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MS建模问题集锦-小木虫.pdf

MS建模问题集锦-小木虫

yangxun
2011-11-22 0人阅读 举报 0 0 0 暂无简介

简介:本文档为《MS建模问题集锦-小木虫pdf》,可适用于高等教育领域

一如何构建水体系有机溶剂体系问题:MS的Amorphouscell使用出问题问题:怎么在MS中建立一个水的盒子问题:MS中如何选择体系中的水分子问题:MS中的castep模块金属表面水分子模型的建立问题:模拟水溶液中有机物或有机离子在金属表面的吸附问题二:结构优化问题:MS中forcite模块与discover模块中的结构优化有什么区别?问题:在MS中用哪个模块进行优化结构问题:用分子模拟吸附剂的吸附过程问题:MS中切面几何优化和原子之间的配位问题:如何在Dmol模块中实现定向优化问题:MS能量最小化出错二:力场选择三:吸附模拟问题:MS中sorption模块的MC计算问题:主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化问题:晶体表面吸附的选择性方向弛豫四:模块使用问题:CASTEP输出有几点看不懂问题:那位高手能够介绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围?(分子模拟论坛)问题:CASTEP能算pdos的自旋情况吗问题:在用CASTEP计算材料空位缺陷时如何才能实现只取一个空位问题:在CASTEP计算中kpoint设置不同对计算结果有什么影响?问题:CASTEP中几何优化问题问题:MScastep的几个emptyband问题问题:如何在CASTEP中实现电荷密度图示问题:能带计算(系列)问题:Dmol计算动力学无法收敛问题:如何在Discover计算中分别对相同环境原子分配不同力场类型问题:如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向问题:如何使用DMol进行动力学计算?问题:如何在Dmol中考虑溶剂化效应五:软件安装问题:安装步骤(windows版)问题:license问题问题:gataway问题六:综合问题:建模问题:价态问题:停电处理问题:求电导问题:切平面时如何切出矩形平面问题:如何使用XRD数据快速建立相关的晶体结构一如何构建水体系有机溶剂体系问题:MS的Amorphouscell使用出问题Q:用MS的Amorphouscell建个含水和有机分子的体系再用buildlayer加到金属表面。建不起来我分子是用高斯优化的然后用GV另存为MOL引入MS的水是直接在MS中画的再minimize得只建含水分子可以建。出如下错误。点Yes出现继续点Yes则出现A:选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子建好盒子后再换回来。Q:怎么看哪些原子缺力场?用labelforcetype吗我看了全分配的有力场啊我那分子就CNHO原子会有缺力场的?A:MS画有机分子水。分配compass力场AC建盒子就行了没有必要用高斯这有点像用一电锯去吃牛排:)Q:因为我文章前面用高斯算了参数也就是找有机分子的吸附位点模拟时用MS剑的话优化分子会和高斯优化的分子有结构差异没什么说服力所以模拟时也想用相同的结构就只能导入高斯优化好的结构了。A:如果下一步要使用量子力学研究值得这么做。另外如果你下一步要buildlayer的话建议建cell而不是confinedlayerQ:对我下一步是要用buildlayer把金属表面、有机分子和水溶液、水结合起来。再动力学研究有机分子在金属表面的吸附。用COnfinedlayer文献上这么用的。但是用periodic还是键不起来。另外用用量化我只算有机分子的参数不是建好后算。用MS建的periodic结构导入GV中键输入文件无法识别的。我用没有优化的结构可以建AMORphouscell用优化结果建就出错但以前的分子用优化结果是可以建的包含的原子类型也相同啊。错误说不清楚力场类型。那为什么没优化之前又可以建呢?包含的原子又没变只是结构变了。