实验方法： 实验方法： DNA技术基础知识 DNA测序 DNA提取与纯化 DNA定点突变 Southern Blotting 基因组学 甲基化分析 基因克隆 DNA文库的构建及其筛选 DNA酶切相关技术 DNA电泳技术 RNA技术Northern Blotting RACE RNAi RNA试验基础 RNA提取 RNA电泳技术 siRNA相关技术 cDNA合成技术 体外转录相关技术 感受态细胞感受态细胞的制备 感受态细胞的转化 细胞转染技术 PCR技术PCR基础知识 RT-PCR Real-Time PCR 甲基化PCR SNP/Microsatellite PCR运用 其他PCR技术 蛋白质技术基础知识 蛋白表达 蛋白质含量测定 蛋白分离纯化 蛋白质修饰 SDS-PAGE Native-PAGE western-blot 2D电泳技术 蛋白组学 酵母双杂交技术 其他技术 生物化学技术生化与分子常用试剂配制 酶学实验技术 糖类生物学实验技术 氨基酸生化实验技术 脂类生化技术 生化实验离心技术 化学生物学实验技术 生化标记技术 测序实验技术 细胞技术细胞百科 细胞培养 细胞形态检测 细胞周期/增殖/凋亡检测 细胞成分提取 细胞信号转导 前沿科技及其它 免疫学技术抗体抗原实验 基础免疫实验 免疫细胞检测技术 免疫检测分析 免疫细胞与组织染色实验 微生物学技术实验基础 病毒 细菌 真菌 酵母 噬菌体 支原体 查看全部实验方法>> 有奖试用 正在试用 往期试用 首页 > 实验技术方法 > RNA实验技术 > RNAi窗体顶端 窗体底端 siRNA的设计方法 2010-12-01 10:11 来源：互联网 点击次数： 1838关键词： siRNA siRNA设计 分享到： 收藏夹 腾讯微博 新浪微博 开心网 关于设计siRNA以及siRNA设计对siRNA功能的影响，至今还没有可靠的规律。虽然我们可以通过对mRNA实验分析准确的找到一段基因的全部siRNA最佳作用位置，但这个过程十分耗时且昂贵，不推荐常规实验使用。一种做法是每个目标序列设计3-4对siRNAs，实验选择较有效的siRNA。 方法一、根据Tuschl的实验的设计要点 目前，siRNA设计大都根据Tuschl的实验，要点如下： 1.目标基因开放阅读框起始密码下游75至100碱基位置开始，寻找“AA”二连序列后的19个碱基序列。（用非“AA”的“XY”序列后的19个碱基序列同样可以得到很好效果的siRNA）。 设计siRNA时不要针对5' 和3' 端的非编码区。 2.分析获得的序列，选择GC比在40-55%之间的靶基因序列作为优选。 3.将潜在的序列和相应的基因组数据库（人，或者小鼠，大鼠等等）进行比较，排除和其他编码序列/EST同源的序列。例如使用BLAST等。 4.如果您选择shRNA，有报道显示9个寡核苷酸的环是最有效的。 方法二： 1. 从转录本（mRNA）的AUG起始密码开始，寻找“AA”二连序列，并记下其3' 端的19个碱基序列，作为潜在的siRNA靶位点。有研究结果显示GC含量在30%-50%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更为效。Tuschl等建议在设计siRNA时不要针对5' 和3' 端的非编码区（untranslated regions，UTRs），原因是这些地方有丰富的调控蛋白结合区域，而这些UTR结合蛋白或者翻译起始复合物可能会影响siRNP核酸内切酶复合物结合mRNA从而影响siRNA的效果。 2. 将潜在的序列和相应的基因组数据库（人，或者小鼠，大鼠等等）进行比较，排除那些和其他编码序列/EST同源的序列。例如使用BLAST（ www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/） 3. 选出合适的目标序列进行合成。通常一个基因需要设计多个靶序列的siRNA，以找到最有效的siRNA序列。 负对照 一个完整的siRNA实验应该有负对照，作为负对照的siRNA应该和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性。通常的做法是将选中的siRNA序列打乱，同样要检查结果以保证它和其他基因没有同源性。 如果计划合成siRNA，那么可以直接提供以AA打头的21个碱基序列，厂家会合成一对互补的序列。注意的是通常合成的siRNA是以3'dTdT结尾，如果要UU结尾的话通常要特别说明。有结果显示，UU结尾和dTdT结尾的siRNA在效果上没有区别。因为这个突出端无需和靶序列互补
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