Pymol学习笔记
转自：驴头的驴窝 http://donkeyhome.org/
整理：jewelseeker Sunday, March 28, 2010
Pymol学习笔记（一）：简介&安装
Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano
编写，并且由 DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，
在所有正式发
表
关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf
的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用 Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于 python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子
（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有
所帮助。今天先来说说安装吧。
自 2006年 8月 1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的 PyMOL执行程序（包括 beta版）采
取限定下载的
措施
《全国民用建筑工程设计技术措施》规划•建筑•景观全国民用建筑工程设计技术措施》规划•建筑•景观软件质量保证措施下载工地伤害及预防措施下载关于贯彻落实的具体措施
。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者
编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话：
1. 如果你是Windows用户，首先下载 Pymol的源代码。
然后安装 CygWin，并且确保正确安装以下模块：
C++ (gcc or g++ package name)
Python
OpenGL
PNG
然后在源代码目录里面依次运行：
2. 如果你是 Linux用户，首先确保以下东东已安装：
Python
Pmw
OpenGL driver（我用的是NVdia）
libpng
Subversion client（下载源代码需要）
然后下载 Pymol的源代码
$ mkdir pymol-src
$ svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src
然后进入源代码目录
# cd pymol-src
开始依次编译
# python setup.py install
# python setup2.py install
拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了
# cp ./pymol /usr/bin
如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行
# python setup2.py install pmw
如果你在使用 Gentoo，请确保编译 python时添加了 tcl/tk支持，否则运行是会提示错误
"ImportError: No module named _tkinter"
# USE="tcl tk" emerge python
好了，下面我们就可以进入 Pymol的世界了。
Pymol学习笔记（二）：基本的鼠标操作
这里主要介绍一下 Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。
当你打开 Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：
该界面分为 2窗口，上面的外部GUI窗口（External GUI）和下面的Viewer Window。Viewer Window
又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部 GUI窗口（Internal GUI)。
Viewer 自身包含一个命令行（如图中左下方的 PyMOL>提示符），可以用来输入Pymol命令；在
Inernal GUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI则包含一个标准菜单、
一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复制、剪切和粘
贴”操作只能在 External GUI中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及 Ctrl＋V”来完成，这也
是这个所谓的外部 GUI的最重要的优点。
加载文件，有二种
方法
快递客服问题件处理详细方法山木方法pdf计算方法pdf华与华方法下载八字理论方法下载
：
1. 在 External GUI中选择 File － Open
2. 使用命令行：
load
例如我们现在从 www.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的 pdb文件（PENTAMERIC
LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），名字为 2vl0.pdb，然后
用 pymol打开它：
load 2vl0
该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：
基本的图像操作:
是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原
子组成的，而Pymol打开 pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的 Viewer窗口里面的，
当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三
维结构图。
先说说鼠标吧。
任意旋转图像： 对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
放大 /缩小图像： 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是
放大。
移动图像： 对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
设定图像旋转中心： Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
移动剪切平面： Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左
右移动：调整后剪切平面（离你远的）。
最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面的示意图你会发现 Pymol的这
项设定其实很方便。
今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用 cartoon的
形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。。。
Pymol学习笔记（三）：基础 Pymol命令
这里主要介绍一下 Pymol的一些基本命令操作。就像 Linux一样，要想更好的操作 Pymol，
掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止 Pymol还是只用小写，
所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用 Pymol来完成一个项目时，你也许想会让 Pymol自动保存你所有输入过的命令，
以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个 log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，
记住，Pymol像 Linux一样支持 Tab键命令补全：
Pymol> log_open log-file-name.pml
如果你想终止记录，只需要键入：
Pymol> log_close
好了，现在载入 pdb文件（继续前用的 pdb文件）：
Pymol> load 2vlo.pdb
现在 Pymol就创建了一个叫 2vlo 的对象，你可以在内部 GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是
你也可以自己定义该项目的名字（如 test）：
Pymol> load 2vlo.pdb, test
下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：
Pymol> show representation
Pymol> hide representation
其中 representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和 mesh。
使用这 2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：
Pymol> hide lines
Pymol> show ribbon
我们将得到如下结果：
也许你已经注意到结构中有 2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让 Pymol
只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：
Pymol> label all, chains
这个命令的作用是让 Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，
第二个则由 F－J组成。
好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：
Pymol> hide ribbon, chain f+g+h+i+j
上面的东东还可以这样完成：
Pymol> select test, chain f+g+h+i+j
Pymol> hide ribbon, test
上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为 test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的
好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控
制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。