牛我居然把N与五元杂环的partialdoublebond人为的拉长点(原始结构是单键优化结果变为了partialdoublebond可能是共轭原因)皆可以建呢用periodiccell和confinedlayer均可。这是为什么呢?跟力场分配有什么关联吗?不拉长键只将partialdoublebond改为singlebond也可以建。但单改其他地方就不行出同样的错。说明建不起来跟这个键有关但是在高斯里优化的个YES频率全为正结构为平面结构应该没什么问题啊A:证明ms不能自动分配相应的原子力场参数手动查看一下如果有手动指定可以用MS中Dmol做量化问题:怎么在MS中建立一个水的盒子Q:怎么在MS中建立一个水的盒子A:先画好一个水分子点sketchatom下拉菜单中选择O原子再点adjusthydrigen再点clean可用Forcite模块中的geometryoptimization优化。再在amorphouscell中construct中先激活你所优化好的水分子图点add加入个水分子再点construct就可以了。问题:MS中如何选择体系中的水分子Q:想让盒子里的水(因为有很多)显示线型但是很大部分的水与溶质混在一起了。鼠标选择起来很麻烦但是我的溶质也有H和O不适合用立场选择。讨教有无其他方法。A:可以選擇電荷來區分水和其他溶劑的OQ:请问具体怎么操作呢A:先看你的水分子如果像SPC電荷為則在EDIT選單中選Atomselection出現對話框SELECTPROPERTY選CHARGEEQUAL你的電荷選擇模式用預設第一個切換到EDIT選單中EDITSETS選取新增加上你的名稱即可问题:MS中的castep模块金属表面水分子模型的建立Q:我现在用的是MS中的castep模块我算的是Pt()面的反应想在真空层中加上水溶剂化保证水的密度是gcm怎么做啊?A:Amorphouscell模块建立水模型再用adsorption模块将水层添加到Pt的表面就可以了问题:模拟水溶液中有机物或有机离子在金属表面的吸附问题Q:什么软件可以模拟水溶液中有机物或有机离子在金属表面的吸附问题!!!MS可以么。我对MS还稍微懂一点但是MS给的例子都是气体的吸附其他的都没用过。A:用Discover就可以不过水溶液的模拟需要用到Amorphouscell来建个水分子的盒子然后加到金属表面然后把要作用的有机物也加上去二:结构优化问题:MS中forcite模块与discover模块中的结构优化有什么区别?Q:最近在做一个模型的优化时出现一个问题:通过discover模块结构优化时会出错但可以使用forcite模块进行结构优化发现其实两个模块的结构优化的参数设置和力场的选择完全一样请问两者的优化结果是否一样?A:discover主要是做动力学计算可以得到一些forcite得不到的性质。就动力学而言discover里面对相互作用的计算和forcite不太一样forcite里面好像对VDW和静电作用可以分别做截断而discover好像不行要是截断两个力同时截断要不都得用Ewald来处理。另外版本forcite不能做并行而discover可以做并行效率会大大提高。至于discover不能优化可用forcite优化后的构型再用discover优化试试行不行。问题:在MS中用哪个模块进行优化结构Q:对于一个化合物(有机物质)它有不同的结构式我用哪个模块可以确定出哪个结构式是最稳定的?A:用dmol吧castep适用于晶体A:casstep首先计算的是周期性的体系而不是非周期性的分子之类。建议ongoingdmol优化同样的原子数可以比较bindingenergyA:CASTEP适用于周期性的体系不适用非周期性体系并且CASTEP只能适用于D构型不适用平面的。help里有问题:用分子模拟吸附剂的吸附过程Q:用分子模拟来做吸附剂的吸附过程A:吸附一般用GCMC所以一定要把统计热力学中的GibbsEnsemble和物理化学中的相平衡化学势等概念搞清楚。Q:有没有用ms搞模拟。里面c=s键是怎么处理的A:是在问C=S键的参数如何得到的吗?还是如何在你的模型中定义C=S键?C=S的键的定义取决于你选择哪个力场以及该力场怎么构建它的力场模型。力场模型包括个部分:模型(成键作用VDW作用静电作用是否包含极化氢键等等以及为这些作用选用什么样的势函数形式)原子类型的定义比如甲基中的C和C=S中的C显然不一样这样就需要定义不同原子类型并为他们赋予不同的参数参数化怎么得到呢?