第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、
启动子（Promoter）
下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的
操作步骤
1．打开Map viewer 页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html
在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：
2．点击“GO”出现如下页面：
3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene
前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：
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说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了
三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管
你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序
列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的
一个序列。我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，
页面下方为：
5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结
果如图所示：
先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出
格式
pdf格式笔记格式下载页码格式下载公文格式下载简报格式下载
）后面是一个下拉
式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。我推荐大家选择GenBnak
格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。
6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信
息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：
2008-3-9 00:13:19 AM
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在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的
等各种信息。
你会看到: mRNA complement(join(2338..3702, 4082..4293, 4424..4675, 4861..5083,
5171..5454))这代
表
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了从基因的 3598 位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含
子的存在，所以 mRNA 在 DNA 序列上分成了几段。
CDS complement(join(3406..3702,4082..4293,4424..4675,4861..5083,5171.. 5230))
CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从 3406开始的（ATG），由于剪接作用所以 CDS 区也是
不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几
句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大
体位置，如果你要研究promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一
般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000 到0 这一千个碱
基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但
我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。
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