比如你可以：
Pymol> hide everything, test
Pymol> show cartoon, test
这样你会得到：
说到这里就提到了 Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：
Pymol> select selection-name, selection-expression
其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要避免使用：
! @ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ? /
如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：
Pymol> delete selection-name
Pymol> delete object-name
下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部 GUI窗口的 Settings －
Colors 中找到：
Pymol> color color-name
Pymol> color color-name, selection-expression
比如我们可以：
Pymol> color red, ss h
Pymol> color yellow, ss s
Pymol> color green, ss l+""
其中“ss”代表 secondary structure，“h”代表 Helix，“s”代表 Beta sheet，l+""代表 Loop和所以其他
结构。
这 3句的作用分别是把所有的 Helix变成红色；把所有的 Beta sheet变成黄色；把所有的 Loop以
及其他部分变成绿色，于是我们得到：
Pymol可以同时打开多个 pdb文件：
Pymol> load object-name-1.pdb
Pymol> load object-name-2.pdb
如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：
Pymol> disable object-name-1
Pymol> enable object-name-1
你也可以用 disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你
选定的目标不可见。
Pymol> disable selection-name
使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的
办法
鲁班奖评选办法下载鲁班奖评选办法下载鲁班奖评选办法下载企业年金办法下载企业年金办法下载
，不过命令如 zoom，orient等等有时候使用起
来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。
放大选定目标：
Pymol> zoom selection-name
定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：：
Pymol> orient selection-name
你也可以用 view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：
Pymol> view key, action
其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者 recall。如果不加任何“action”，
则默认为 recall：
Pymol> view v1, store
Pymol> view v1, recall
Pymol> view v1
说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol有 3个层面的保存方式，下面来分别说说。
1. 使用 log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：
Pymol> log_open script-file-name
这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令：
Pymol> @script-file-name
不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用 get_view命令。
你可以选择外部 GUI窗口中的 File － Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复
记录 /停止记录该文档。
你可以随时编辑该文档。
在 linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的 home目录。
2. 如果你想下次打开 Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部 GUI 窗口里面
的 File － Save Session，创建一个会话文件（.pse）。
该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可
以；记录文档文件前必须先运行 log_open命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件
以文档形式运行（@），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的 File － Open。
什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然
后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件
起到了“undo”的作用，这正是 Pymol所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个
会话文件好像就没什么大用了，呵呵。
3. 如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图
片。在这之前你可以使用 ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及
阴影特效：
Pymol> ray
Pymol> pngyour_path/image_name
最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。
Pymol学习笔记（四）：Pymol命令的语法与目标选择的表达
上次介绍一些 Pymol的基本命令。现在来具体说说 Pymol命令的语法，还有在选择操作目标
应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习 Pymol来说是至关重要的。
从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）
组成，格式如下：
Pymol> keyword argument
其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令 quit就不需要附加变
量：
Pymol> quit
当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令 zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该
命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，
其中的目标选择 all就是 zoom的默认变量：
Pymol> zoom
Pymol> zoom all
还有些命令可以带多个参数，比如加色命令 color，它的用法如下：
Pymol> color color-name
Pymol> color color-name, selection-expression
第一个 color虽然只带一个变量"color-name"，但其实它包含了第二个默认变量 all，所以它的作用
是把整个结构变成"color-name"的颜色。
第二个 color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量 all变成了
"selection-expression"，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成"color-name"定义的颜色。
要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号","隔开。
通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如"color-name"，就是一个颜色名字
而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如"selection-expression"，它可以很简单，也可以非常
的复杂。这个东东，我称之为选择表达，对 Pymol命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一
下。
选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一
些个 Helix，一些个 Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以
多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]组成，但是因避免使用下列符号：
! @ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ? /
选择表达由所谓的"selector"加上"identifier"组成，其中"selector"定义了某类属性，而"identifier"则
在该类属性下需要被选择的部分。如下例：
Pymol> select test, name c+o+n+ca
其中"name"就是一个 selector，它表示在 pdb文件中描述的原子的名字；"c+o+n+ca"则是对应的
"indentifier"，它表示我们要选择 pdb文件中名字叫"ca+cb"的原子（ca代表 alpha carbon，cb代
表 beta carbon）。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为"test"，这样我们可以在后面继
续使用它。
下表列出了大多数的 selector：
Selector 简写 Identifier及例子
symbol e.