这就是参数化过程也是区别不同力场的重要部分有的是从晶体结构得到的纯经验力场有的是基于第一原理计算结果的力场等等MS中普遍使用的是COMPASS力场是一个第一原理力场此外还有CFF。注意COMPASS是基于CFF发展起来的因此比CFF的参数更全面。如果你的体系中有C=S键而你要在MS中使用COMPASS力场对C=S键的参数那么有两种方法让MS识别你的C=S键的原子类型:一种是自动识别你只要把C=S键设成双键然后选中COMPASS力场做个能量计算那么MS就会自动识别C=S键第二种方法是首先找到COMPASS所有的C和S的原子类型看看哪个类型是对应C=S键的然后直接指定原子类型名称(修改原子属性)第一种方法自动方法是调用MS内设的一套拓扑方法来识别原子类型要求所有的键的连通性单键双键芳香键全部设置正确才行。第二种方法手动指定法要预先人为判断原子类型类型设对了参数就对即使你的单键双键设置不正确也不影响计算结果的准确性。但是要求你熟知原子类型。而且要修改MS设置要求它每次计算之前不要重新自动定义原子类型以避免把手动设置的原子类型覆盖掉。上面假设COMPASS包含了C=S键的参数。实际上我不确定有没有。如果没有的话你只能选用其它包含C=S键参数的力场。或者选用其它模拟软件比如LAMMPS。现在MS支持MC了吗?如果没有的话还是不能用MS。因为吸附过程很复杂有很多局部能垒需要翻越而MD翻越能垒的效率很低意味着你需要跑很长时间的模拟不现实。所以吸附一般都用MC。MC由于随机采样采样效率大大提高。所以做吸附还是用MC的好即使用Towhee软件。MS可以作为帮助建立模型的工具A:现在有一种仿MS的软件叫做MAPS,已经把TOWHEE做了一个界面使用起来方便多了GCMC有很多软件snurr的music,MS中的sorption,MAPS中的towhee,snurr还有大杀器raspa,smit的bigmac,阳庆元的CADSS,几乎每个组都有自己的代码ferey,keskin,krishina,gubbinsA:说到吸附计算软件现在真是五花八门您说的towhee现在已经不是最佳方案了毕竟它的输入文件很繁琐。不过说回来现在有用gibbsmc计算吸附的趋势towhee在吸附方面可能要焕发第二春了。不过这里没有一点贬低towhee的意思毕竟它作为mc老牌软件在气液平衡计算等方面还是最佳选择。问题:MS中切面几何优化和原子之间的配位Q:我用MS中DMol切面做几何优化假如主族氧化物AO,切三层五层七层分子式分别为AO,AO,AO,五层优化始终不收敛设置自旋激化和无自旋激化都试了就是不收敛其他都是默认值。请问应该怎样设置?为什么?体相O是四配位的A是六配位的切面时第一层是O第二层是A出现两种情况一种O是两配位A是六配位,另一种O是两配位A有四配位和五配位做吸附气体小分子哪种切面好为什么?A:你看一下你的输出结果看一看他的收敛程度如果没有收敛那就改变一下结构试一试如果一直是往收敛的方向走那就增大一下SCIcycles试一试也许在多进行几步SCI就可以收敛这两种情况你都要计算进行比较找出最有利的吸附构型具体哪个面容易吸附主要看你的吸附体也要看你的吸附质不同的物质不一样。一般情况下容易发生在晶面间距较大的面Q:SCI设置为轮了,就是每次几何优化第九轮时自洽迭代不收敛,一会儿变小,一会儿变大,不收敛Smearing为或都试了不收敛.还可以调什么参数?就是想计算表面能看选五层还是七层就可以,选层方面有其他方法确定吗选面晶面间距是较大吸附小分子CONONONOHCH等应该选哪种面?A:如果这样五层每次都是第九步不收敛我觉得可能有一下几方面原因、再检查一下你的结构是不是有问题七层都可以收敛说明你的计算机是满足要求的。不会能因为内存不足等原因。建议你先用半经验优化一下然后再用Dmol优化这样l优化后的结构Dmol再优化会收敛快一些也比较容易收敛。、循环次数你已经增大了如果是你说的一会变大一会变小那就是结构在震荡也有可能说明这个表面结构就是不稳定的。如果不行只能调节收敛精度了。至于选层没有什么具体要求一般都是-层这样要你自己计算一般都是把基层都优化以下看看表面结构影响到几层。比如你有优化的层层结构发现第三层、第四层对表面影响很小计算到第三层就可以了。至于吸附选什么面。一般情况下首先晶面间距较大的面。但也要具体问题具体分析。比如对CO一方面看表面是C吸附还是O吸附还要看是金属吸附还是O吸附他们会选择最有利于吸附的晶面。