得到 K matrix 了。
第 5 步填“3”很重要，第 6 步，填入其他值会有不同的结果。第 4 步也可以填入其他值试
一下。如果大家有兴趣可以试一下。
我就知道这些了。希望大家共同进步！呵呵！
浙公网安备 33021202002483