chemical-symbol-list
周期表中的元素符号
Pymol> select polar, symbol o+n
name n.
atom-name-list
pdb文件中的原子名字
Pymol> select carbons, name ca+cb+cg+cd
resn r.
residue-name-list
氨基酸的名字
Pymol> select aas, resn asp+glu+asn+gln
resi i.
residue-identifier-list
pdb文件中基团的编号
Pymol> select mults10, resi 1+10+100
residue-identifier-range
Pymol> select nterm, resi 1-10
alt alt
alternate-conformation-identifier-list
一些单字母的列表，选择具有 2种构型的氨基酸
Pymol> select altconf, alt a+b
chain c.
chain-identifier-list
一些单字母或数字的列表
Pymol> select firstch, chain a
segi s.
segment-identifier-list
一些字母（最多４位）的列表
Pymol> select ligand, segi lig
flag f.
flag-nummer
一个整数（０－３１）
Pymol> select f1, flag 0
numeric_type nt.
type-nummer
一个整数
Pymol> select type1, nt. 5
text_type tt.
type-string
一些字母（最多４位）的列表
Pymol> select subset, tt. HA+HC
id id
external-index-number
一个整数
Pymol> select idno, id 23
index idx.
internal-index-number
一个整数
Pymol> select intid, index 23
ss ss
secondary-structure-type
代表该类结构的单字母
Pymol> select allstrs, ss h+s+l+""
下表是另一些 Selector，有关比较的：
Selector 简写 Identifier及例子
b b
comparison-operator b-factor-value
一个实数，用来比较 b-factor
Pymol> select fuzzy, b > 12
q q
comparison-operator occupancy-value
一个实数，用来比较 occupancy
Pymol> select lowcharges, q > 0.5
formal_charge fc.
comparison-operator formal charge-value
一个整数，用来比较 formal charge
Pymol> select doubles, fc. = -1
partial_charge pc.
comparison-operator partial charge-value
一个实数，用来比较 partial charge
Pymol> select hicharges, pc. > -1
另外有一些 Selector是不需要 Identifier的，它们被列在下表中：
Selector 简写 描述
all * 所有当前被 Pymol加载的原子
none none 什么也不选
hydro h. 所有当前被 Pymol加载的氢原子
hetatm het 所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载的原子
visible v. 所有在被“可见”的显示的对象中的原子
present pr. 所有的具有定义坐标的原子
在 Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到：
http://www.wwpdb.org/docs.html
在选择表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logical operator）使用，这样我们可以表达更加
复杂的选择。这些操作子被列于下表中：
Operator 简写 效果与例子
not s1 ! s1
选择原子但不包括 s1中的
Pymol> select sidechains, ! bb
s1 and s2 s1 & s2
选择既在 s1又在 s2中的原子
Pymol> select far_bb, bb & farfrm_ten
s1 or s2 s1 | s2
选择 s1或者 s2中的原子（也就是包含全部的 s1和 s2原子）
Pymol> select all_prot, bb | sidechain
s1 in s2 s1 in s2
选择 s1中的那些原子，其 identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全
部符合 s2中对应的原子
Pymol> select same_atom, pept in prot
s1 like s2 s1 l. s2
选择 s1中的那些原子，其 identifiers (name, resi)符合 s2中对应的原子
Pymol> select similar_atom, pept like prot
s1 gap X s1 gap X
选择那些原子，其 van der Waals 半径至少和 s1的 van der Waals半径
相差X
Pymol> select farfrm_ten, resi 10 gap 5
s1 around X s1 a. X
选择以 s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所有原子