比如是金属吸附C那就会选择含金属原子比较多的面。A:跟smearing设置有关你可以试一下smearing从小逐渐增大就收敛了。不过smearing太大最后优化的构型可能会有问题。DMOL优化不收敛一般得设置smearing你可以看outmole文件里面如果不收敛的话会有体系让你修改什么参数的。问题:如何在Dmol模块中实现定向优化Q:如何在Dmol模块中对某一分子只允许其沿着Z方向进行优化而XY方向则不变?A:首先选择要优化的原子在Modify菜单的Constrains中固定其XYZ坐标然后在Dmol的Calculation对话框中进行相关设置完成后SaveFiles。打开Input文件找到下面一行文件:#CartesianconstraintsOptfixedXYZ其中XYZ表示对XYZ坐标都进行限制如果只沿着Z方向进行优化那么要将这一行改为XY保存文件并RunFiles就可以了。如果、代表的原子不清楚那么请打开mdf文件去查询。问题:MS能量最小化出错Q:报错原因如下ForcefieldD:PROGRA~AccelrysMATERI~etcGatewayshareDiscoverrescompassfrcMoleculardataCDMPCunitmdfCoordinateCDMPCunitcarError:Energyexpression:cannotfindparametersforbond:C(c)O(o)Error:Energyexpression:cannotfindparametersforbond:C(c)O(o)Error:Energyexpression:cannotfindparametersforbond:C(c)O(o)Error:Energyexpression:cannotfindparametersforbond:C(c)O(o)whileexecuting"energyprintenergies"TotaltimeusedbyDISCOVER:secsCompletiondate:FriSep::ExitingDiscover:AnERRORhasoccurred中间的主链糖环结构是根据文献中键长键角所画侧链上的个苯环结构(黄色区域)是需要优化的结构结果出现上面的错误请前辈帮助怎么解决?A:使用Discover计算是基于力场的提示信息是说你的初始结构中有不能够被自动指定力场类型的原子建议手动对所有原子的力场类型进行指定。二:力场选择三:吸附模拟问题:MS中sorption模块的MC计算Q:在利用sorption模块计算的时候怎么总是和原文数据不一致?还有forcite优化结构的时候力场参数都是选dreiding的时候怎么不能得到文献说的数据结果?是什么原因呢?A:能说说你具体的设置和体系吗?不然单单这么说很难知道原因还有文献里的数据也是用sorption做的?Q:MOF。forcite的时候得到的晶格常数比文献说的要大。文献也说是dreiding优化的。这个不符合文献。接下来的吸附H的时候想重复试验数据和理论数据结果也不符合。A:晶格常数不完全一致没有关系大致差不多就可以了我记得MOF的是左右在这附近就可以了。对于吸附我问你几个问题:文献中H用的是什么模型什么力场?单原子模型Buch力场参数?还是双原子模型Cracknell力场参数?还是三原子模型Cracknell或者Zhong的参数?模拟的温度是多少?常温还是K如果是K是否考虑FH量子效应?对于吸附等温线文献上是excess还是absolute文献上用什么工具计算?Sorption?你的输入参数是压力还是逸度?如果H是三原子模型你的MOF是否带电荷?先回答我这个问题然后我再跟你解释为何有差别。Q:我的晶格是。文献数据不知道根据他拟合的力场参数建的新的力场文件。H的模型和力场参数的影响有多大?怎么影响?谢谢解释下kFH量子效应怎么考虑进去?!excess。另一个结构两个数据都有Cerius。GCMC。我们老板说这个和MS的sorption一致。逸度但是比较小只有atmH三原子模型是什么?MOF整体不带电要不要加个QQ聊啊帮忙解释下吧谢谢了。我才学这个比较迷茫。qq:A:、H的模型和参数对于结果影响有多大这个跟体系有关有的体系是几种模型差不多有的体系是三原子模型最好。但是计算速度最慢。