nullnull构建分子进化树HIV-1
最大似然树null分子系统发育分析的主要方法
1. 距离矩阵法 (Distance Matrix)
2. 最大简约法 (Maximum Parsimony)
3. 最大似然法 (Maximum Likelihood)
4. 贝叶斯法 （Bayesian Inference)
null主要有UPGMA法 (类平均法) 和NJ法 (邻接法 ) 。
使用这两种方法前都必须获得一个对称距离矩阵 (m阶方阵) D = {dij}m×m, 其中m为OUT（分类群〕数目。
距离系数的公式很多。例如，Nei (1972)的遗传距离系数适用于限制性内切酶和同功酶数据，Jukes-Cantor 单参数距离系数和Kimura两参数模型距离系数则广泛用于各种序列数据。
距离矩阵法距离聚类距离聚类输入: 物种间距离矩阵
要点:
将最近的物种聚合在一起
开始用于聚合的单元是独立的
在每次迭代中，将 两个”最近”单元(距离最小)聚在一起形成一个新的聚合单元UPGMA方法UPGMA方法(算术平均的不加权组对法)null找到距离矩阵中最小的距离，在这个例子中
最小距离是物种A 和 B.null2. 将 A 和 B 用树枝相连并给每一个分枝赋予一半的遗传距离
3. 从现在起，将(A+B) 作为一个单元考虑AB0.7150.715null4. 根据A和B的距离来重新计算遗传距离
例如， (A+B) 和 C 的距离是 (2.65+4.24)/2= 3.445
依次计算所有影响到的距离null5. 重复上述步骤，找到下一个最小的距离。在这个例子中
是C 和 E之间的距离.null6. 将 C 和 E 用树枝相连，并给每一个树枝一半的遗传距离
7. 将 (C+E)作为 一个单元考虑AB0.7150.715CE1.0951.095null8. 基于C和E的距离的平均值，重新计算遗传距离
例如， (C+E) 和 D 的距离是 (2.52+3.02)/2 = 2.77 重新计算其他收到影响的距离null9. 现在重复这些步骤. 找到下一个最小的距离的距离。这个例子
中是(C+E) 和 D之间的距离.null10.将 (C+E) 和 D 用树枝，并给每一个分枝一半的遗传距离.
11. 将 (C+E+D)作为一个单元来考虑null12. 最后的距离是(A+B) 和 (C+D+E), 赋给每个树枝一半
的遗传距离1.921.92nullUPGMA法 (类平均法)邻接法邻接法(Neighbor Joining Algorithm)null邻接法 (NJ)关键步骤:
1) 计算发散系数
2) 生成一个速率校正距离矩阵null最大简约法 (MP)信息位点 (informative site)null3最大简约法 (Maximum Parsimony Method)最大简约法 (Maximum Parsimony Method) Step 1 输入：多重序列对位排列
Step 2 对一个对位排列的位置，确定产生观测到的序列变化所需最少进化变化的树
Step 3 对序列对位排列中的每一个位点进行分析
Step 4 确定对所有位点产生最少变化的树
适用于信息位点较多的情形null严格一致树 (Strict Consensus Tree)null多数一致树 (Majority-rule Consensus Tree)自展 (Bootstrap)自展 (Bootstrap)null长枝吸引 (Long Branch Attraction)长枝吸引 (Long Branch Attraction)ABCOTrue treeML 方法的例子: Guinea-pig ML 方法的例子: Guinea-pig Rodents polyphyly?Rodents polyphyly?Tree-1Guinea-pigMouseHumanTraditional viewRodentsnullTree-1 Tree-2 Tree-3 Tree-1 Tree-2 Tree-3Parsimony Maximum-likelihoodHasegawa et al. (1992) Nature 355, 595nullTree-1 Tree-2 Tree-3 Tree-1 Tree-2 Tree-3Parsimony Maximum-likelihoodHasegawa et al. (1992) Nature 355, 595ProtML
Reyes et al. (2000) PNASProtML
Reyes et al. (2000) PNASMEnull学习使用软件1) PHYLIP
2) TREE-PUZZLE
3) MEGA
4) PAUP
5) PAML
6) TreeViewnullNEXUS 格式((IM21:100.0,((((((Pa10:100.0,((((NI1k:100.0,NIM3:100.0):84.0,MU4k:100.0):79.0,
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null
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