Pymol> select near_ten, resi 10 around 5
s1 expand X s1 e. X
选择以 s1中任何原子为中心，X为半径，然后把 s1扩展至该新的范围
所包含的所有原子
Pymol> select near_ten_x, near10 expand 3
s1 within X of
s2
s1 w. X of
s2
选择以 s2为中心，X为半径，并包含在 s1中的原子
Pymol> select bbnearten, bb w. 4 of resi 10
byres s1 br. s1 把选择扩展到全部 residue
Pymol> select complete_res, br. bbnear10
byobject s1 bo. s1
把选择扩展到全部object
Pymol> select near_obj, bo. near_res
neighbor s1 nbr. s1
选择直接和 s1相连的原子
Pymol> select vicinos, nbr. resi 10
这些逻辑选择还可以组合使用。比如你想选择 chain b，但是不选择其中的 residue 88：
Pymol> select chain b and (not resi 88)
在使用多重逻辑选择时，为了让Pymol正确处理顺序，请使用括号，这样最里层括号里面的内容
将会被最先处理，以此类推。
好了，目标选择就先说到这里。其实关于目标选择还有所谓的“宏”可以用，可以简化表达式，
准备下次说说。
Pymol学习笔记（五）：Pymol的选择宏
上次具体讲了如何在 Pymol中怎么用 selection-expression选取目标，其实在某些情况下，
还可以用 Pymol提供的宏来选择操作目标。使用这个选择宏往往可以是一个原本很复杂的表达变
得简单紧凑。
例如我们想选择 2vlo这个 pdb文件中的"chain a"中的第 100个基团的 α炭原子，如果用
selection-expression来表达的话是这样：
Pymol> select chain a and resi 100 and ca
如果用宏的，可以这样：
Pymol> select a/100/ca
是不是觉得简单了很多。好了，下面就来详细讲讲这个宏吧。
因为这个宏是用来选择目标的，所以我称之为选择宏，它用斜杠"/"来定义 Identifier，并且它使用上
次介绍过的逻辑操作子"and"。
一个完整的，按顺序的选择宏的表达如下：
/object-name/segi-identifier/chain-identifier/resi-identifier/name-identifier
之所以说选择宏是有顺序的，是因为 Pymol就是靠顺序判断每个斜杠后面的东东都是什么东东。
如果再细分一下的话，其实这个选择宏有 2种写法，一个是带开头的斜杠，另一个是不带开头斜杠。
区别是：
如果不以斜杠开头，那么 Pymol则认为你的表达式的最后一项就是选择宏的末尾的最后一项，也
就是 name-identifier。例如：
Pymol> show lines, a/100/ca
Pymol> show lines, 100/ca
如过以斜杠开头，那么Pymol就认为你是从选择宏的表达式的顶端开始的，也就是从/object-name
开始的。例如：
Pymol> zoom /2vl0//a/100/ca
Pymol> zoom /2vl0//a/100
细心的读者肯定发现了上面的例子中有两道斜杠中间什么内容也没有，不会是写错了吧？当然不
是，其实在这种情况下Pymol会默认选择这个两道斜杠中被省略的 Identifier列表中的全部元素，
也就是说被省略的部分被 Pymol当作了一个通配符。例如上例中我要选择全部的"segment"，所以
我就把它给省略不写了，呵呵，方便吧。
在举些例子来说明一下：
Pymol> color green, a/142/
斜杠后面的"name-identifier"被省略了，所以第 142号基团的素有原子都会变成绿色。
Pymol> shwo cartoon, a//
a斜杠后面的"resi-identifier"以及最后斜杠后面的"name-identifier"被省略了，所以整个 a链将以
cartoon的方式被显示。
Pymol> zoom /2vl0//b
2个斜杠间的"segi-identifier"被省略，所以所有的 b链将被放大。
最后
总结
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一下，Pymol的选择宏必须至少包含一个斜杠"/"，以此来和 Pymol的
"select-expression"区分；并且不能包含空格，因为 Pymol是把宏作为一个词来读取的；还有就是
其实 Pymol在执行宏的时候首先是把它翻译成正常的"select-expression"，然后再执行的。
Pymol学习笔记（六）：关于 cartoon
cartoon经常被用来显示一个蛋白质的总体结构，看起来也很漂亮。这次就来说说它的具体用
法。
不久前本人刚搞定了一个 Glucosyltransferase的结构，所以下面所有的例子都用来它来说明。
cartoon的命令格式如下：
Pymol> cartoon type, (selection)
总结一下 cartoon的显示类型：
automatic：默认的显示方式
loop
tube: 比 loop粗点
putty: 这个比较有趣，按照 R-factor来显示，越高越粗
oval
rectangle
arrow：和 rectangle几乎一样，就是多了个箭头
dumbbell：在 oval的基础上，在 helix的边缘加上一个 cylinder
skip：隐藏，该图中隐藏了 6－120号氨基酸。
下面说说如何设置 cartoon的一些具体细节。
比较下面的 2幅图：
你会发现第一张图中 sheets是平的，而当中的那个氨基酸的支链并没连接在 sheet上，这是因为