、K一般情况下可以不考虑FH量子效应不过当你计算结果不好时就需要加了Cerius我没有用过不过按照Sorption来看是没法计算FH量子效应的这个是需要编程计算的。一般和文献上结果比较的时候都需要转换为excess这个是普遍的。这个没用过不说。不管压力多小用逸度总是没错的。H三原子模型就是考虑H在低温时很弱的极距会在两个H原子之间添加一个虚原子虚原子带正电荷H带负电荷这种情况下MOF上的原子就需要分配电荷了如果你没有采用这种H模型就不用给MOF分配电荷。总之在达到同样效果的时候模型自然是越简单越好同时由于吸附量比较大计算的步数不能太少最少得W起步吧。Q:Buch力场参数Cracknell力场参数是什么参数?他和MS中的dreiding力场参数有什么区别?!forcite优化的时候原文献也选的是dreiding力场怎么结果差距会这么大?他的晶格我的实验数据?A:Buch和Cracknell的参数很多文献都在用你多看文献就知道了一般都是用它们计算H的Dreiding里的H的参数似乎用来描述H不合适所以很少有人采用Dreiding里的H的参数和Buch他们的参数有区别。Forcite优化似乎不改变晶胞的参数我记得只改变原子的坐标。我记得MOF的晶体文件下载下来就是。Q:我吸附的时候用的文献给的参数描述了H中的H的相关力场参数。forcite选择优化几何结构优化的时候有个more选项里面有个optimizecell这个选项勾上就可以优化晶胞参数A:问题是你计算的结果和别人差距有多大这个是关键我记得Sorption计算的结果偏小Q:文献数据在(h分子数为个我的分子数个左右)A:这个结果也正常我记得以前做过甲烷的MOF吸附MPa下我计算的是个分子文献上有个的有个的A:干吗要优化晶胞呢?你又不是自己建立的晶胞是衍射得到的数据没有必要优化晶胞。Q:直接用衍射得到的结构参数数据吗?但是算出来的MOF这个最基本的都不吻合啊A:一般来说就是直接用衍射得到的数据晶胞参数别乱动。吸附结果不吻合从GCMC上找原因还有sorption用的LJ公式和一般文献上的公式不一样你仔细看看帮助文件。Q:这么说来对于吸附剂是否还要做优化了呢?我从CCDC里下载的MOF的结构十分乱而且没有键只有原子不知道要如何删除多余原子并做优化啊从另一篇文献后的supportinginformation中直接下载到了另一种MOF的cif文件与文献对比并不多余原子这样是否让需要做优化?Q:一般情况下拿Forcite的UFF力场优化下要求高点的用Dmol的GGAPW优化下。有的时候下载下来的结构是很混乱需要你按照文献进行修整。问题:主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化Q:主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化A:这个不好说要看你计算什么物质自旋极化对他们有没有影响如果有影响必须考虑如果没有影响或影响很小可以忽略Q:假如AB,是主族的,切面三层分子式为AB,五层AB,七层是AB,都不是AB的整数倍,考虑自旋极化,五层七层不收敛,是不是不用自旋极化还有要是不用自旋极化,如果做吸附NO,NO分子有单电子那要不要考虑自旋激化A:不收敛和用不用自旋极化应该没有关系不收敛应该检查Cutoffenergy、smear、Band数、体系是否合理等问题问题:晶体表面吸附的选择性方向弛豫Q:模拟晶体表面吸附时怎么样才能做到只允许垂直于表面方向弛豫而平行表面的方向不允许呢?是用“ModifyConstraints”实现的吗?如何实现?A:用“ModifyConstraints”步骤如下:第一:选择要加限制的原子第二:打开constrain对话框第三:设置固定XY方向不考虑弛豫实际上就是在x和y方向的笛卡儿或者分数坐标前打勾即可四:模块使用问题:CASTEP输出有几点看不懂Q:SpeciesIonspdfTotalCharge(e)Spin(hbar)===========================================NO===========================================BondPopulationSpinLength(A)===========================================NZnNZnNZnNZn===========================================)"Spin(hbar)"这个单位不明白与μB的换算关系是什么?为什么在D图上输出时是倍的关系即N对应输出?)Bond项中population是什么??其后的spin又指什么?A:hbar自旋的单位也是由普兰克常数演变来的量子物理常数hbar=hπ与μB的换算关系是hbar=μB。至于图形没看到不好说Bond项中population是bandmullikenpopulation(重叠布居)相当键级概念+的表示共价键越大表示成键共价性越强表示纯离子键-的表示反键。绝对值没有多大用相对值变化才能说明问题。后面的spin是指自选对重叠布居的贡献。Q:这些数据是计算什么性质得到的A:几何优化勾选properties中的phonon问题:那位高手能够介绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围?(分子模拟论坛)Q:比如说LDA的(PWC,VWN)GGA的(PW,BP,PBE,BLYP,BOP,VWNBP,PRBE,HCTH)能够简述一下其大致差别更好A:LDA局域密度近似(LDA):局域密度近似(LDA)是第一阶梯。它仅仅采用空间点r处的电子密度n(r)来决定那点交换相关能密度的形式。交换相关能密度由密度相同的均匀电子气完全确定。泛函的交换部分就准确的用均匀电子气的微分表达。各种不同的局域密度近似(LDA)仅仅是相关部分表示方法不同所有现代应用的局域密度泛函都基于Ceperly和Alder`s在年代对均匀电子气总能量的MonteCarlo模拟。广义梯度近似(GGA):GGA是Jacob阶梯的第二个台阶将电子密度的梯度也作为一个独立的变量(|∇n(r)|)在描述交换-相关能方面梯度引入了非定域性。GGA泛函包含了两个主要的方向:一个称为“无参数”泛函中新的参数通过已知形式中参数或在其它准确理论帮助下得到。另外一个就是经验方法未知参数来自于对实验数据的拟和或通过对原子和分子性质准确的计算。Perdew,BurkeandEmzerhof(PBE)以及PerdewWangfrom(PW)是无参数的在量子化学中广泛采用的GGA比如Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是经验性。LYP校正采用了密度的二阶Laplace算符因此严格上讲属于Jacob阶梯的第三阶但通常仍然归类为GGA问题:CASTEP能算pdos的自旋情况吗Q:CASTEP能算pdos的自旋情况吗A:可以计算体系的自旋态密度alpha和beta分别为自旋向上和自旋向下totalspin是总自旋计算的时候必须把自旋极化-spinpolarized选上才能画自旋态密度问题:在用CASTEP计算材料空位缺陷时如何才能实现只取一个空位Q:在用CASTEP计算材料空位缺陷时如何才能实现只取一个空位呢?A:降低对称性再DELETE一个原子就可以了在build下的symtrey有makeP不是降低对称性是构建超胞makesuppercell然后就可以删去一个原子了正常的话如果晶体是原胞直接删除一个原子可能造成很大影响可以建大一点的超晶胞(比如××超晶胞)然后删掉一个原子这样比较合理毕竟缺陷浓度是很低的。问题:在CASTEP计算中kpoint设置不同对计算结果有什么影响?Q:在CASTEP计算中kpoint设置不同对计算结果有什么影响?kpoint设置表示什么?如设置为XX和设置成XX有什么不同区别在哪?A:很难一般地回答只能给出一般建议。注意:一定要检查k网格首先用较粗糙的网格计算接下来用精细的网格计算。通过比较两次的结果决定选用较粗糙的网格或是继续进行更精细网格的计算直到达到收敛。金属体系需要精细的网格绝缘体使用很少的k点通常就可以。小单胞需要精细格点大单胞很可能不需要。因此:单位晶胞内原子数很多(比如个)的绝缘体可能仅需要一个(移动后的)k点。另一方面面心立方的铝可能需要上万个k点以获得好的DOS。对于孤立原子或分子的超晶胞仅需要在Gamma点计算。对于表面(层面)的超晶胞计算仅需要(垂直于表面)z方向上有个k点。甚至可以增加晶格参数c这样即使对精细格点沿z方向上也只产生一个k点(产生k点后不要忘记再把c改回)。k点主要是用来积分计算用的。