为了显示的漂亮，把 sheet人为的抹平了。而第二张图中的 sheets 则表达了蛋白质的真实走向，
所以氨基酸的支链也显示正常。也就是说，如果你想表达某个局部的具体细节的时候，最好采用第
二张图中的显示方式。2张图对应的命令分别是：
Pymol> set cartoon_flat_sheets, 1
Pymol> set cartoon_flat_sheets, 0
类似的命令对应于 loop，就不举例子了：
Pymol> set cartoon_smooth_loops, 1
Pymol> set cartoon_smooth_loops, 0
下面再说说 cartoon尺寸。
Helix的厚度和宽度：
Pymol> set cartoon_oval_width, 0.2
Pymol> set cartoon_oval_length, 1.5
sheet的厚度和宽度：
Pymol> set cartoon_rect_width, 0.5
Pymol> set cartoon_rect_length, 1.5
loop的半径：
Pymol> set cartoon_loop_radius, 0.2
如果你设置了 cartoon的显示风格为 fancy
Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1
Pymol> set cartoon_fancy_sheets, 1
这样你得到的 helix的边上会带有一个很细的 cylinder，也就是上面几张图中的显示方式。此时设
置 helix的厚度，宽度，以及这个 cylinder的半径分别是：
Pymol> set cartoon_dumbbell_width, 0.1
Pymol> set cartoon_dumbbell_length, 2
Pymol> set cartoon_dumbbell, 0.2
依此类推，还可以设置和 putty，tube等等显示类型相关的尺寸，就不一一类举了。
最后再加几个还用的着的命令吧：
上色：
Pymol> set cartoon_color, green
竟然还可以 refine，呵呵，逗号后面可以接数字，好像 1－20都可以，数字越大优化的越大，感觉
的确能变漂亮点：
Pymol> set cartoon_refine, 20
设置透明：
Pymol> set cartoon_transparency, 0.5
关于 cartoon还有些命令，感觉不怎么常用，有些我也不知道是干什么的。有兴趣再研究吧。
Pymol学习笔记（七）：关于 label
在显示一个蛋白结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需
要用到 label命令。
label的命令格式如下：
Pymol> label [selection, [expression]]
selection当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name, resn, resi,
chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义的一段内容，这时候只要把内
容用引号包含起来就行：
Pymol> label selection, "user-defined expression"
在下面这个例子中，我想把 glucosyltransferase中 UDP-Glucose的 binding pocket标注出来：
首先说明一下，该 pdb文件中 A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。
Pymol> load glucosyltransferase.pdb, tmp
Pymol> extract upg, chain b
Pymol> extract pro, chain a
Pymol> delete tmp
Pymol> select near, pro within 4.5 of upg
Pymol> hide all
Pymol> show sticks, upg
Pymol> show lines, near
Pymol> label near, ("%s/%s") % (resn, resi)#("%s/%s"): 设定显示格式。
上面的图看起来有点乱，因为默认 Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，
需要一点加工。
在这之前，让我们先看一下关于 label的其他设置：
投影模式，可选值 0（无投影），1（object有投影到 label上，但是 label本身无投影），2
（object有投影到 label上， label也有投影），3（object不投影到 label上，label本身有投
影）:
Pymol> set label_shadow_mode, 3
文字颜色：
Pymol> set label_color, color-name, selection
标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能：
Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]]
字体，pymol内置了 12种字体，编号从 5－16。15号和 16号字体是 unicode的：
Pymol> set label_font_id, 5
字体大小，如果为正值，则单位就是正常的 px。你也可以用负值，则单位是 Å：
Pymol> set label_size, -0.5
Pymol> set label_size, 4
设置 label位置，用下列命令可以设置 label离默认位置的三维偏移值，在需要给 spheres加
标签的时候有用：
Pymol> set label_position, (x,y,z)