例如对于连续的波函数实际的计算是无法采用基于函数的表达式进行计算而是基于离散数据进行计算所以需要将空间进行划分如果空间中的离散点划分得越细那么最后通过数值积分得到的结果就越接近体系的真实情况如果空间的划分越粗糙计算的结果越不准确。k点面实际上就是在倒易空间按照abc三个方向进行划分。因此用三个数值表示k点面第一个数值越大说明沿着a方向的数值积分点数越多计算精度越高。在实际计算中需要进行测试一般是逐渐增加k点数计算能量收敛曲线。对于表面相关计算k点面中第三各数值往往取较小一般为或就是不考虑z轴方向上的周期性。(设置布里渊区k点网格取样大小或能带结构计算时沿高对称方向的k点。一般来说k点越密越多计算精度也就越高但计算成本也会越高。因此对于原子数较多的体系的计算要谨慎的尝试k点数目)问题:CASTEP中几何优化问题Q:几何优化可以在多大范围内改变原子的位置啊?感觉每次优化后的位置调整不是很多啊?大家在算能带和态密度的时候是用单点能计算给出能带还是几何优化给出能带啊?A:几何优化的目的是寻找压力最小的几何结构原子位置改变不多是因为你建的构形比较合理比如直接从软件数据库中导入的结构在压力下改变很小如果加个压力就会变化大一些。一般都是优化的时候算如果你想算特定构形的能带或其它性质就可以用单点能问题:MScastep的几个emptyband问题Q:计算表面过程中计算成功但是castep结果中提示<SCFSCFloopEnergyFermiEnergygainTimer<SCFenergyperatom(sec)<SCF<SCFInitialEE<SCFEEE<SCFWarning:TherearenoemptybandsforatleastonekpointandspinthismayslowtheconvergenceandorleadtoaninaccurategroundstateIfthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextrabandsandorreducingsmearingwidthintheparamfileRecommendusingnextrabandsoftoEEE<SCFWarning:TherearenoemptybandsforatleastonekpointandspinthismayslowtheconvergenceandorleadtoaninaccurategroundstateIfthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextrabandsandorreducingsmearingwidthintheparamfileRecommendusingnextrabandsofto要在表面上吸附小分子如H或者CO可以选择不同的位置比如top,bridge,等但是如何确定具体每个原子的position直接根据原子半径按照几何知识来计算吗?另外在计算表面吸附totalenergy的时候是否选择上"optimizedcell"如果不选择就应该是每个原子的位置保持固定那么如何知道所确定的吸附原子的位置是对的呢?进行计算时选择上"spinpolarized",对于不同元素其参数如何设置?"initialpin"和"charge"。A:把emptyband里的空带数目增加试试或者减少smearing的数值这两个办法都可以增加精度。你先把晶胞优化完成后再算吸附只是注意两次计算所用方法要一致。确定原子的position是要根据能量高低来确定。从他提示的关键词来看NEXTRABANDSThiskeywordscontrolsthenumberofextrabandsinadditiontothenumberofoccupiedbandsTheseextrabandsarenecessaryformetalsorfinitetemperatureinsulatorsThedefaultvalueforthisparameterisSMEARINGWIDTHThiskeyworddeterminesthewidthoftheFermisurfacesmearingifthesystemisbe

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