最后说说怎样用单个字母标注氨基酸。
首先在$HOME/.pymolrc中加入：
# start $HOME/.pymolrc modification
single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \
'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \
'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \
'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'}
# end modification
用法，用 single[resn]代替 resn：
Pymol> label n. CG and i. 230+246, single[resn]
下面是改进过的图片：
是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：
Pymol> select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520
Pymol> as cartoon, pro
Pymol> 鼠标操作：显示 near的 sidechain
Pymol> set_color grey1, [224,224,224]
Pymol> set cartoon_color, grey1
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3
Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1
Pymol> label n. CB and near, ("%s%s") % (single[resn], resi)
Pymol> 进入Editing模式，按住 ctrl+鼠标右键移动 label到合适位置
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3
Pymol> set label_font_id, 13
Pymol> set label_size, 26
Pymol> bg_color white
Pymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离
Pymol> set dash_length, 0.015
Pymol> set dash_radius, 0.015
Pymol> set dash_gap, 0.6
Pymol> set dash_color, grey
Pymol学习笔记（八）：在 pymol中导入电子密度图
假设我们已经有了一个蛋白质的 pdb文件(protein.pdb)和mtz(protein.mtz)文件，这样我们就
可以用 fft(Fast Fourier Transform)命令生成 electron density map，以便在 pymol中导入。
fft的命令格式如下：
fft HKLIN protein.mtz XYZIN protein.pdb MAPOUT 2fofc.ccp4
回车后进入 fft环境，还需要指定一些参数：
LABIN F1=FWT PHI=PHWT
GRID SAMPLE 5
END
上诉第 2句“GRID...”用来指定生成电子密度图的精细程度。默认值是 3，表示生成的“网格”大小是
最大分辨率的三分之一，以此类推。
回车之后电子密度图就搞定了，名字叫 2fofc.ccp4
然后就可以在 pymol中导入了。首先导入 pdb文件 glucosyltransferase.pdb，然后电子密度图：
首先说明一下，该 pdb文件中 A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。
Pymol> load glucosyltransferase.pdb, pro
Pymol> load 2fofc.ccp4
你会发现，还看不见 density。打开Wizard -- Density，怎么样，看见了吧。按住 ctrl键和鼠标右
键可以移动 density，或者点击Density Map Wizard中的"Next Res."和"Previous Res."。
不过显示全部的 density map并不是我们的目的，因为这样显的很乱，也看不到什么细节。下面的
例子是仅仅显示 UDP-Glucose的电子密度图。
Pymol> remove resn HOH
Pymol> select upg, chain b
Pymol> as cartoon, pro
Pymol> as stick, upg
Pymol> orient, upg
Pymol> isomesh upg-d, 2fofc, 2.0, upg, carve=1.5
Pymol> set stick_radius, 0.2
Pymol> set mesh_radius, 0.01#让电子密度图的网格细一点，好看
效果图如下：
上诉命令中，其余设置请见上一节 label，和显示电子密度相关的就是 isomesh了，它的用法如下：
Pymol> isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]]
name: 给这个mesh isosurface随便起个名字。
map: 就是刚才 load的那个 2fofc。
level: 轮廓值，越大轮廓越细。
selection: 要表达的对象
buffer: 没用过
state: 没用过
carve: 以 selection中的任何原子为中心，半径为该值，所包含的全部原子，画出他们的
density
OK!搞定。
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